前言¶
DeepSeek Harness（DSH）通過插件機制擴展智能體的能力。給智能體提供工具庫時，如果依賴未安裝，智能體往往不會報告缺失，而是自己僞造一個客戶端或文件路徑，給出看似合理的結果。
dsh-biomni 插件防止這種“虛假可用”的情況。它作爲 DeepSeek Harness 的外部插件運行，不修改 Harness 本身。核心原則是：智能體被告知的一切（函數、數據集、工具），都經過環境檢查，只提供當前機器真正能交付的內容。
核心功能¶
該插件爲智能體提供以下能力：
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記憶型 Python 解釋器
每個會話一個進程。導入的數據、數據框和擬合模型可以在多次調用中保留，智能體可以分步執行腳本而非每次重發。若解釋器閒置超過 30 分鐘，會被回收以釋放內存，智能體會收到通知而非遇到NameError。 -
21 個研究功能技能
基於 Biomni 的 218 個函數，按模塊拆分爲 21 個技能。每個技能攜帶真實的函數簽名（參數類型、默認值、含義）。按需加載，節省上下文 token。 -
數據湖技能
展示本地下載的生物醫學數據集，包含確切路徑、大小和許可證標誌。優先使用本地數據，減少網絡請求。 -
軟件技能
報告當前機器上實際安裝的生物信息學包和命令行工具，使智能體能直接調用samtools等工具，而非重新實現。 -
誠實的環境報告
提供/biomni命令和設置頁面，精確顯示哪些功能可用、哪些缺失以及修復所需的包。 -
結果輸出通道
run_python返回文本。解釋器綁定輸出目錄BIOMNI_OUT。寫入該目錄的文件會被模型讀取，圖表內聯顯示，CSV 顯示爲表格，支持文件下載。 -
數據湖瀏覽器
設置頁面列出所有數據集及其大小，標記哪些在磁盤上。非商業數據集使用前需要明確致謝。
安裝與啓用¶
1. 添加插件¶
在終端執行以下命令將插件加入配置：
dsh plugin --profile web add dsh-biomni
2. 構建 Python 環境¶
插件不會自動安裝 Biomni。數據湖和軟件目錄立即可用，但 21 個工具技能需要 Biomni。
git clone https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni && cd dsh-biomni
bash scripts/setup-env.sh
該腳本會優先使用 uv（約 11 秒）安裝依賴，若未安裝則回退到 pip。安裝完成後，腳本會運行探測檢查，只有當 Biomni 實際導入成功時，探針纔會聲明成功。
3. 配置解釋器路徑¶
啓動 DSH 後，進入 Settings → Biomni，將 Python 解釋器設置爲步驟 2 中生成的虛擬環境路徑（例如 /abs/path/to/.venv/bin/python）。
或者在 $DSH_HOME/settings.yaml 中手動配置：
biomni:
python: /abs/path/to/.venv/bin/python
idleTimeoutMs: 1800000 # 30分鐘閒置後回收
guardShellPython: true
4. 驗證安裝¶
/biomni
該命令會列出解釋器可運行的內容以及缺失項的修復方案。
典型用法¶
/biomni：查看可用技能和環境狀態。/biomni-datasets：查看本地數據集詳情。/biomni-out：查看工作產生的輸出文件。pnpm run install:preset：安裝預設的生物醫藥研究員人設配置。
注意事項¶
- 內存回收：解釋器閒置 30 分鐘後會被重置以釋放內存。
- 數據許可：使用非商業數據集時，需進行明確的致謝。
- 非侵入式：該插件不 Fork 或修補 Harness。
- 探測機制：探針會拒絕在 Biomni 導入失敗時聲稱成功，確保環境描述準確。
總結¶
dsh-biomni 是 ZhuYanTech 維護的 DeepSeek Harness 插件，通過持久化 Python 解釋器和細粒度的技能拆分，爲智能體提供可靠的生物醫學研究工具鏈。所有能力均基於實際環境，避免智能體因依賴缺失而產生幻覺。
GitHub 倉庫：https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni
