xby-anndata: AnnData 數據檢索工具

前言

在 DSH 的插件化生態中,針對生物醫學數據分析場景,直接在對話中處理 AnnData 對象的元數據、統計特徵或原始數據往往需要結構化的工具支持。xby-anndata 插件通過 MCP 協議,爲智能體提供了檢索 AnnData 對象信息的能力。

插件定位

該插件由 xby_skill 維護,採用 MIT 許可證。它是一個基於 MCP 協議的數據檢索工具,主要解決 AnnData 對象的摘要獲取、統計描述及原始數據查看問題。

核心功能

插件提供了以下四個主要工具:

  • set_xby_apikey
    在聊天中設置 API 密鑰。該密鑰會自動持久化,重啓 DSH 後依然有效。
  • view_raw_data
    查看指定 AnnData 對象的原始數據。
  • get_summary
    從文件路徑或 URL 獲取 AnnData 對象的摘要信息。
  • get_descriptive_stats
    爲 AnnData 對象的屬性或屬性值(支持可選過濾)提供基本描述性統計,包括計數、均值、標準差、最小值、最大值等,或提供值計數。

安裝與啓用

推薦通過 GitHub 安裝。

dsh plugin --profile web add github:xby_skill/xby-anndata

如果需要本地開發調試,可以使用以下方式之一:
1. 從本地目錄安裝:

   dsh plugin --profile web add /absolute/path/to/xby-anndata
  1. 通過 cordis.patch.yml 調試:
   dsh web --profile web --patch /absolute/path/to/dsh-ocr-plugin/cordis.patch.yml

配置與使用

使用該插件前,需要前往小笨羊官網註冊並獲取 API 密鑰。在對話中調用相關工具時,系統會提示設置密鑰。

注意事項

  • 該插件以當前 DSH 進程的權限運行,使用前請檢查源碼與許可證(MIT)。
  • 提供本地開發調試方式,適合二次開發或問題排查。

結尾

通過上述步驟,即可在 DSH 環境中實現對 AnnData 對象的標準化檢索與分析。更多細節可查閱 GitHub 倉庫。

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