dsh-biomni: DeepSeek Harness 的生物医药研究插件

前言¶

DeepSeek Harness（DSH）通过插件机制扩展智能体的能力。给智能体提供工具库时，如果依赖未安装，智能体往往不会报告缺失，而是自己伪造一个客户端或文件路径，给出看似合理的结果。

dsh-biomni 插件防止这种“虚假可用”的情况。它作为 DeepSeek Harness 的外部插件运行，不修改 Harness 本身。核心原则是：智能体被告知的一切（函数、数据集、工具），都经过环境检查，只提供当前机器真正能交付的内容。

核心功能¶

该插件为智能体提供以下能力：

1. 记忆型 Python 解释器
   每个会话一个进程。导入的数据、数据框和拟合模型可以在多次调用中保留，智能体可以分步执行脚本而非每次重发。若解释器闲置超过 30 分钟，会被回收以释放内存，智能体会收到通知而非遇到 NameError。

2. 21 个研究功能技能
   基于 Biomni 的 218 个函数，按模块拆分为 21 个技能。每个技能携带真实的函数签名（参数类型、默认值、含义）。按需加载，节省上下文 token。

3. 数据湖技能
   展示本地下载的生物医学数据集，包含确切路径、大小和许可证标志。优先使用本地数据，减少网络请求。

4. 软件技能
   报告当前机器上实际安装的生物信息学包和命令行工具，使智能体能直接调用 samtools 等工具，而非重新实现。

5. 诚实的环境报告
   提供 /biomni 命令和设置页面，精确显示哪些功能可用、哪些缺失以及修复所需的包。

6. 结果输出通道
   run_python 返回文本。解释器绑定输出目录 BIOMNI_OUT。写入该目录的文件会被模型读取，图表内联显示，CSV 显示为表格，支持文件下载。

7. 数据湖浏览器
   设置页面列出所有数据集及其大小，标记哪些在磁盘上。非商业数据集使用前需要明确致谢。

安装与启用¶

1. 添加插件¶

在终端执行以下命令将插件加入配置：

dsh plugin --profile web add dsh-biomni

2. 构建 Python 环境¶

插件不会自动安装 Biomni。数据湖和软件目录立即可用，但 21 个工具技能需要 Biomni。

git clone https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni && cd dsh-biomni
bash scripts/setup-env.sh

该脚本会优先使用 uv（约 11 秒）安装依赖，若未安装则回退到 pip。安装完成后，脚本会运行探测检查，只有当 Biomni 实际导入成功时，探针才会声明成功。

3. 配置解释器路径¶

启动 DSH 后，进入 Settings → Biomni，将 Python 解释器设置为步骤 2 中生成的虚拟环境路径（例如 /abs/path/to/.venv/bin/python）。

或者在 $DSH_HOME/settings.yaml 中手动配置：

biomni:
  python: /abs/path/to/.venv/bin/python
  idleTimeoutMs: 1800000  # 30分钟闲置后回收
  guardShellPython: true

4. 验证安装¶

/biomni

该命令会列出解释器可运行的内容以及缺失项的修复方案。

典型用法¶

• /biomni：查看可用技能和环境状态。
• /biomni-datasets：查看本地数据集详情。
• /biomni-out：查看工作产生的输出文件。
• pnpm run install:preset：安装预设的生物医药研究员人设配置。

注意事项¶

• 内存回收：解释器闲置 30 分钟后会被重置以释放内存。
• 数据许可：使用非商业数据集时，需进行明确的致谢。
• 非侵入式：该插件不 Fork 或修补 Harness。
• 探测机制：探针会拒绝在 Biomni 导入失败时声称成功，确保环境描述准确。

总结¶

dsh-biomni 是 ZhuYanTech 维护的 DeepSeek Harness 插件，通过持久化 Python 解释器和细粒度的技能拆分，为智能体提供可靠的生物医学研究工具链。所有能力均基于实际环境，避免智能体因依赖缺失而产生幻觉。

GitHub 仓库：https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni