前言¶

DeepSeek Harness（DSH）支持插件化扩展，允许开发者将外部数据源或工具接入到 DSH 的对话流中。dsh-strawberry-data-hub 插件旨在将 Strawberry Data Hub 的草莓研究数据（涵盖基因组、多组学、文献和预测工具）与 DSH 的自然语言能力打通。

通过该插件，开发者可以在 DSH 中直接进行文献检索、基因解析、序列导出以及多组学上下文查询，无需切换至独立的 Web 界面。

插件概况¶

• 名称：dsh-strawberry-data-hub
• 维护者：798645706
• 版本：0.1.0-beta.8 (Beta 2)
• 许可证：MIT
• 核心价值：将草莓研究专用数据接口转化为 DSH 可调用的工具集，支持基因、文献、序列及 BerryPlot/BerryLocus 预测流程的集成。

核心功能¶

插件集成了 37 项工具，覆盖数据获取、分析、可视化准备及结果验证全流程。主要功能分为以下几类：

• 文献与证据检索

  • sdh_literature_search：检索草莓研究文献，保留 DOI、证据标识与研究材料。
  • sdh_evidence_check：核对结构化声明的证据 ID、DOI、原文摘录及数值字面匹配。
  • sdh_data_catalog：浏览基因组及其他数据资源目录。

• 基因与基因组上下文

  • sdh_gene_resolve：按基因 ID 解析物种及组装版本，多候选时支持追问。
  • sdh_gene_context：查询功能注释及可用的表达、表观组等上下文。
  • sdh_pangenome_query / sdh_graph_variation_query：查询泛基因组及图变异证据。
  • sdh_synteny_search：选择参考版本后查询共线性。
  • sdh_family_search / sdh_tf_search / sdh_mirna_search：查询基因家族、转录因子和 miRNA。

• 序列处理与分析

  • sdh_sequence_fetch：查询蛋白/CDS 元数据并校验序列。
  • sdh_sequence_export：生成 FASTA 文件，提供附件及本机 Web 下载链接。
  • sdh_sequence_analysis：序列工具箱、ORF、批量序列及引物设计。
  • sdh_crispr_query：查询 CRISPR 数据。

• 多组学与功能分析

  • sdh_single_cell_query / sdh_transcriptome_query / sdh_epigenome_query：查询单细胞、转录组和表观组数据。
  • sdh_functional_enrichment：有明确物种及组装背景的 GO / KEGG 富集。
  • sdh_metabolite_search / sdh_coexpression_query：查询代谢组特征及共表达结果。

• BerryPlot 与 BerryLocus 工作流

  • sdh_berryplot_prepare：准备 BerryPlot 绘图方案，返回待确认草稿。
  • sdh_berrylocus_prepare：准备带完整参考和 SNV 参数的 BerryLocus 预测草稿。
  • sdh_task_confirm / sdh_task_status：经 DSH 单独确认后提交任务，并查询同一任务状态。
  • sdh_prediction_result：获取已完成的 BerryLocus 预测结果。
  • sdh_plot_download：校验并下载 BerryPlot 图件及数据。

安装与配置¶

前置条件¶

• Node.js：24 或更新版本。
• DeepSeek Harness：已配置模型。
• DSH 工具链：CLI / dsh-tools 版本 0.1.5-rc.2。

安装命令¶

在 DSH 的命令行中执行以下命令以安装插件：

dsh plugin --profile strawberry add dsh-strawberry-data-hub@0.1.0-beta.8

配置文件¶

在对应的 cordis.patch.yml 中配置服务地址及超时设置：

- id: strawberry-data-hub
  config:
    baseUrl: https://sci.hainanu.edu.cn/strawberry/
    timeoutMs: 45000
    researchOnly: true

• researchOnly：可选，默认关闭。开启后仅允许上述 37 项 SDH 工具及 ask_user_question，适合草莓研究专用环境。
• timeoutMs：范围 100–120000ms，用于只读接口；任务流程请求固定 90 秒超时。

使用示例¶

1. 文献与基因检索¶

安装后，可直接向 DSH 提问。例如检索特定基因的研究背景：

检索 FvSTOP1 调控草莓花青素的研究，列出研究材料和 DOI。

查询 FvesChr6G00057790.1，物种 Fragaria vesca，组装 v6.0(Horticulture Research. 2023) 的注释和表达信息。

2. 序列导出¶

在获取基因信息后，可以请求导出序列：

导出上述基因的蛋白和 CDS 到一个 FASTA 文件，并提供下载链接。

插件会返回校验后的序列（包含 SHA-256 校验），并生成本地下载链接。

3. BerryPlot 绘图与 BerryLocus 预测¶

涉及 BerryPlot 或 BerryLocus 时，需要遵循“准备草稿 -> 确认任务 -> 获取结果”的流程：

请画 Camarosa 数据集的 FxaC_10g00030、FxaC_10g00031、FxaC_10g00070 表达热图。先展示方案，确认后提交。

执行步骤：
1. 插件返回结构化参数草稿，不进行实际计算。
2. 在 DSH 中单独批准 sdh_task_confirm 后开始任务。
3. 查询任务状态，成功后下载绘图文件及数据。

注意事项¶

• 内存隔离：任务会话和确认凭据仅存于当前 DSH 进程内存，不转发 DSH 的模型密钥给服务器。
• 下载链接有效期：下载链接仅供运行 DSH 的本机使用，15 分钟有效；重启或切换对话后失效。
• 无自动重试：遇到限流或权限拒绝则停止，不自动重试；明确拒绝后需由用户决定再次尝试。
• 数据来源：本插件仅分发代码（MIT 许可证），不包含数据库或文献语料本身。数据和文献按各自来源的许可使用。
• 坐标系统：基因组区间使用 0-based half-open；SNV 草稿位置和 CRISPR 区间使用 1-based，不可混用。
• 预测结果：模型分数不等同于实验验证的功能效应，预测结果保留 scientificValidation 标记。
• 文件预览：plot-data.json 不超过 24 KB 时返回校验后的完整内容预览，较大文件仅提供下载。

总结¶

dsh-strawberry-data-hub 为 DSH 增加了 37 个草莓研究专用工具。通过自然语言即可完成从文献检索、基因解析、序列导出到 BerryPlot 绘图的全链路操作。使用时需注意任务确认流程及下载链接的有效期限制。