xby-anndata: AnnData 数据检索工具

前言

在 DSH 的插件化生态中,针对生物医学数据分析场景,直接在对话中处理 AnnData 对象的元数据、统计特征或原始数据往往需要结构化的工具支持。xby-anndata 插件通过 MCP 协议,为智能体提供了检索 AnnData 对象信息的能力。

插件定位

该插件由 xby_skill 维护,采用 MIT 许可证。它是一个基于 MCP 协议的数据检索工具,主要解决 AnnData 对象的摘要获取、统计描述及原始数据查看问题。

核心功能

插件提供了以下四个主要工具:

  • set_xby_apikey
    在聊天中设置 API 密钥。该密钥会自动持久化,重启 DSH 后依然有效。
  • view_raw_data
    查看指定 AnnData 对象的原始数据。
  • get_summary
    从文件路径或 URL 获取 AnnData 对象的摘要信息。
  • get_descriptive_stats
    为 AnnData 对象的属性或属性值(支持可选过滤)提供基本描述性统计,包括计数、均值、标准差、最小值、最大值等,或提供值计数。

安装与启用

推荐通过 GitHub 安装。

dsh plugin --profile web add github:xby_skill/xby-anndata

如果需要本地开发调试,可以使用以下方式之一:
1. 从本地目录安装:

   dsh plugin --profile web add /absolute/path/to/xby-anndata
  1. 通过 cordis.patch.yml 调试:
   dsh web --profile web --patch /absolute/path/to/dsh-ocr-plugin/cordis.patch.yml

配置与使用

使用该插件前,需要前往小笨羊官网注册并获取 API 密钥。在对话中调用相关工具时,系统会提示设置密钥。

注意事项

  • 该插件以当前 DSH 进程的权限运行,使用前请检查源码与许可证(MIT)。
  • 提供本地开发调试方式,适合二次开发或问题排查。

结尾

通过上述步骤,即可在 DSH 环境中实现对 AnnData 对象的标准化检索与分析。更多细节可查阅 GitHub 仓库。

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