前言¶

做结构生物学分析的人，常用流程是：让智能体在对话里给出一段分析，再把结构扔进 PyMOL / Mol* 查看结果。结果是图片和结论分居两个窗口，标注和测量要来回手工搬运。dsh-mol-structure 这个插件想解决的问题是：让智能体在 DSH 右侧边栏内嵌一个完整的本地 Mol* v5 查看器，直接加载、渲染、标注 PDB/mmCIF 结构，并把结果留在对话旁边。也就是说，智能体不再只回文字，它展示的画面和我说的结构是同一个视图。

下面介绍这个插件：谁维护、能不能装、怎么用。

这是什么¶

masterchiefm/dsh-mol-structure，维护者 Masterchiefm，分类为「客户端」插件，采用 MIT 许可证。它面向 DeepSeek Harness（DSH）的开发者和使用者：在 dsh 桌面端 / Web 端右侧边栏追加一个「结构视图」页签，内嵌 Mol* 查看器，同时向 agent 暴露 22 个 mol_* 工具，把「加载结构 → 建场景 → 测量和标注 → 导出或截图」整条链路放进对话里。

核心功能¶

右侧边栏 3D 视图¶

右侧边栏出现「结构视图」页签，内嵌完整的 Mol* 查看器。有两种模式可选：简洁 agent 画布，或完整 Mol* 界面。切换页签后场景常驻，不会因为切走就丢掉已加载的结构。

Agent 工具¶

插件提供 22 个 mol_* 工具，覆盖完整流程：

• 加载结构：mol_load
• 建场景 / 换表征：mol_scene、mol_style
• 注册可回放视图：mol_panel_define
• 测量与氢键标注：mol_measure、mol_hbonds、mol_structconn
• Cα 叠合：mol_align
• 状态存取与导出：mol_state、mol_export
• 截图：mol_screenshot
• 其余还包括 mol_status、mol_select、mol_panel 等

对话里直接说「加载 6w5c」或「看一眼 PAM 口袋」即可驱动对应工具。

结构分析¶

mol_load 之后插件会做几件事：清点链组成、统计界面残基接触，并自动注册「总览」和「界面特写」两个视图。外观默认走出版级规范：蛋白为半透明 surface（alpha 0.45）加不透明 cartoon，DNA/RNA 为 cartoon，互作特写处的侧链以 stick 突出，距离线加标签标注。

双向感知¶

视图不是单向的。在 3D 视图里点击残基，这次点击会回报给 agent（mol_status / mol_select 可以读到）。另外本机任意程序也能经 POST /api/mol-structure/command，用同一套命令词汇驱动查看器。

有一点需要写明：插件无法强制展开 dsh 的右侧边栏，那是宿主 UI 状态，插件没有 API 碰它，只能请求切换到「结构视图」页签。所以凡是涉及结构展示或分析的请求，agent 应该在 mol_load 等 3D 操作之前主动调用 mol_panel 打开右侧边栏结构视图页签，让用户立即看到画面，而不是只汇报文字结果。

安装与启用¶

方式 A：让 dsh 里的 agent 安装（推荐）¶

在任一已打开的 dsh 会话里对 agent 说：

请安装插件 https://github.com/Masterchiefm/dsh-mol-structure

agent 会调用 plugin_manager（install_bundle，target = 仓库目录的绝对路径，真实目录、不要符号链接），自动完成 profile 依赖登记、cordis.patch.yml 挂载与 client 半身注册。装完重启应用或新开一个会话，右侧边栏就会出现「结构视图」卡片。

方式 B：桌面端手动安装¶

在设置 → 插件 → 本地路径安装，指向本地已有的插件目录；或者手动放置：

1. 把 package（含 dist/）复制到 %DSH_HOME%\profiles\desktop\node_modules\dsh-mol-structure\
2. 在 profile 的 package.json dependencies 里加 "dsh-mol-structure": "*"
3. 在 dsh.profile.bundles 里追加 "dsh-mol-structure"

注意不要在 profile 的 cordis.patch.yml 里再加条目，bundle 自己的 cordis.patch.yml（一行 insert，id 为 mol-structure）会自动生效。

纯 Web profile 源码安装¶

dsh plugin --profile web add github:Masterchiefm/dsh-mol-structure

安装后自检¶

按下面三步确认安装成功：

1. 右侧边栏出现「结构视图」卡片，对 agent 说「打开结构视图」；右侧栏被收起时在 UI 里手动展开。
2. 对 agent 说「加载 4oo8」，mol_load 返回链清单并自动注册总览 / 界面视图。
3. 在 3D 视图点击一个残基，agent 用 mol_status 能读到这次点击。

典型用法：SaCas9–sgRNA–目标 DNA¶

README 给出的可复现示例是 PDB 4OO8（Nishimasu et al. 2015，本地文件 dist/structures/4oo8.cif）：Staphylococcus aureus Cas9（SaCas9）– sgRNA – 目标 DNA 三元复合物。链组成为 A = SaCas9（aa 3–1366）、B = sgRNA（97 nt）、C = 目标 DNA TS（0–20，PAM 端），D/E/F 是晶体内第二个复合物副本。

对 agent 说「加载 4oo8 并看看它怎么识别 DNA」，可以复现三段视图：

1. 总览：蛋白半透明 surface 罩住 slate cartoon，sgRNA（红）与目标 DNA（青）为 cartoon，中央通道构象一目了然。
2. PAM 识别特写：PI 域 S1106–I1110 环读 PAM 端碱基，K1107/S1109 侧链 stick 贴住 PAM 端磷酸骨架，距离线标注接触。
3. seed 异源双链特写：sgRNA 5′ 段与目标 DNA 形成异源双链，REC lobe 正电槽残基（R75/Y72/R403 等）侧链 stick 夹住双链骨架，稳定 R 环构象。

agent 会把每个视角注册成 mol_panel_define 可回放面板，控制卡可以一键重现。README 中的截图是真实 dsh 窗口截图，由 node tools/capture-readme.mjs 无头生成，可以重新截。

检查更新与插件内自升级¶

v0.5.0 起插件自带更新通道，默认开启自动检测（每 6 小时），可在设置 → General →「结构视图：自动检查更新」改为每天 / 每周 / 关闭。发现新版本时，已打开的设置页会显示更新横幅，SSE 会向浏览器半身推送一次 update 提醒；也可以点「检查更新」立即查询，或点「立即更新并重载」一键完成下载 → SHA-256 校验 → 备份 → 原子换文件 → 热重载，失败自动回滚。开发者也可以直接调 HTTP 接口：

GET  /api/mol-structure/update
POST /api/mol-structure/update/check
POST /api/mol-structure/update/apply

更新源固定为 GitHub 仓库 Masterchiefm/dsh-mol-structure 的 feed/manifest.json（raw.githubusercontent.com + jsDelivr 镜像，可变分支先钉到完整 commit SHA）。清单里每个文件带 size + SHA-256，下载后逐一校验，任何字节不符即拒绝安装并回滚。发新版流程：改代码 → bump package.json 与 index.js 版本 → npm run build（改了 src/ 时）→ npm run manifest → 提交并推送（含 feed/manifest.json）。

适用场景与注意¶

适合需要在对话里反复查看和分析 PDB / mmCIF 结构的开发者与研究人员：尤其是想让 agent 直接给出标注好的画面、而不是事后再手工贴图的人；以及想由本机程序通过 HTTP 接口驱动同一个查看器的集成场景。

几点提示：

• 插件以当前 dsh 进程的权限运行，安装前应先检查源码与许可证（MIT）。README 的安装由社区仓库维护，与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系，请自行判断来源。
• 插件声明 Node 版本要求为 >=20，Mol* 依赖版本为 ^5.13.1。
• 右侧边栏的展开状态由宿主 UI 控制，插件只能请求切换页签，无法替用户展开侧栏。

小结¶

dsh-mol-structure 的价值在于把结构查看从「另一个窗口的工具」搬进了对话本身：agent 能加载、渲染、标注结构，用户点击也能回到 agent。对于常做结构分析的 DSH 用户，值得一试。

目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/Masterchiefm/dsh-mol-structure
GitHub：https://github.com/Masterchiefm/dsh-mol-structure