DSH Web 插件:dsh-file-explorer-preview-sequence 序列查看器

在 DSH Web 環境中,文件預覽默認以純文本形式呈現。對於生物序列文件(如 FASTA、GenBank),這種方式難以進行交互式分析。dsh-file-explorer-preview-sequence 插件通過內置 SeqViz 查看器,將原生文本預覽替換爲交互式視圖,便於查看拓撲結構、註釋和酶切位點等信息。

功能概覽

該插件由 wolfsonliu 維護,基於 seqviz 和 seqparse 庫構建,支持 FASTA、GenBank、JBEI、SnapGene 和 SBOL 等多種格式。

  • 交互式查看:提供圓形、線性、兩者、兩者翻轉四種拓撲結構視圖。
  • 序列操作:支持顏色標註的特徵註釋、搜索高亮、酶切位點顯示、補碼/索引切換以及線性縮放。
  • 界面集成:狀態欄顯示格式徽章、序列名稱、類型和長度;工具欄和狀態欄支持中文/英文本地化;界面跟隨 DSH 的 data-ds-dark-theme 變化。
  • 顯式選擇:在 dsh-file-explorer v0.9.0+ 中,插件會註冊爲命名查看器,出現在文件行的“打開方式…”菜單中。

安裝與依賴

使用前需確保已安裝核心組件 dsh-file-explorer (v0.1.0+)。

dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence

安裝完成後,啓動 DSH Web 服務即可生效。

典型用法

  • 常規預覽:在文件資源管理器中選擇 .gb 或 .fasta 文件,預覽面板將直接渲染交互式序列查看器,而非原始文本。
  • 處理模糊擴展名:對於擴展名容易混淆的文件(如 .xml 或 .seq),可在文件行的“打開方式…”菜單中顯式選擇此插件進行渲染。

注意事項

  • 只讀模式:當前預覽功能爲只讀,不支持編輯序列。
  • 版本要求:SnapGene 格式的 .dna 文件以及大於 2 MiB 的文件需要 dsh-file-explorer v0.1.0+ 版本支持。舊版本對此類文件的處理會降級(如顯示不支持狀態)。
  • 回退機制:擴展名爲 .xml 或 .seq 但不符合 SBOL 或 JBEI 格式的文件,將回退到純文本視圖。
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