前言¶
做微生物組下游分析時，最常見的痛點是環境不統一：有的機器裝了 QIIME 2，有的只有 R，版本一換，alpha 多樣性的度量和稀疏化深度就對不上，Beta 多樣性的 PCoA 座標軸也難以橫向比較。這個 Skill 的思路是把這類計算交給一個固定的託管執行器，輸入統一爲 JSON，輸出統一爲結構化結果，不再依賴本地工具鏈。
下面介紹的是社區發佈在 SkillHub 上的 Skill「微生物組 / Microbiome」。
這是什麼¶
這是 @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated，由社區開發者 user_f4fc8899 發佈、維護，歸類在 data-analysis，當前版本 1.4.20。它的定位是一臺只做一件事的遠程計算：把 OTU 表送進去，拿回 alpha 多樣性、beta 多樣性和稀疏度結果。
它明確聲明不跑上游的本地工具鏈，也不操作第三方賬號；交付物就是經過校驗的服務端響應。這對復現有好處——同樣輸入應得到同樣輸出，不需要在目標機器上預裝依賴。
核心功能¶
功能集中在 OTU 表層面，按官方簡介有三項：
- 每樣本的 alpha 多樣性；
- 樣本間的 beta 多樣性，用 Bray-Curtis 距離並給出 PCoA 座標；
- 稀疏度，即對丰度表做 rarefication 後再計算多樣性。
注意交付形式：執行器接受文檔化的 JSON 輸入，返回結構化內容；在提供相應輸入時，可以返回 Markdown 形式。這裏只寫官方聲明的能力，本地的上游命令行工具（例如 QIIME 2 或 R 包）不在其職責範圍內。
安裝與啓用¶
官方提供的座標是 @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated，可以在 SkillHub 上定位到它。
coordinate: @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated
關於安裝方式，頁面資料只給出了上述座標和來源標記（source: community），沒有提供可覈驗的安裝命令或配置字段，因此這裏不寫命令。根據 SkillHub 的通用 SKILL.md 約定，啓用方式取決於你使用的客戶端：在支持 SkillHub 的 Agent（如 Cursor、Codex CLI、Claude Code）中按座標添加並啓用即可。
兩個元數據值得留意：
requires_api_key=false
pricing_type=alipay
requires_api_key=false 表示不需要額外提供 API Key；pricing_type=alipay 表示它走支付寶計費，屬於付費類而不是純免費額度，調用前建議先確認費用與額度。
典型用法¶
官方簡介只描述了輸入格式（文檔化的 JSON）與輸出形式，頁面資料中沒有展開可用的示例 JSON 或一份完整請求樣例。按它的說明，一次調用大致是三步：
- 準備好 OTU 表，保證它是可以直接對應到樣本的表現狀；
- 按 Skill 文檔化的 JSON 結構組織請求，指明要做 alpha、beta 還是稀疏度中的哪一項；
- 解析返回的結構化內容，需要可直接閱讀報告時，使用它提供的 Markdown 輸出。
因爲資料中沒有給出字段名和取值範圍，字段級的細節請以 SkillHub 頁面上的說明爲準，本文不推測參數名。
適用場景與注意¶
適合的場景：想要快速拿到一批 OTU 表的多樣性指標做橫向比較，或者希望結果不隨本地環境變化。它把版本固定在服務端，比各自維護一套 R 或命令行環境省心。
需要注意的地方：
- 它只算多樣性，不做物種分類學註釋，也不做差異檢驗；想繼續往下做 ordination 之外的分析需要另外找工具。
- 計算在託管側完成，OTU 表上傳前要先確認樣本數據是否可以外發，並確認支付寶計費下的具體單價與限額。
- 稀疏度是抽樣式估計，樣本量差異大會直接影響結果，比較前要確認抽樣深度一致。
- 頁面上標註的版本是 1.4.20，來源是 community，功能可能隨發佈者更新而變化。
- 對應指標的詳細定義（alpha 用哪一個度量、PCoA 的排序空間、rarefication 深度）需要以服務端返回的結構化字段爲準，不要憑以往本地工具的默認值假設。
結尾¶
這個 Skill 的價值在於把 OTU 表分析收斂到一個固定的託管執行器上：輸入是 JSON，輸出是結構化結果，Bray-Curtis 與 PCoA 的口徑由服務端決定，不需要在本地復現整套工具鏈。如果做的是常規 alpha 多樣性、Beta 多樣性與稀疏度評估，可以把它作爲一個可復現的入口。
官方地址：https://api.skillhub.cn/user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated ，SkillHub 頁面：https://www.skillhub.cn/skills/user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated
