前言¶

做結構生物學分析的人，常用流程是：讓智能體在對話裏給出一段分析，再把結構扔進 PyMOL / Mol* 查看結果。結果是圖片和結論分居兩個窗口，標註和測量要來回手工搬運。dsh-mol-structure 這個插件想解決的問題是：讓智能體在 DSH 右側邊欄內嵌一個完整的本地 Mol* v5 查看器，直接加載、渲染、標註 PDB/mmCIF 結構，並把結果留在對話旁邊。也就是說，智能體不再只回文字，它展示的畫面和我說的結構是同一個視圖。

下面介紹這個插件：誰維護、能不能裝、怎麼用。

這是什麼¶

masterchiefm/dsh-mol-structure，維護者 Masterchiefm，分類爲「客戶端」插件，採用 MIT 許可證。它面向 DeepSeek Harness（DSH）的開發者和使用者：在 dsh 桌面端 / Web 端右側邊欄追加一個「結構視圖」頁籤，內嵌 Mol* 查看器，同時向 agent 暴露 22 個 mol_* 工具，把「加載結構 → 建場景 → 測量和標註 → 導出或截圖」整條鏈路放進對話裏。

核心功能¶

右側邊欄 3D 視圖¶

右側邊欄出現「結構視圖」頁籤，內嵌完整的 Mol* 查看器。有兩種模式可選：簡潔 agent 畫布，或完整 Mol* 界面。切換頁籤後場景常駐，不會因爲切走就丟掉已加載的結構。

Agent 工具¶

插件提供 22 個 mol_* 工具，覆蓋完整流程：

• 加載結構：mol_load
• 建場景 / 換表徵：mol_scene、mol_style
• 註冊可回放視圖：mol_panel_define
• 測量與氫鍵標註：mol_measure、mol_hbonds、mol_structconn
• Cα 疊合：mol_align
• 狀態存取與導出：mol_state、mol_export
• 截圖：mol_screenshot
• 其餘還包括 mol_status、mol_select、mol_panel 等

對話裏直接說「加載 6w5c」或「看一眼 PAM 口袋」即可驅動對應工具。

結構分析¶

mol_load 之後插件會做幾件事：清點鏈組成、統計界面殘基接觸，並自動註冊「總覽」和「界面特寫」兩個視圖。外觀默認走出版級規範：蛋白爲半透明 surface（alpha 0.45）加不透明 cartoon，DNA/RNA 爲 cartoon，互作特寫處的側鏈以 stick 突出，距離線加標籤標註。

雙向感知¶

視圖不是單向的。在 3D 視圖裏點擊殘基，這次點擊會回報給 agent（mol_status / mol_select 可以讀到）。另外本機任意程序也能經 POST /api/mol-structure/command，用同一套命令詞彙驅動查看器。

有一點需要寫明：插件無法強制展開 dsh 的右側邊欄，那是宿主 UI 狀態，插件沒有 API 碰它，只能請求切換到「結構視圖」頁籤。所以凡是涉及結構展示或分析的請求，agent 應該在 mol_load 等 3D 操作之前主動調用 mol_panel 打開右側邊欄結構視圖頁籤，讓用戶立即看到畫面，而不是隻彙報文字結果。

安裝與啓用¶

方式 A：讓 dsh 裏的 agent 安裝（推薦）¶

在任一已打開的 dsh 會話裏對 agent 說：

請安裝插件 https://github.com/Masterchiefm/dsh-mol-structure

agent 會調用 plugin_manager（install_bundle，target = 倉庫目錄的絕對路徑，真實目錄、不要符號鏈接），自動完成 profile 依賴登記、cordis.patch.yml 掛載與 client 半身註冊。裝完重啓應用或新開一個會話，右側邊欄就會出現「結構視圖」卡片。

方式 B：桌面端手動安裝¶

在設置 → 插件 → 本地路徑安裝，指向本地已有的插件目錄；或者手動放置：

1. 把 package（含 dist/）複製到 %DSH_HOME%\profiles\desktop\node_modules\dsh-mol-structure\
2. 在 profile 的 package.json dependencies 里加 "dsh-mol-structure": "*"
3. 在 dsh.profile.bundles 裏追加 "dsh-mol-structure"

注意不要在 profile 的 cordis.patch.yml 裏再加條目，bundle 自己的 cordis.patch.yml（一行 insert，id 爲 mol-structure）會自動生效。

純 Web profile 源碼安裝¶

dsh plugin --profile web add github:Masterchiefm/dsh-mol-structure

安裝後自檢¶

按下面三步確認安裝成功：

1. 右側邊欄出現「結構視圖」卡片，對 agent 說「打開結構視圖」；右側欄被收起時在 UI 裏手動展開。
2. 對 agent 說「加載 4oo8」，mol_load 返回鏈清單並自動註冊總覽 / 界面視圖。
3. 在 3D 視圖點擊一個殘基，agent 用 mol_status 能讀到這次點擊。

典型用法：SaCas9–sgRNA–目標 DNA¶

README 給出的可復現示例是 PDB 4OO8（Nishimasu et al. 2015，本地文件 dist/structures/4oo8.cif）：Staphylococcus aureus Cas9（SaCas9）– sgRNA – 目標 DNA 三元複合物。鏈組成爲 A = SaCas9（aa 3–1366）、B = sgRNA（97 nt）、C = 目標 DNA TS（0–20，PAM 端），D/E/F 是晶體內第二個複合物副本。

對 agent 說「加載 4oo8 並看看它怎麼識別 DNA」，可以復現三段視圖：

1. 總覽：蛋白半透明 surface 罩住 slate cartoon，sgRNA（紅）與目標 DNA（青）爲 cartoon，中央通道構象一目瞭然。
2. PAM 識別特寫：PI 域 S1106–I1110 環讀 PAM 端鹼基，K1107/S1109 側鏈 stick 貼住 PAM 端磷酸骨架，距離線標註接觸。
3. seed 異源雙鏈特寫：sgRNA 5′ 段與目標 DNA 形成異源雙鏈，REC lobe 正電槽殘基（R75/Y72/R403 等）側鏈 stick 夾住雙鏈骨架，穩定 R 環構象。

agent 會把每個視角註冊成 mol_panel_define 可回放面板，控制卡可以一鍵重現。README 中的截圖是真實 dsh 窗口截圖，由 node tools/capture-readme.mjs 無頭生成，可以重新截。

檢查更新與插件內自升級¶

v0.5.0 起插件自帶更新通道，默認開啓自動檢測（每 6 小時），可在設置 → General →「結構視圖：自動檢查更新」改爲每天 / 每週 / 關閉。發現新版本時，已打開的設置頁會顯示更新橫幅，SSE 會向瀏覽器半身推送一次 update 提醒；也可以點「檢查更新」立即查詢，或點「立即更新並重載」一鍵完成下載 → SHA-256 校驗 → 備份 → 原子換文件 → 熱重載，失敗自動回滾。開發者也可以直接調 HTTP 接口：

GET  /api/mol-structure/update
POST /api/mol-structure/update/check
POST /api/mol-structure/update/apply

更新源固定爲 GitHub 倉庫 Masterchiefm/dsh-mol-structure 的 feed/manifest.json（raw.githubusercontent.com + jsDelivr 鏡像，可變分支先釘到完整 commit SHA）。清單裏每個文件帶 size + SHA-256，下載後逐一校驗，任何字節不符即拒絕安裝並回滾。發新版流程：改代碼 → bump package.json 與 index.js 版本 → npm run build（改了 src/ 時）→ npm run manifest → 提交併推送（含 feed/manifest.json）。

適用場景與注意¶

適合需要在對話裏反覆查看和分析 PDB / mmCIF 結構的開發者與研究人員：尤其是想讓 agent 直接給出標註好的畫面、而不是事後再手工貼圖的人；以及想由本機程序通過 HTTP 接口驅動同一個查看器的集成場景。

幾點提示：

• 插件以當前 dsh 進程的權限運行，安裝前應先檢查源碼與許可證（MIT）。README 的安裝由社區倉庫維護，與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係，請自行判斷來源。
• 插件聲明 Node 版本要求爲 >=20，Mol* 依賴版本爲 ^5.13.1。
• 右側邊欄的展開狀態由宿主 UI 控制，插件只能請求切換頁籤，無法替用戶展開側欄。

小結¶

dsh-mol-structure 的價值在於把結構查看從「另一個窗口的工具」搬進了對話本身：agent 能加載、渲染、標註結構，用戶點擊也能回到 agent。對於常做結構分析的 DSH 用戶，值得一試。

目錄頁：https://www.skillhub.cn/plugins/Masterchiefm/dsh-mol-structure
GitHub：https://github.com/Masterchiefm/dsh-mol-structure