前言¶
做靜息態 fMRI 預處理，常見路徑是打開 DPABI/DPARSF，在 MATLAB 裏手工點參數、盯日誌、另開腳本看頭動和 QC。若你已經在用 DeepSeek Harness（DSH）管理會話與工作區，更希望掃描數據、校驗配置、後臺跑 DPARSFA_run、看 Job 輸出和人工 QC 都落在同一會話裏，而不是在 Harness 與 MATLAB 之間反覆切換窗口。
下面介紹社區插件 dsh-mri-workbench（維護者 Ezerruier，分類爲客戶端）：它在 Harness Web UI 增加「MRI 工作臺」頁面與 /mri 命令，並提供一組 mri_workbench_* Agent 工具；重計算仍在獨立 MATLAB 進程中調用官方 DPARSF 引擎，插件側只做編排與部分只讀解析。
這是什麼¶
dsh-mri-workbench 是 DSH 的 workspace bundle 插件（MIT 許可證，當前 package.json 版本 0.1.0）。倉庫同時包含：
| 部分 | 說明 |
|---|---|
倉庫根目錄（index.mjs / client.js） |
DSH 插件：UI 頁面、/mri、Agent 工具 |
matlab/MRI_Workbench/ |
可獨立運行的 MATLAB GUI（StartWorkbench），插件通過 mrw.* 調用 |
一句話：在 Harness 裏完成數據集索引、DPARSF 配置預檢、後臺預處理、人工 QC 與頭動/scrubbing 分析，DPABI/DPARSF 仍是後端。
核心功能¶
Harness 會話內的「MRI 工作臺」¶
安裝並在工作區放好 MATLAB 工作臺目錄後，刷新會話視圖會出現 「MRI 工作臺」 標籤頁，大致對應五張卡片：
- 數據索引：指定數據根目錄（支持手動輸入或 瀏覽… 選文件夾），開始掃描；識別
FunRaw/<受試者>/或 BIDS 等佈局。 - 預處理配置：預設與 參數設置… 彈窗（README 稱約 98 個字段，中英文與懸停說明）；生成配置並校驗 做運行前檢查，未通過時無法 開始預處理。
- 運行：以 DSH 後臺 Job 啓動獨立 MATLAB 進程跑
DPARSFA_run；日誌在會話頂部「後臺任務」流式顯示，可刷新狀態或取消。 - 人工 QC：打開 MATLAB 人工 QC（1–5 分，與 DPARSF 兼容）；讀取 MATLAB QC 狀態 配合 Agent 做實時指導。
- 頭動結果解讀與可視化：純 Node 讀取
RealignParameter/HeadMotion.tsv與逐幀 FD，表格與曲線解釋指標；同卡可做壞幀 / Scrubbing 預覽並寫入參數覆蓋。
新建會話的開始界面還可點 打開 MRI 工作臺 直接進入；命令 /mri help 查看子命令（如 qc、results、censor）。
Agent 工具¶
README 列出的工具包括（節選）：mri_workbench_env、mri_workbench_scan、mri_workbench_prepare、mri_workbench_start、mri_workbench_status、mri_workbench_wait、mri_workbench_cancel、mri_workbench_open_gui、mri_workbench_qc、mri_workbench_qcstate、mri_workbench_results、mri_workbench_censor、mri_workbench_params、mri_workbench_overrides。Agent 可掃描目錄、生成並校驗配置、啓動後臺任務並用 job_output / mri_workbench_wait 跟進。
運行數據與邊界¶
插件把掃描索引、配置、運行日誌寫在當前會話工作區的 .mri-workbench/；README 說明不會修改 DPABI 安裝目錄與用戶原始研究數據（DPARSF 預處理輸出目錄除外）。編排與摘要解析在 Node；預處理與 MATLAB QC 界面在 MATLAB 側完成。
安裝與啓用¶
前置條件（來自倉庫 README）：
- Windows 10/11
- DeepSeek Harness Desktop（
dsh0.2.x profile） - MATLAB R2020b 及以上（可用環境變量
MATLAB_EXE指定可執行文件） - DPABI（README 示例默認路徑可用
DPABI_ROOT覆蓋）與 SPM12（SPM_ROOT）；MATLAB 路徑中需已包含它們 - Node 引擎要求
>=22（見package.json）
推薦方式：作爲 DSH 插件使用。
-
獲取倉庫源碼（下載 ZIP 或按你方規範取得目錄樹），得到本地絕對路徑
<repo>。 -
讓 MATLAB 工作臺能被插件找到，二選一：
- 將
matlab/MRI_Workbench放到 當前 DSH 會話工作區根目錄 下的MRI_Workbench/（Windows 可用目錄聯接mklink /J）； - 或設置環境變量
MRI_WORKBENCH_ROOT=<repo>\matlab\MRI_Workbench。
- 在 DSH 中安裝 bundle（命令須與 README 一致）：
plugin_manager install_bundle target = <repo 根目錄絕對路徑>
安裝後刷新頁面，確認 Agent 工具表與「MRI 工作臺」頁出現。
目錄頁：SkillHub 上的 dsh-mri-workbench 可作安裝線索；具體步驟以 GitHub README 爲準。
典型用法¶
在 Harness UI 中¶
- 打開「MRI 工作臺」→ 填寫或 瀏覽… 選擇數據根目錄 → 開始掃描。
- 選預設；需要時 參數設置… 調參，設置被試並行 worker 數，再 生成配置並校驗。
- 開始預處理，在「後臺任務」看日誌；需要完整 MATLAB 參數界面時點 打開 MATLAB 桌面版。
- Realign 完成後在⑤卡查看頭動表與 FD 曲線，按需預覽 scrubbing 並 寫入參數覆蓋 或導出
ScrubbingPreview/。 - 預處理結束後在④卡 打開 MATLAB 人工 QC 評分，刷新 QC 評分 看彙總；做 Agent 協同時可用 讀取 MATLAB QC 狀態。
僅使用 MATLAB 工作臺¶
不裝 DSH 插件時，可在 MATLAB 中：
cd('<倉庫>\matlab\MRI_Workbench')
StartWorkbench
詳細步驟見倉庫內 matlab/MRI_Workbench/README.md 與 matlab/MRI_Workbench/docs/使用手冊.md。
對 Agent¶
README 給出典型對話起點，例如讓 Agent 掃描某數據根目錄、選用快速預設、生成配置並啓動後臺預處理，再用 mri_workbench_wait 彙報進度。具體措辭與字段以當前工具 schema 爲準。
適用場景與注意¶
適合誰：在 Windows 上已配置 DPABI/SPM12 與 MATLAB，做靜息態 fMRI 預處理，並希望 DSH 統一承載工作區、後臺 Job、Agent 與 QC/頭動解讀流程的研究或工程同學。
平臺：README 標明 Windows 10/11；其他系統未在資料中聲明支持。
安全與信任：插件以當前 DSH 進程權限運行，會啓動 MATLAB、讀寫工作區與預處理輸出目錄。安裝 bundle 前應閱讀源碼與 MIT 許可證，確認路徑與環境變量符合本機規範。社區目錄 SkillHub 與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係，屬「一切皆插件」生態中的第三方條目。
文檔：倉庫還提供 DSH 集成說明、人工 QC 說明、DPARSFA 引擎研究、插件驗證記錄 docs/VERIFICATION.md 等，排錯時可按鏈路對照。
結尾¶
dsh-mri-workbench 把 DPABI/DPARSF 靜息態流水線接到 Harness：索引與預檢在 Web UI，預處理在後臺 MATLAB Job，QC 與頭動/scrubbing 在同一會話內收尾，Agent 可走同一套 mri_workbench_* 接口。需要功能細節與截圖說明時，以 GitHub 倉庫 README 爲準；在 DSH 裏檢索或從 SkillHub 目錄頁 進入亦可。
