SciFork:DeepSeek Harness 的 Git 原生生物醫學研究圖譜插件

在 DeepSeek Harness (DSH) 的插件生態中,構建一個可追溯、結構化的研究過程是一個常見需求。傳統的對話記錄往往缺乏對證據鏈和假設演進的系統化管理。SciFork 是一個本地、Git 原生的生物醫學研究圖譜插件,它通過將研究過程映射爲圖譜,幫助開發者梳理問題、假設與證據之間的關係。

簡介

SciFork 是一個爲 DeepSeek Harness (DSH) 設計的插件。它將研究問題轉化爲連接的、可檢查的研究圖譜,支持基於文獻證據的擴展,並保持項目文件的本地 Git 可審計性。該項目由用戶 zhang-bin-98 維護,採用 MIT 許可證。

核心功能

插件提供以下能力:

  • 圖譜化研究:將開放式研究問題轉化爲連接的、可檢查的研究圖譜。
  • 文獻證據導入:通過 PMID 或 DOI 引入文獻證據。
  • 分離關注點:將研究團隊的“結果”與“解釋”及“未驗證假設”分離。
  • 視圖切換:提供主視圖以檢查整個項目,或使用證據視圖關注特定實體的直接斷言。
  • 文獻驅動擴展:從當前焦點運行單步文獻驅動的擴展。
  • 本地快照:創建僅包含 SciFork 管理文件的本地 Git 快照。

安裝與啓用

安裝前請確保環境滿足以下要求:

  • DSH 0.1.1-rc.2(SciFork 0.0.3 緊耦合該版本接口)。
  • DSH Web 模式已配置爲本地迴環訪問 (127.0.0.1)。

執行安裝命令:

dsh plugin --profile web add git+https://github.com/zhang-bin-98/sci-fork.git

安裝完成後重啓 DSH。

典型用法

  • 啓動 DSH Web 模式:
    dsh --profile web
  • 在 Chat 中初始化研究項目:
    /research init
  • 驗證項目狀態:
    /research validate

注意事項

  • 版本限制:SciFork 0.0.3 緊耦合 DSH 0.1.1-rc.2 的公共接口。
  • 運行環境:插件設計用於在 DSH 迴環 Web 服務器上本地運行。
  • 數據安全:插件將文獻、PDF、模型輸出和項目 Markdown 視爲不可信數據。它不會上傳項目或添加雲同步,也不存儲完整的摘要或 PDF 內容。
  • 隱私合規:在提交或分享研究項目之前,請檢查其中是否包含 PHI(受保護健康信息)、PII(個人身份信息)或受限訪問數據。

SciFork 適合需要在本地管理研究流程並確保證據鏈可審計的開發者。更多細節與源碼請參考其 GitHub 倉庫。

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