前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）里做结构生物学或药物设计相关任务时，Agent 和聊天里常会提到 PDB、mmCIF、冷冻电镜 MRC 地图或小分子文件。若只能依赖外部桌面软件或单独打开 VS Code 扩展，工作流会在「Harness ↔ 本地 viewer」之间来回切换。下面介绍的 dsh-bioviewer 把同一套 Mol* 渲染能力放进 DSH Web 客户端侧边栏，从工作区文件系统直接预览，并与 BioViewer VS Code 扩展 共用 viewer 实现。
这是什么¶
dsh-bioviewer（GitHub：shuuul/dsh-bioviewer）由维护者 shuuul 发布，分类为客户端插件。它向 dsh-better-sidebar 注册预览器，用 Mol*（@molstudio/react）渲染生物大分子结构、冷冻电镜密度图与小分子。插件目录页：skillhub.cn/plugins/shuuul/dsh-bioviewer。当前 package 版本为 0.1.2，许可证 MIT。
DSH 生态强调「一切皆插件」；社区目录站点与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系，安装前仍应自行查看源码与许可证。
核心功能¶
README 中列出的能力如下，均可对照仓库文档核实。
格式与预览
- 结构：PDB / mmCIF / Binary CIF（含
pdb、ent、cif、mmcif、mcif、bcif等扩展名） - 体数据：MRC 密度图（
mrc、map、ccp4） - 小分子：如
sdf、mol、mol2、pdbqt、gro、xyz等 - 标记：Chimera
.cmm，可与密度图叠图 - 上述扩展名均支持
.gz压缩（例如1abc.pdb.gz、map.mrc.gz）
界面与行为
- 侧边栏 BioViewer 标签浏览工作区；可从文件树或聊天链接打开受支持文件
- 跟随 DSH 明暗主题与界面语言
- 源文件被改写时在 viewer 中替换重载，不叠加旧内容
Agent 工具
bio_open：target为本地路径或数据库条目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234），打开新标签bio_add：同样target将对象叠进当前 BioViewer（例如密度图叠结构、标记叠密度图）；无已打开 viewer 时会先创建。可选title- 返回里
delivered: true表示已到达客户端；false表示侧边栏未挂载、已排队。不支持的扩展名会被拒绝并列出可支持格式
已知限制
- 工作区浏览器只列一层目录
安装与启用¶
插件面向 web profile。官方安装步骤为：
dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest
没有 dsh-better-sidebar 时插件仍会加载，但不会显示 viewer，因此需一并安装 sidebar 插件。
本地开发构建（非 git clone 用户场景下的文档原文）：
bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"
开发环境要求 Bun 1.4.4（见 package.json 的 packageManager 字段）。
典型用法¶
人工打开 viewer
- 在侧边栏
+菜单中选择 BioViewer - 在 BioViewer 标签中浏览工作区，或从文件树 / 聊天里的链接打开受支持文件；
.gz与未压缩文件用法相同
Agent 打开与叠图
- 新开：
bio_open，target例如工作区相对路径、pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234 - 叠到当前视图：
bio_add，target规则相同；可传可选title
适用场景与注意¶
适合谁
- 在 DSH Web 客户端里做结构查看、密度图与模型对照、配体或标记叠图，且希望与 Agent 共用同一工作区的开发者或研究者
- 已使用或了解 BioViewer VS Code 扩展 的用户，渲染行为与之一致
安装与运行注意
- 插件以当前 dsh 进程权限运行，能访问的路径与 Harness 工作区一致；安装前应阅读仓库源码与 MIT 许可证
- 必须配合 dsh-better-sidebar 才能在侧边栏看到预览；仅 add bioviewer 不够
- 插件会出现在带 GitHub
dsh-plugintopic 的市场及 awesome-dsh-plugin 目录；社区目录页见上文 skillhub 链接
结尾¶
经过上面的步骤，你可以在 DSH 侧边栏内直接查看 PDB/mmCIF、冷冻电镜地图与小分子，并通过 bio_open / bio_add 让 Agent 按路径或公共数据库条目打开、叠图。进一步细节见仓库 README 与 AGENTS.md。
