DSH Web 插件:dsh-file-explorer-preview-sequence 序列查看器

在 DSH Web 环境中,文件预览默认以纯文本形式呈现。对于生物序列文件(如 FASTA、GenBank),这种方式难以进行交互式分析。dsh-file-explorer-preview-sequence 插件通过内置 SeqViz 查看器,将原生文本预览替换为交互式视图,便于查看拓扑结构、注释和酶切位点等信息。

功能概览

该插件由 wolfsonliu 维护,基于 seqviz 和 seqparse 库构建,支持 FASTA、GenBank、JBEI、SnapGene 和 SBOL 等多种格式。

  • 交互式查看:提供圆形、线性、两者、两者翻转四种拓扑结构视图。
  • 序列操作:支持颜色标注的特征注释、搜索高亮、酶切位点显示、补码/索引切换以及线性缩放。
  • 界面集成:状态栏显示格式徽章、序列名称、类型和长度;工具栏和状态栏支持中文/英文本地化;界面跟随 DSH 的 data-ds-dark-theme 变化。
  • 显式选择:在 dsh-file-explorer v0.9.0+ 中,插件会注册为命名查看器,出现在文件行的“打开方式…”菜单中。

安装与依赖

使用前需确保已安装核心组件 dsh-file-explorer (v0.1.0+)。

dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence

安装完成后,启动 DSH Web 服务即可生效。

典型用法

  • 常规预览:在文件资源管理器中选择 .gb 或 .fasta 文件,预览面板将直接渲染交互式序列查看器,而非原始文本。
  • 处理模糊扩展名:对于扩展名容易混淆的文件(如 .xml 或 .seq),可在文件行的“打开方式…”菜单中显式选择此插件进行渲染。

注意事项

  • 只读模式:当前预览功能为只读,不支持编辑序列。
  • 版本要求:SnapGene 格式的 .dna 文件以及大于 2 MiB 的文件需要 dsh-file-explorer v0.1.0+ 版本支持。旧版本对此类文件的处理会降级(如显示不支持状态)。
  • 回退机制:扩展名为 .xml 或 .seq 但不符合 SBOL 或 JBEI 格式的文件,将回退到纯文本视图。
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