在 DSH Web 环境中,文件预览默认以纯文本形式呈现。对于生物序列文件(如 FASTA、GenBank),这种方式难以进行交互式分析。dsh-file-explorer-preview-sequence 插件通过内置 SeqViz 查看器,将原生文本预览替换为交互式视图,便于查看拓扑结构、注释和酶切位点等信息。
功能概览¶
该插件由 wolfsonliu 维护,基于 seqviz 和 seqparse 库构建,支持 FASTA、GenBank、JBEI、SnapGene 和 SBOL 等多种格式。
- 交互式查看:提供圆形、线性、两者、两者翻转四种拓扑结构视图。
- 序列操作:支持颜色标注的特征注释、搜索高亮、酶切位点显示、补码/索引切换以及线性缩放。
- 界面集成:状态栏显示格式徽章、序列名称、类型和长度;工具栏和状态栏支持中文/英文本地化;界面跟随 DSH 的
data-ds-dark-theme变化。 - 显式选择:在
dsh-file-explorerv0.9.0+ 中,插件会注册为命名查看器,出现在文件行的“打开方式…”菜单中。
安装与依赖¶
使用前需确保已安装核心组件 dsh-file-explorer (v0.1.0+)。
dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-sequence
安装完成后,启动 DSH Web 服务即可生效。
典型用法¶
- 常规预览:在文件资源管理器中选择
.gb或.fasta文件,预览面板将直接渲染交互式序列查看器,而非原始文本。 - 处理模糊扩展名:对于扩展名容易混淆的文件(如
.xml或.seq),可在文件行的“打开方式…”菜单中显式选择此插件进行渲染。
注意事项¶
- 只读模式:当前预览功能为只读,不支持编辑序列。
- 版本要求:SnapGene 格式的
.dna文件以及大于 2 MiB 的文件需要dsh-file-explorerv0.1.0+ 版本支持。旧版本对此类文件的处理会降级(如显示不支持状态)。 - 回退机制:扩展名为
.xml或.seq但不符合 SBOL 或 JBEI 格式的文件,将回退到纯文本视图。