dsh-file-explorer-preview-molstar: 基於 Mol* 的 3D 結構預覽插件

前言

在 DSH Web 的文件瀏覽器中,原始的文本預覽對於生物分子或小分子文件來說往往缺乏直觀性。dsh-file-explorer-preview-molstar 插件通過覆蓋默認預覽行爲,爲 .cif、.pdb 等格式提供了交互式的 3D 模型渲染能力。

插件簡介

這是一個 DSH Web 插件,由 wolfsonliu 維護。它基於 Mol* 技術棧,在文件瀏覽器中爲結構生物學數據提供可視化支持,替代原本的純文本展示。

核心功能

  • 3D 查看器:基於 molstar 構建,使用 PluginContext 和最小畫布,不包含完整的 Mol* UI。
  • 表示與顏色:支持 Auto、Cartoon、Ball & Stick、Molecular surface 等表示預設。顏色選項包括默認、按鏈、按實體。
  • 交互控制:支持重置相機、旋轉開關,並跟隨 DSH 的深色/淺色背景切換。
  • 狀態欄:顯示格式徽章以及原子、殘基、鏈的數量統計。
  • 本地化:工具欄和狀態欄支持中文/英文切換。
  • 大文件處理:支持超過 2 MiB 的文本文件(text-large 類型)以及二進制 .bcif 文件,通過 readRawFile 獲取原始字節。

安裝與啓用

安裝該插件需要先確保已安裝並啓用了 dsh-file-explorer 核心插件(版本 v0.1.0 或更高)。

dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-molstar
dsh web

典型用法

  1. 在文件瀏覽器中選中 .cif、.pdb 或支持的格式文件。
  2. 預覽面板將渲染出交互式 3D 模型。
  3. 通過菜單中的 “Open with…” 選項打開模型。
  4. 使用 “spin toggle” 功能旋轉模型。

注意事項

  • 瀏覽器要求:需要支持 WebGL 的瀏覽器。
  • 權限:只讀預覽,不支持編輯。
  • 文件範圍:軌跡和密度圖(.dcd, .nc, .map)不在支持範圍內。
  • 依賴版本:必須配合 dsh-file-explorer v0.1.0 或更高版本使用。

總結

該插件通過集成 Mol* 引擎,極大地提升了 DSH Web 在處理生物結構數據時的可視化體驗。開發者可以通過 GitHub 倉庫查看源碼或提交問題。

GitHub 倉庫

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