前言¶
做微生物组下游分析时，最常见的痛点是环境不统一：有的机器装了 QIIME 2，有的只有 R，版本一换，alpha 多样性的度量和稀疏化深度就对不上，Beta 多样性的 PCoA 坐标轴也难以横向比较。这个 Skill 的思路是把这类计算交给一个固定的托管执行器，输入统一为 JSON，输出统一为结构化结果，不再依赖本地工具链。
下面介绍的是社区发布在 SkillHub 上的 Skill「微生物组 / Microbiome」。
这是什么¶
这是 @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated，由社区开发者 user_f4fc8899 发布、维护，归类在 data-analysis，当前版本 1.4.20。它的定位是一台只做一件事的远程计算：把 OTU 表送进去，拿回 alpha 多样性、beta 多样性和稀疏度结果。
它明确声明不跑上游的本地工具链，也不操作第三方账号；交付物就是经过校验的服务端响应。这对复现有好处——同样输入应得到同样输出，不需要在目标机器上预装依赖。
核心功能¶
功能集中在 OTU 表层面，按官方简介有三项：
- 每样本的 alpha 多样性；
- 样本间的 beta 多样性，用 Bray-Curtis 距离并给出 PCoA 坐标；
- 稀疏度，即对丰度表做 rarefication 后再计算多样性。
注意交付形式：执行器接受文档化的 JSON 输入，返回结构化内容；在提供相应输入时，可以返回 Markdown 形式。这里只写官方声明的能力，本地的上游命令行工具（例如 QIIME 2 或 R 包）不在其职责范围内。
安装与启用¶
官方提供的坐标是 @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated，可以在 SkillHub 上定位到它。
coordinate: @user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated
关于安装方式，页面资料只给出了上述坐标和来源标记（source: community），没有提供可核验的安装命令或配置字段，因此这里不写命令。根据 SkillHub 的通用 SKILL.md 约定，启用方式取决于你使用的客户端：在支持 SkillHub 的 Agent（如 Cursor、Codex CLI、Claude Code）中按坐标添加并启用即可。
两个元数据值得留意：
requires_api_key=false
pricing_type=alipay
requires_api_key=false 表示不需要额外提供 API Key；pricing_type=alipay 表示它走支付宝计费，属于付费类而不是纯免费额度，调用前建议先确认费用与额度。
典型用法¶
官方简介只描述了输入格式（文档化的 JSON）与输出形式，页面资料中没有展开可用的示例 JSON 或一份完整请求样例。按它的说明，一次调用大致是三步：
- 准备好 OTU 表，保证它是可以直接对应到样本的表现状；
- 按 Skill 文档化的 JSON 结构组织请求，指明要做 alpha、beta 还是稀疏度中的哪一项；
- 解析返回的结构化内容，需要可直接阅读报告时，使用它提供的 Markdown 输出。
因为资料中没有给出字段名和取值范围，字段级的细节请以 SkillHub 页面上的说明为准，本文不推测参数名。
适用场景与注意¶
适合的场景：想要快速拿到一批 OTU 表的多样性指标做横向比较，或者希望结果不随本地环境变化。它把版本固定在服务端，比各自维护一套 R 或命令行环境省心。
需要注意的地方：
- 它只算多样性，不做物种分类学注释，也不做差异检验；想继续往下做 ordination 之外的分析需要另外找工具。
- 计算在托管侧完成，OTU 表上传前要先确认样本数据是否可以外发，并确认支付宝计费下的具体单价与限额。
- 稀疏度是抽样式估计，样本量差异大会直接影响结果，比较前要确认抽样深度一致。
- 页面上标注的版本是 1.4.20，来源是 community，功能可能随发布者更新而变化。
- 对应指标的详细定义（alpha 用哪一个度量、PCoA 的排序空间、rarefication 深度）需要以服务端返回的结构化字段为准，不要凭以往本地工具的默认值假设。
结尾¶
这个 Skill 的价值在于把 OTU 表分析收敛到一个固定的托管执行器上：输入是 JSON，输出是结构化结果，Bray-Curtis 与 PCoA 的口径由服务端决定，不需要在本地复现整套工具链。如果做的是常规 alpha 多样性、Beta 多样性与稀疏度评估，可以把它作为一个可复现的入口。
官方地址：https://api.skillhub.cn/user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated ，SkillHub 页面：https://www.skillhub.cn/skills/user_f4fc8899/bio-microbiome-integrated
