PaperDepot: Transforming PDF Papers into a Searchable Paper Library in Obsidian

前言

在 DeepSeek Harness(DSH)里做文献整理,常见做法是手动把 PDF 拷进 Obsidian、自己写 frontmatter,或依赖 Obsidian 社区插件做局部能力。PDF 的结构化正文、元数据、摘要和受控标签往往要拆多套工具,Obsidian 侧也难统一检索与双链。PaperDepot 是挂在 DSH 上的插件:负责「进件 + 组织」,Obsidian 只负责存储与阅读;它不是 Obsidian 社区插件,安装进 DSH 后由左侧面板操作,写入你指定的库路径。

下面介绍它是什么、能做什么,以及如何安装与日常使用。

这是什么

PaperDepot(npm 包名 paperdepot)由 HUAWEIYYLS 维护,在 DSH 社区目录中归类为「记忆」。当前 npm 版本为 0.1.2,许可证 MIT。一句话定位:把 PDF 论文变成可检索、可读、可连接的 Obsidian 论文库。

处理流水线在 README 中概括为:MinerU 解析 PDF → 元数据(Crossref / arXiv 等)→ 组装条目(index.md、full.md、paper.pdf、图片)→ LLM 生成结构化中文摘要与四类受控标签 → 写入 Obsidian 库。

核心功能

以下能力均来自仓库 README,可按需选用。

入库与去重

  • 拖拽、选择文件或粘贴本地路径导入 PDF;同一 PDF 按指纹自动跳过。

元数据

  • 优先读 PDF 首页 DOI / arXiv 号,再通过 Crossref / arXiv 精确查询标题、作者、年份、期刊等。

摘要与标签

  • LLM 生成中文摘要(一句话总结、背景、方法、结果、结论、数据表等)和四类分层标签(领域 / 方法 / 应用 / 仪器),映射到受控词表。
  • 支持单篇「生成摘要与标签」,以及顶栏「批量补摘要」排队处理「待生成」条目,可停止;中断后再点会跳过已完成项继续。

Obsidian 侧体验

  • 元数据写入 frontmatter,Properties、Dataview、标签面板、双链、Graph 可直接使用。
  • 面板提供总览、论文搜索、概念浏览;论文与概念详情按摘要排版阅读,不直接展示原始 Markdown。
  • 自动生成 3-Taxonomy/ 分类页与论文页导航块,「重建导航」幂等可反复执行。

导出与其它

  • python tools/make_mobile_reader.py 可将整库导出 EPUB / DOCX / PDF,供同步盘与手机阅读器只读使用。
  • Windows 为一等支持;macOS / Linux 标记为实验性。

隐私说明(使用前必读)

  • PDF 会上传到 MinerU 云端解析;摘要材料会发往你在 DSH 中配置的 LLM provider;标题 / DOI / arXiv 会查询 Crossref / arXiv。
  • 插件自述无遥测。涉密、未发表或不允许上传第三方的稿件不应导入。

安装与启用

插件以当前 DSH 进程权限运行;安装前建议在 GitHub 查看源码与 MIT 许可证。DSH 版本要求:>=0.2.1-rc.1 <0.3.0;Node.js >=20(桌面版自带);Python >=3.10,需安装流水线依赖(见下文)。

准备环境

  1. 安装 DSH 桌面版,在 Obsidian 中新建或打开一个库(路径尽量短)。
  2. 在 mineru.net 注册,于控制台 API 管理创建 Token(后续写入配置或环境变量 MINERU_API_KEY)。

方式 A:npm 安装(推荐)

在 profile 目录安装包(Windows 示例):

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add paperdepot

也可在 DSH「插件 → 添加插件」对话框填写包名 paperdepot。

在 profile 的 cordis.patch.yml 末尾增加条目(将 vault 换成你的 Obsidian 库绝对路径):

- insert:
    - id: paperdepot
      name: paperdepot
      config:
        vault: 'C:\Users\<你>\Documents\ObsidianVault'

重要:name: 必须是包名 paperdepot,不能写成 paperdepot/host 等子路径,否则可能出现 host 正常但左侧栏没有「论文库」。

刷新 DSH,必要时重启。

方式 B:发现页 + 自建索引源

DSH 默认「发现」页无索引源。启用自定义插件市场后,添加索引源:

https://raw.githubusercontent.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/main/market/index.json

搜索「论文库」或 paperdepot 安装,并同样配置 cordis.patch.yml。

方式 C:Release tarball

从 GitHub Releases 下载 paperdepot-<版本>.tgz(示例名 paperdepot-0.1.2.tgz),再:

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add "D:\downloads\paperdepot-0.1.2.tgz"

tgz 绝对路径也可填入「添加插件」对话框。cordis.patch.yml 配置同方式 A。

不想手动敲命令时,仓库提供一键安装提示词,整段发给 DSH 可自动装包、写 patch 并验证。

首次配置

打开左侧栏「论文库」,在配置卡中:

  1. 粘贴 MinerU Token →「保存并验证」(会真实调用 MinerU 验 key)。
  2. 选择已存在的 Obsidian 库路径(空库亦可,首次导入会创建 1-Papers/)。
  3. 安装 Python 依赖(requirements.txt 在 npm 安装态位于插件包 pipeline/ 目录,面板会显示流水线路径):
python -m pip install -r requirements.txt
  1. (可选)在 profile 插件配置中设置 provider / model;未设置时用宿主默认模型。无可用模型仍可入库,摘要与标签为「待生成」。

安装态配置与缓存默认在 ~/.dsh/paperdepot/;可用环境变量 PAPERDEPOT_HOME、PAPERDEPOT_VAULT 等覆盖(详见 README 配置参考)。

典型用法

动作 做法
导入单篇 将 PDF 拖入「论文库」面板,或「选择 PDF」,或在输入框粘贴本地路径后回车
批量导入 python tools/ingest.py "D:\papers\*.pdf" --vault "<库路径>"
从 Zotero 设置 ZOTERO_STORAGE 后 python tools/ingest.py --from-storage --limit 20 --vault "<库路径>"
查看与搜索 面板「总览」「论文」;在 Obsidian 打开 1-Papers/<标题>/index.md
补摘要 论文页对「待生成」点「生成摘要与标签」,或使用「批量补摘要(N)」
手机阅读 python tools/make_mobile_reader.py --vault "<库路径>" --out "<输出目录>"

导入成功后可在 Obsidian 中查看 1-Papers/<标题>/index.md;面板导入时可看实时日志。

适用场景与注意

适合谁

  • 已在用 DSH + Obsidian 做知识库,希望 PDF 一键进库、元数据与摘要结构化、标签受控、并沿用 Obsidian 双链与 Graph 的读者与研究者。

环境与限制

  • 依赖 MinerU 云端与(可选)DSH 内 LLM;需自管 Token 与模型路由。
  • 论文目录名限制 ≤120 字符;Windows 上库根路径宜短,避免图片或 PDF 路径过长。
  • 卸载:DSH 设置中卸载或移除 cordis.patch.yml 对应项,删除 ~/.dsh/paperdepot/;库内 1-Papers/ 等数据可自行保留。

DeepSeek Harness 生态强调「一切皆插件」;SkillHub 目录页 为社区收录,与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系,并非官方应用商店。

结尾

PaperDepot 把 PDF 解析、元数据、LLM 摘要与 Obsidian 落库串成一条可在 DSH 面板操作的流水线,适合需要「可检索、可读、可连接」论文库、又不愿把 Obsidian 变成重型 ETL 工具的用户。细节与 FAQ 以仓库 README 为准。

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Xiaoye