前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）裏做結構生物學或藥物設計相關任務時，Agent 和聊天裏常會提到 PDB、mmCIF、冷凍電鏡 MRC 地圖或小分子文件。若只能依賴外部桌面軟件或單獨打開 VS Code 擴展，工作流會在「Harness ↔ 本地 viewer」之間來回切換。下面介紹的 dsh-bioviewer 把同一套 Mol* 渲染能力放進 DSH Web 客戶端側邊欄，從工作區文件系統直接預覽，並與 BioViewer VS Code 擴展 共用 viewer 實現。
這是什麼¶
dsh-bioviewer（GitHub：shuuul/dsh-bioviewer）由維護者 shuuul 發佈，分類爲客戶端插件。它向 dsh-better-sidebar 註冊預覽器，用 Mol*（@molstudio/react）渲染生物大分子結構、冷凍電鏡密度圖與小分子。插件目錄頁：skillhub.cn/plugins/shuuul/dsh-bioviewer。當前 package 版本爲 0.1.2，許可證 MIT。
DSH 生態強調「一切皆插件」；社區目錄站點與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係，安裝前仍應自行查看源碼與許可證。
核心功能¶
README 中列出的能力如下，均可對照倉庫文檔覈實。
格式與預覽
- 結構：PDB / mmCIF / Binary CIF（含
pdb、ent、cif、mmcif、mcif、bcif等擴展名） - 體數據：MRC 密度圖（
mrc、map、ccp4） - 小分子：如
sdf、mol、mol2、pdbqt、gro、xyz等 - 標記：Chimera
.cmm，可與密度圖疊圖 - 上述擴展名均支持
.gz壓縮（例如1abc.pdb.gz、map.mrc.gz）
界面與行爲
- 側邊欄 BioViewer 標籤瀏覽工作區；可從文件樹或聊天鏈接打開受支持文件
- 跟隨 DSH 明暗主題與界面語言
- 源文件被改寫時在 viewer 中替換重載，不疊加舊內容
Agent 工具
bio_open：target爲本地路徑或數據庫條目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234），打開新標籤bio_add：同樣target將對象疊進當前 BioViewer（例如密度圖疊結構、標記疊密度圖）；無已打開 viewer 時會先創建。可選title- 返回裏
delivered: true表示已到達客戶端；false表示側邊欄未掛載、已排隊。不支持的擴展名會被拒絕並列出可支持格式
已知限制
- 工作區瀏覽器只列一層目錄
安裝與啓用¶
插件面向 web profile。官方安裝步驟爲：
dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest
沒有 dsh-better-sidebar 時插件仍會加載，但不會顯示 viewer，因此需一併安裝 sidebar 插件。
本地開發構建（非 git clone 用戶場景下的文檔原文）：
bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"
開發環境要求 Bun 1.4.4（見 package.json 的 packageManager 字段）。
典型用法¶
人工打開 viewer
- 在側邊欄
+菜單中選擇 BioViewer - 在 BioViewer 標籤中瀏覽工作區，或從文件樹 / 聊天裏的鏈接打開受支持文件；
.gz與未壓縮文件用法相同
Agent 打開與疊圖
- 新開：
bio_open，target例如工作區相對路徑、pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234 - 疊到當前視圖：
bio_add，target規則相同；可傳可選title
適用場景與注意¶
適合誰
- 在 DSH Web 客戶端裏做結構查看、密度圖與模型對照、配體或標記疊圖，且希望與 Agent 共用同一工作區的開發者或研究者
- 已使用或瞭解 BioViewer VS Code 擴展 的用戶，渲染行爲與之一致
安裝與運行注意
- 插件以當前 dsh 進程權限運行，能訪問的路徑與 Harness 工作區一致；安裝前應閱讀倉庫源碼與 MIT 許可證
- 必須配合 dsh-better-sidebar 才能在側邊欄看到預覽；僅 add bioviewer 不夠
- 插件會出現在帶 GitHub
dsh-plugintopic 的市場及 awesome-dsh-plugin 目錄；社區目錄頁見上文 skillhub 鏈接
結尾¶
經過上面的步驟，你可以在 DSH 側邊欄內直接查看 PDB/mmCIF、冷凍電鏡地圖與小分子，並通過 bio_open / bio_add 讓 Agent 按路徑或公共數據庫條目打開、疊圖。進一步細節見倉庫 README 與 AGENTS.md。
