前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）裏讀論文，常見做法是：PDF 在 Finder 裏，筆記在 Obsidian 或單獨的 Markdown，高亮在預覽或第三方閱讀器，讓 Agent 總結則要自己把路徑或片段貼進會話。數據散在多處，同步和多設備一致性要靠個人習慣維持。
PaperDesk（倉庫名 dsh-paper-desk）把「一個普通目錄」做成論文庫根：每篇論文對應一個子目錄，裏面是 PDF、元數據、筆記、批註和對話記錄等普通文件。放進 iCloud、Dropbox、堅果雲等網盤路徑即可多設備同步；左欄有「論文庫」工作臺，閱讀、批註、筆記和在面板內讓 Agent 精讀可以在同一界面完成。下面介紹插件定位、能力與安裝用法，事實均來自倉庫 README 與 package.json。
這是什麼¶
PaperDesk 是 DeepSeek Harness 的論文庫插件，維護者爲 ZhexuanZhou，在社區目錄中歸類爲「記憶」。插件在宿主左側欄提供論文庫圖標（Plugin Manager 中顯示爲 論文庫 PaperDesk），打開後是原生工作臺，而不是跳轉到單獨網頁。
核心思路：無數據庫，狀態即文件。指定庫根目錄後，導入 PDF、自動補元數據、pdf.js 閱讀、Markdown 筆記、PDF 批註、多篇對比與關係圖譜，以及供 Agent 調用的 paper_* 工具，都落在這個目錄樹裏，便於網盤客戶端直接同步。
核心功能¶
論文庫與導入¶
- 庫根下每篇論文一個目錄，通常包含
paper.pdf、meta.json、notes.md、文本緩存等。 - 導入方式：拖拽到面板、點「導入 PDF」、將 PDF 放入庫根
_inbox/後點「掃描收件箱」，或由 Agent 通過paper_add按本機絕對路徑導入。 - 元數據從 PDF 內嵌信息、XMP、首頁文本、文件名等推斷標題、作者、年份、DOI、arXiv、摘要；有 DOI 時可經 Crossref 補全（可關閉）。同一 PDF 自動去重。
閱讀與批註¶
- 內置 pdf.js 閱讀器：連續滾動、縮放、按頁跳轉、可選中文本；另有已抽取文本視圖；掃描版文本過少時會提示。
- 選中文字可高亮、劃線、備註、提問；右側「批註」欄按頁列出標註，可編輯、刪除或在標註上「問 Agent」。標註保存在
annotations.json，隨庫同步。
筆記與 Agent 精讀¶
- 每篇論文一份 Markdown 筆記，固定分區包括摘要、要點、疑問、引用、我的想法、對話與補充等；支持 Cmd/Ctrl+S 保存。
- 閱讀器右上角「AI 解讀」打開側欄，與 PDF 並排：總結、方法精讀、審閱、相關工作、提問等任務在面板內流式輸出，不默認跳轉會話；可追問、停止、保存到筆記、點頁碼芯片跳轉。
- 選中文字點「提問」會把原文與問題寫入批註，並在同一 AI 側欄請求 Agent 回答。
- 每篇論文可有多條對話，保存在
papers/<id>/chats.json，隨網盤同步；對話在插件面板內管理，與 sidebar session 的執行關係 README 中有說明。
卡片、對比與關聯¶
- AI 回答可「生成卡片」，寫入論文目錄
cards.json，在筆記頁卡片欄編輯與管理。 - 多選 2–6 篇論文可做元數據對比矩陣，並生成 AI 對比報告，可保存到
<庫>/comparisons/。 - 關聯圖譜支持引用、相關、方法、對比、同主題、自定義等關係類型；關係存在
.paperdesk/relations.json。來源包括手動添加、AI「發現關聯」確認後寫入、從 PDF 參考文獻補全cites邊。
Agent 工具與同步¶
任意 DSH 會話可調用例如：paper_list、paper_search、paper_info、paper_text、paper_annotations、paper_notes_read、paper_note_append、paper_add、paper_update、paper_sync，以及 paper_cards、paper_relations 等（詳見 README 工具表）。
「同步」頁可查看網盤類型、外部變更、衝突副本、iCloud 未下載文件等；衝突時筆記等內容可寫入 .paperdesk/conflicts/ 而不覆蓋他端修改。插件不寫絕對路徑索引，多設備共用同一網盤目錄即可。
安裝與啓用¶
插件包爲 standard DSH 插件（dsh.bundle + cordis.patch.yml + 預構建 lib/）。package.json 標明版本 0.3.24，許可證 MIT，引擎要求 Node >= 20，DSH 版本需滿足其 engines.dsh 區間。
官方給出的安裝方式如下。
從本機已 clone 或解壓的目錄安裝：
dsh plugin --profile <profile> add /path/to/dsh-paper-desk
從 npm 安裝（包發佈在 scope @zhe_xuan，因與已有包名相近）：
dsh plugin --profile <profile> add @zhe_xuan/dsh-paper-desk
安裝後點擊左側欄論文庫圖標。首次打開會出現設置卡片：用「選擇目錄」指定庫根（推薦網盤路徑，例如 iCloud ~/Library/Mobile Documents/com~apple~CloudDocs/Papers、Dropbox ~/Dropbox/Papers、堅果雲 ~/Nutstore Files/Papers，或本地 ~/Documents/PaperDesk），或點「默認目錄」使用 ~/Documents/PaperDesk。之後在面板「設置」中可更換目錄、語言、Crossref 開關、掃描收件箱等。
運行時設置保存在 ~/.dsh/paper-desk/settings.json，優先級爲 settings.json 高於插件 config、再高於環境變量（具體配置鍵 README 設置一節有表，本文從略）。
典型用法¶
快速導入與閱讀¶
1、打開論文庫面板並完成庫路徑設置。
2、點「導入 PDF」或將 PDF 拖入面板，等待元數據補全。
3、進入閱讀頁閱讀；需要精讀時點「AI 解讀」選擇任務類型。
演示庫¶
倉庫提供 demo/library/（合成論文，僅演示）。可複製到 ~/Documents/PaperDesk-Demo/library，在「設置 → 庫路徑」中選中該路徑體驗關聯圖譜與引用補全。重新生成演示庫需先 pnpm run build，再執行：
node scripts/make-demo-library.mjs --out <dir> --force
在會話裏操作論文庫¶
在任意會話中可用自然語言讓 Agent 搜索或總結庫內論文；Agent 會通過 paper_search、paper_text 等工具讀寫庫內容。導入也可用 paper_add 指定 PDF 絕對路徑。
適用場景與注意¶
適合誰：需要在 DSH 內集中管理 PDF 文獻、希望筆記與批註跟論文文件一起走網盤同步、並經常讓 Agent 按庫內論文精讀或對比的研究與開發場景。
權限與安全：插件在 當前 DSH 進程權限 下運行，可讀寫的範圍包含你配置的庫根目錄及 Agent 工具能觸及的本機路徑。安裝前應查看 GitHub 倉庫 源碼與 MIT 許可證，確認庫路徑不指向不應被 Agent 訪問的敏感目錄。
生態說明：DSH 社區插件目錄（如 skillhub.cn）爲社區站點，與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係；該插件星標在目錄線索中爲 0，不代表功能完整度，以 README 與版本爲準。
結尾¶
PaperDesk 把論文庫做成「目錄 + 普通文件」，在 DSH 工作臺內完成導入、閱讀、批註、筆記、面板內 AI 解讀與跨論文對比、關係圖譜，並通過 paper_* 工具與會話聯動。進一步瞭解與安裝見社區目錄頁與倉庫 README。
- 目錄頁：https://www.skillhub.cn/plugins/ZhexuanZhou/dsh-paper-desk
- GitHub：https://github.com/ZhexuanZhou/dsh-paper-desk
