前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）里读论文，常见做法是：PDF 在 Finder 里，笔记在 Obsidian 或单独的 Markdown，高亮在预览或第三方阅读器，让 Agent 总结则要自己把路径或片段贴进会话。数据散在多处，同步和多设备一致性要靠个人习惯维持。
PaperDesk（仓库名 dsh-paper-desk）把「一个普通目录」做成论文库根：每篇论文对应一个子目录，里面是 PDF、元数据、笔记、批注和对话记录等普通文件。放进 iCloud、Dropbox、坚果云等网盘路径即可多设备同步；左栏有「论文库」工作台，阅读、批注、笔记和在面板内让 Agent 精读可以在同一界面完成。下面介绍插件定位、能力与安装用法，事实均来自仓库 README 与 package.json。
这是什么¶
PaperDesk 是 DeepSeek Harness 的论文库插件，维护者为 ZhexuanZhou，在社区目录中归类为「记忆」。插件在宿主左侧栏提供论文库图标（Plugin Manager 中显示为 论文库 PaperDesk），打开后是原生工作台，而不是跳转到单独网页。
核心思路：无数据库，状态即文件。指定库根目录后，导入 PDF、自动补元数据、pdf.js 阅读、Markdown 笔记、PDF 批注、多篇对比与关系图谱，以及供 Agent 调用的 paper_* 工具，都落在这个目录树里，便于网盘客户端直接同步。
核心功能¶
论文库与导入¶
- 库根下每篇论文一个目录，通常包含
paper.pdf、meta.json、notes.md、文本缓存等。 - 导入方式：拖拽到面板、点「导入 PDF」、将 PDF 放入库根
_inbox/后点「扫描收件箱」，或由 Agent 通过paper_add按本机绝对路径导入。 - 元数据从 PDF 内嵌信息、XMP、首页文本、文件名等推断标题、作者、年份、DOI、arXiv、摘要；有 DOI 时可经 Crossref 补全（可关闭）。同一 PDF 自动去重。
阅读与批注¶
- 内置 pdf.js 阅读器：连续滚动、缩放、按页跳转、可选中文本；另有已抽取文本视图；扫描版文本过少时会提示。
- 选中文字可高亮、划线、备注、提问；右侧「批注」栏按页列出标注，可编辑、删除或在标注上「问 Agent」。标注保存在
annotations.json，随库同步。
笔记与 Agent 精读¶
- 每篇论文一份 Markdown 笔记，固定分区包括摘要、要点、疑问、引用、我的想法、对话与补充等；支持 Cmd/Ctrl+S 保存。
- 阅读器右上角「AI 解读」打开侧栏，与 PDF 并排：总结、方法精读、审阅、相关工作、提问等任务在面板内流式输出，不默认跳转会话；可追问、停止、保存到笔记、点页码芯片跳转。
- 选中文字点「提问」会把原文与问题写入批注，并在同一 AI 侧栏请求 Agent 回答。
- 每篇论文可有多条对话，保存在
papers/<id>/chats.json，随网盘同步；对话在插件面板内管理，与 sidebar session 的执行关系 README 中有说明。
卡片、对比与关联¶
- AI 回答可「生成卡片」，写入论文目录
cards.json，在笔记页卡片栏编辑与管理。 - 多选 2–6 篇论文可做元数据对比矩阵，并生成 AI 对比报告，可保存到
<库>/comparisons/。 - 关联图谱支持引用、相关、方法、对比、同主题、自定义等关系类型；关系存在
.paperdesk/relations.json。来源包括手动添加、AI「发现关联」确认后写入、从 PDF 参考文献补全cites边。
Agent 工具与同步¶
任意 DSH 会话可调用例如：paper_list、paper_search、paper_info、paper_text、paper_annotations、paper_notes_read、paper_note_append、paper_add、paper_update、paper_sync，以及 paper_cards、paper_relations 等（详见 README 工具表）。
「同步」页可查看网盘类型、外部变更、冲突副本、iCloud 未下载文件等；冲突时笔记等内容可写入 .paperdesk/conflicts/ 而不覆盖他端修改。插件不写绝对路径索引，多设备共用同一网盘目录即可。
安装与启用¶
插件包为 standard DSH 插件（dsh.bundle + cordis.patch.yml + 预构建 lib/）。package.json 标明版本 0.3.24，许可证 MIT，引擎要求 Node >= 20，DSH 版本需满足其 engines.dsh 区间。
官方给出的安装方式如下。
从本机已 clone 或解压的目录安装：
dsh plugin --profile <profile> add /path/to/dsh-paper-desk
从 npm 安装（包发布在 scope @zhe_xuan，因与已有包名相近）：
dsh plugin --profile <profile> add @zhe_xuan/dsh-paper-desk
安装后点击左侧栏论文库图标。首次打开会出现设置卡片：用「选择目录」指定库根（推荐网盘路径，例如 iCloud ~/Library/Mobile Documents/com~apple~CloudDocs/Papers、Dropbox ~/Dropbox/Papers、坚果云 ~/Nutstore Files/Papers，或本地 ~/Documents/PaperDesk），或点「默认目录」使用 ~/Documents/PaperDesk。之后在面板「设置」中可更换目录、语言、Crossref 开关、扫描收件箱等。
运行时设置保存在 ~/.dsh/paper-desk/settings.json，优先级为 settings.json 高于插件 config、再高于环境变量（具体配置键 README 设置一节有表，本文从略）。
典型用法¶
快速导入与阅读¶
1、打开论文库面板并完成库路径设置。
2、点「导入 PDF」或将 PDF 拖入面板，等待元数据补全。
3、进入阅读页阅读；需要精读时点「AI 解读」选择任务类型。
演示库¶
仓库提供 demo/library/（合成论文，仅演示）。可复制到 ~/Documents/PaperDesk-Demo/library，在「设置 → 库路径」中选中该路径体验关联图谱与引用补全。重新生成演示库需先 pnpm run build，再执行：
node scripts/make-demo-library.mjs --out <dir> --force
在会话里操作论文库¶
在任意会话中可用自然语言让 Agent 搜索或总结库内论文；Agent 会通过 paper_search、paper_text 等工具读写库内容。导入也可用 paper_add 指定 PDF 绝对路径。
适用场景与注意¶
适合谁：需要在 DSH 内集中管理 PDF 文献、希望笔记与批注跟论文文件一起走网盘同步、并经常让 Agent 按库内论文精读或对比的研究与开发场景。
权限与安全：插件在 当前 DSH 进程权限 下运行，可读写的范围包含你配置的库根目录及 Agent 工具能触及的本机路径。安装前应查看 GitHub 仓库 源码与 MIT 许可证，确认库路径不指向不应被 Agent 访问的敏感目录。
生态说明：DSH 社区插件目录（如 skillhub.cn）为社区站点，与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系；该插件星标在目录线索中为 0，不代表功能完整度，以 README 与版本为准。
结尾¶
PaperDesk 把论文库做成「目录 + 普通文件」，在 DSH 工作台内完成导入、阅读、批注、笔记、面板内 AI 解读与跨论文对比、关系图谱，并通过 paper_* 工具与会话联动。进一步了解与安装见社区目录页与仓库 README。
- 目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/ZhexuanZhou/dsh-paper-desk
- GitHub：https://github.com/ZhexuanZhou/dsh-paper-desk
