前言¶

在 DeepSeek Harness（DSH）里做结构生物学或药物设计相关任务时，Agent 和聊天里常会提到 PDB、mmCIF、冷冻电镜 MRC 地图或小分子文件。若只能依赖外部桌面软件或单独打开 VS Code 扩展，工作流会在「Harness ↔ 本地 viewer」之间来回切换。下面介绍的 dsh-bioviewer 把同一套 Mol* 渲染能力放进 DSH Web 客户端侧边栏，从工作区文件系统直接预览，并与 BioViewer VS Code 扩展 共用 viewer 实现。

这是什么¶

dsh-bioviewer（GitHub：shuuul/dsh-bioviewer）由维护者 shuuul 发布，分类为客户端插件。它向 dsh-better-sidebar 注册预览器，用 Mol*（@molstudio/react）渲染生物大分子结构、冷冻电镜密度图与小分子。插件目录页：skillhub.cn/plugins/shuuul/dsh-bioviewer。当前 package 版本为 0.1.2，许可证 MIT。

DSH 生态强调「一切皆插件」；社区目录站点与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系，安装前仍应自行查看源码与许可证。

核心功能¶

README 中列出的能力如下，均可对照仓库文档核实。

格式与预览

• 结构：PDB / mmCIF / Binary CIF（含 pdb、ent、cif、mmcif、mcif、bcif 等扩展名）
• 体数据：MRC 密度图（mrc、map、ccp4）
• 小分子：如 sdf、mol、mol2、pdbqt、gro、xyz 等
• 标记：Chimera .cmm，可与密度图叠图
• 上述扩展名均支持 .gz 压缩（例如 1abc.pdb.gz、map.mrc.gz）

界面与行为

• 侧边栏 BioViewer 标签浏览工作区；可从文件树或聊天链接打开受支持文件
• 跟随 DSH 明暗主题与界面语言
• 源文件被改写时在 viewer 中替换重载，不叠加旧内容

Agent 工具

• bio_open：target 为本地路径或数据库条目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234），打开新标签
• bio_add：同样 target 将对象叠进当前 BioViewer（例如密度图叠结构、标记叠密度图）；无已打开 viewer 时会先创建。可选 title
• 返回里 delivered: true 表示已到达客户端；false 表示侧边栏未挂载、已排队。不支持的扩展名会被拒绝并列出可支持格式

已知限制

• 工作区浏览器只列一层目录

安装与启用¶

插件面向 web profile。官方安装步骤为：

dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest

没有 dsh-better-sidebar 时插件仍会加载，但不会显示 viewer，因此需一并安装 sidebar 插件。

本地开发构建（非 git clone 用户场景下的文档原文）：

bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"

开发环境要求 Bun 1.4.4（见 package.json 的 packageManager 字段）。

典型用法¶

人工打开 viewer

1. 在侧边栏 + 菜单中选择 BioViewer
2. 在 BioViewer 标签中浏览工作区，或从文件树 / 聊天里的链接打开受支持文件；.gz 与未压缩文件用法相同

Agent 打开与叠图

• 新开：bio_open，target 例如工作区相对路径、pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234
• 叠到当前视图：bio_add，target 规则相同；可传可选 title

适用场景与注意¶

适合谁

• 在 DSH Web 客户端里做结构查看、密度图与模型对照、配体或标记叠图，且希望与 Agent 共用同一工作区的开发者或研究者
• 已使用或了解 BioViewer VS Code 扩展 的用户，渲染行为与之一致

安装与运行注意

• 插件以当前 dsh 进程权限运行，能访问的路径与 Harness 工作区一致；安装前应阅读仓库源码与 MIT 许可证
• 必须配合 dsh-better-sidebar 才能在侧边栏看到预览；仅 add bioviewer 不够
• 插件会出现在带 GitHub dsh-plugin topic 的市场及 awesome-dsh-plugin 目录；社区目录页见上文 skillhub 链接

结尾¶

经过上面的步骤，你可以在 DSH 侧边栏内直接查看 PDB/mmCIF、冷冻电镜地图与小分子，并通过 bio_open / bio_add 让 Agent 按路径或公共数据库条目打开、叠图。进一步细节见仓库 README 与 AGENTS.md。

• 目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/shuuul/dsh-bioviewer
• GitHub：https://github.com/shuuul/dsh-bioviewer