PaperDepot(論文庫):把 PDF 論文變成 Obsidian 可檢索論文庫

前言

在 DeepSeek Harness(DSH)裏做文獻整理,常見做法是手動把 PDF 拷進 Obsidian、自己寫 frontmatter,或依賴 Obsidian 社區插件做局部能力。PDF 的結構化正文、元數據、摘要和受控標籤往往要拆多套工具,Obsidian 側也難統一檢索與雙鏈。PaperDepot 是掛在 DSH 上的插件:負責「進件 + 組織」,Obsidian 只負責存儲與閱讀;它不是 Obsidian 社區插件,安裝進 DSH 後由左側面板操作,寫入你指定的庫路徑。

下面介紹它是什麼、能做什麼,以及如何安裝與日常使用。

這是什麼

PaperDepot(npm 包名 paperdepot)由 HUAWEIYYLS 維護,在 DSH 社區目錄中歸類爲「記憶」。當前 npm 版本爲 0.1.2,許可證 MIT。一句話定位:把 PDF 論文變成可檢索、可讀、可連接的 Obsidian 論文庫。

處理流水線在 README 中概括爲:MinerU 解析 PDF → 元數據(Crossref / arXiv 等)→ 組裝條目(index.md、full.md、paper.pdf、圖片)→ LLM 生成結構化中文摘要與四類受控標籤 → 寫入 Obsidian 庫。

核心功能

以下能力均來自倉庫 README,可按需選用。

入庫與去重

  • 拖拽、選擇文件或粘貼本地路徑導入 PDF;同一 PDF 按指紋自動跳過。

元數據

  • 優先讀 PDF 首頁 DOI / arXiv 號,再通過 Crossref / arXiv 精確查詢標題、作者、年份、期刊等。

摘要與標籤

  • LLM 生成中文摘要(一句話總結、背景、方法、結果、結論、數據表等)和四類分層標籤(領域 / 方法 / 應用 / 儀器),映射到受控詞表。
  • 支持單篇「生成摘要與標籤」,以及頂欄「批量補摘要」排隊處理「待生成」條目,可停止;中斷後再點會跳過已完成項繼續。

Obsidian 側體驗

  • 元數據寫入 frontmatter,Properties、Dataview、標籤面板、雙鏈、Graph 可直接使用。
  • 面板提供總覽、論文搜索、概念瀏覽;論文與概念詳情按摘要排版閱讀,不直接展示原始 Markdown。
  • 自動生成 3-Taxonomy/ 分類頁與論文頁導航塊,「重建導航」冪等可反覆執行。

導出與其它

  • python tools/make_mobile_reader.py 可將整庫導出 EPUB / DOCX / PDF,供同步盤與手機閱讀器只讀使用。
  • Windows 爲一等支持;macOS / Linux 標記爲實驗性。

隱私說明(使用前必讀)

  • PDF 會上傳到 MinerU 雲端解析;摘要材料會發往你在 DSH 中配置的 LLM provider;標題 / DOI / arXiv 會查詢 Crossref / arXiv。
  • 插件自述無遙測。涉密、未發表或不允許上傳第三方的稿件不應導入。

安裝與啓用

插件以當前 DSH 進程權限運行;安裝前建議在 GitHub 查看源碼與 MIT 許可證。DSH 版本要求:>=0.2.1-rc.1 <0.3.0;Node.js >=20(桌面版自帶);Python >=3.10,需安裝流水線依賴(見下文)。

準備環境

  1. 安裝 DSH 桌面版,在 Obsidian 中新建或打開一個庫(路徑儘量短)。
  2. 在 mineru.net 註冊,於控制台 API 管理創建 Token(後續寫入配置或環境變量 MINERU_API_KEY)。

方式 A:npm 安裝(推薦)

在 profile 目錄安裝包(Windows 示例):

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add paperdepot

也可在 DSH「插件 → 添加插件」對話框填寫包名 paperdepot。

在 profile 的 cordis.patch.yml 末尾增加條目(將 vault 換成你的 Obsidian 庫絕對路徑):

- insert:
    - id: paperdepot
      name: paperdepot
      config:
        vault: 'C:\Users\<你>\Documents\ObsidianVault'

重要:name: 必須是包名 paperdepot,不能寫成 paperdepot/host 等子路徑,否則可能出現 host 正常但左側欄沒有「論文庫」。

刷新 DSH,必要時重啓。

方式 B:發現頁 + 自建索引源

DSH 默認「發現」頁無索引源。啓用自定義插件市場後,添加索引源:

https://raw.githubusercontent.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/main/market/index.json

搜索「論文庫」或 paperdepot 安裝,並同樣配置 cordis.patch.yml。

方式 C:Release tarball

從 GitHub Releases 下載 paperdepot-<版本>.tgz(示例名 paperdepot-0.1.2.tgz),再:

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add "D:\downloads\paperdepot-0.1.2.tgz"

tgz 絕對路徑也可填入「添加插件」對話框。cordis.patch.yml 配置同方式 A。

不想手動敲命令時,倉庫提供一鍵安裝提示詞,整段發給 DSH 可自動裝包、寫 patch 並驗證。

首次配置

打開左側欄「論文庫」,在配置卡中:

  1. 粘貼 MinerU Token →「保存並驗證」(會真實調用 MinerU 驗 key)。
  2. 選擇已存在的 Obsidian 庫路徑(空庫亦可,首次導入會創建 1-Papers/)。
  3. 安裝 Python 依賴(requirements.txt 在 npm 安裝態位於插件包 pipeline/ 目錄,面板會顯示流水線路徑):
python -m pip install -r requirements.txt
  1. (可選)在 profile 插件配置中設置 provider / model;未設置時用宿主默認模型。無可用模型仍可入庫,摘要與標籤爲「待生成」。

安裝態配置與緩存默認在 ~/.dsh/paperdepot/;可用環境變量 PAPERDEPOT_HOME、PAPERDEPOT_VAULT 等覆蓋(詳見 README 配置參考)。

典型用法

動作 做法
導入單篇 將 PDF 拖入「論文庫」面板,或「選擇 PDF」,或在輸入框粘貼本地路徑後回車
批量導入 python tools/ingest.py "D:\papers\*.pdf" --vault "<庫路徑>"
從 Zotero 設置 ZOTERO_STORAGE 後 python tools/ingest.py --from-storage --limit 20 --vault "<庫路徑>"
查看與搜索 面板「總覽」「論文」;在 Obsidian 打開 1-Papers/<標題>/index.md
補摘要 論文頁對「待生成」點「生成摘要與標籤」,或使用「批量補摘要(N)」
手機閱讀 python tools/make_mobile_reader.py --vault "<庫路徑>" --out "<輸出目錄>"

導入成功後可在 Obsidian 中查看 1-Papers/<標題>/index.md;面板導入時可看實時日誌。

適用場景與注意

適合誰

  • 已在用 DSH + Obsidian 做知識庫,希望 PDF 一鍵進庫、元數據與摘要結構化、標籤受控、並沿用 Obsidian 雙鏈與 Graph 的讀者與研究者。

環境與限制

  • 依賴 MinerU 雲端與(可選)DSH 內 LLM;需自管 Token 與模型路由。
  • 論文目錄名限制 ≤120 字符;Windows 上庫根路徑宜短,避免圖片或 PDF 路徑過長。
  • 卸載:DSH 設置中卸載或移除 cordis.patch.yml 對應項,刪除 ~/.dsh/paperdepot/;庫內 1-Papers/ 等數據可自行保留。

DeepSeek Harness 生態強調「一切皆插件」;SkillHub 目錄頁 爲社區收錄,與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係,並非官方應用商店。

結尾

PaperDepot 把 PDF 解析、元數據、LLM 摘要與 Obsidian 落庫串成一條可在 DSH 面板操作的流水線,適合需要「可檢索、可讀、可連接」論文庫、又不願把 Obsidian 變成重型 ETL 工具的用戶。細節與 FAQ 以倉庫 README 爲準。

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