前言¶

DeepSeek Harness（DSH）支持插件化擴展，允許開發者將外部數據源或工具接入到 DSH 的對話流中。dsh-strawberry-data-hub 插件旨在將 Strawberry Data Hub 的草莓研究數據（涵蓋基因組、多組學、文獻和預測工具）與 DSH 的自然語言能力打通。

通過該插件，開發者可以在 DSH 中直接進行文獻檢索、基因解析、序列導出以及多組學上下文查詢，無需切換至獨立的 Web 界面。

插件概況¶

• 名稱：dsh-strawberry-data-hub
• 維護者：798645706
• 版本：0.1.0-beta.8 (Beta 2)
• 許可證：MIT
• 核心價值：將草莓研究專用數據接口轉化爲 DSH 可調用的工具集，支持基因、文獻、序列及 BerryPlot/BerryLocus 預測流程的集成。

核心功能¶

插件集成了 37 項工具，覆蓋數據獲取、分析、可視化準備及結果驗證全流程。主要功能分爲以下幾類：

• 文獻與證據檢索

  • sdh_literature_search：檢索草莓研究文獻，保留 DOI、證據標識與研究材料。
  • sdh_evidence_check：覈對結構化聲明的證據 ID、DOI、原文摘錄及數值字面匹配。
  • sdh_data_catalog：瀏覽基因組及其他數據資源目錄。

• 基因與基因組上下文

  • sdh_gene_resolve：按基因 ID 解析物種及組裝版本，多候選時支持追問。
  • sdh_gene_context：查詢功能註釋及可用的表達、表觀組等上下文。
  • sdh_pangenome_query / sdh_graph_variation_query：查詢泛基因組及圖變異證據。
  • sdh_synteny_search：選擇參考版本後查詢共線性。
  • sdh_family_search / sdh_tf_search / sdh_mirna_search：查詢基因家族、轉錄因子和 miRNA。

• 序列處理與分析

  • sdh_sequence_fetch：查詢蛋白/CDS 元數據並校驗序列。
  • sdh_sequence_export：生成 FASTA 文件，提供附件及本機 Web 下載鏈接。
  • sdh_sequence_analysis：序列工具箱、ORF、批量序列及引物設計。
  • sdh_crispr_query：查詢 CRISPR 數據。

• 多組學與功能分析

  • sdh_single_cell_query / sdh_transcriptome_query / sdh_epigenome_query：查詢單細胞、轉錄組和表觀組數據。
  • sdh_functional_enrichment：有明確物種及組裝背景的 GO / KEGG 富集。
  • sdh_metabolite_search / sdh_coexpression_query：查詢代謝組特徵及共表達結果。

• BerryPlot 與 BerryLocus 工作流

  • sdh_berryplot_prepare：準備 BerryPlot 繪圖方案，返回待確認草稿。
  • sdh_berrylocus_prepare：準備帶完整參考和 SNV 參數的 BerryLocus 預測草稿。
  • sdh_task_confirm / sdh_task_status：經 DSH 單獨確認後提交任務，並查詢同一任務狀態。
  • sdh_prediction_result：獲取已完成的 BerryLocus 預測結果。
  • sdh_plot_download：校驗並下載 BerryPlot 圖件及數據。

安裝與配置¶

前置條件¶

• Node.js：24 或更新版本。
• DeepSeek Harness：已配置模型。
• DSH 工具鏈：CLI / dsh-tools 版本 0.1.5-rc.2。

安裝命令¶

在 DSH 的命令行中執行以下命令以安裝插件：

dsh plugin --profile strawberry add dsh-strawberry-data-hub@0.1.0-beta.8

配置文件¶

在對應的 cordis.patch.yml 中配置服務地址及超時設置：

- id: strawberry-data-hub
  config:
    baseUrl: https://sci.hainanu.edu.cn/strawberry/
    timeoutMs: 45000
    researchOnly: true

• researchOnly：可選，默認關閉。開啓後僅允許上述 37 項 SDH 工具及 ask_user_question，適合草莓研究專用環境。
• timeoutMs：範圍 100–120000ms，用於只讀接口；任務流程請求固定 90 秒超時。

使用示例¶

1. 文獻與基因檢索¶

安裝後，可直接向 DSH 提問。例如檢索特定基因的研究背景：

檢索 FvSTOP1 調控草莓花青素的研究，列出研究材料和 DOI。

查詢 FvesChr6G00057790.1，物種 Fragaria vesca，組裝 v6.0(Horticulture Research. 2023) 的註釋和表達信息。

2. 序列導出¶

在獲取基因信息後，可以請求導出序列：

導出上述基因的蛋白和 CDS 到一個 FASTA 文件，並提供下載鏈接。

插件會返回校驗後的序列（包含 SHA-256 校驗），並生成本地下載鏈接。

3. BerryPlot 繪圖與 BerryLocus 預測¶

涉及 BerryPlot 或 BerryLocus 時，需要遵循“準備草稿 -> 確認任務 -> 獲取結果”的流程：

請畫 Camarosa 數據集的 FxaC_10g00030、FxaC_10g00031、FxaC_10g00070 表達熱圖。先展示方案，確認後提交。

執行步驟：
1. 插件返回結構化參數草稿，不進行實際計算。
2. 在 DSH 中單獨批准 sdh_task_confirm 後開始任務。
3. 查詢任務狀態，成功後下載繪圖文件及數據。

注意事項¶

• 內存隔離：任務會話和確認憑據僅存於當前 DSH 進程內存，不轉發 DSH 的模型密鑰給服務器。
• 下載鏈接有效期：下載鏈接僅供運行 DSH 的本機使用，15 分鐘有效；重啓或切換對話後失效。
• 無自動重試：遇到限流或權限拒絕則停止，不自動重試；明確拒絕後需由用戶決定再次嘗試。
• 數據來源：本插件僅分發代碼（MIT 許可證），不包含數據庫或文獻語料本身。數據和文獻按各自來源的許可使用。
• 座標系統：基因組區間使用 0-based half-open；SNV 草稿位置和 CRISPR 區間使用 1-based，不可混用。
• 預測結果：模型分數不等同於實驗驗證的功能效應，預測結果保留 scientificValidation 標記。
• 文件預覽：plot-data.json 不超過 24 KB 時返回校驗後的完整內容預覽，較大文件僅提供下載。

總結¶

dsh-strawberry-data-hub 爲 DSH 增加了 37 個草莓研究專用工具。通過自然語言即可完成從文獻檢索、基因解析、序列導出到 BerryPlot 繪圖的全鏈路操作。使用時需注意任務確認流程及下載鏈接的有效期限制。