前言¶

在 DeepSeek Harness（dsh）裏做文獻相關智能體時，常見做法是單獨維護一份 HTML 精讀報告、另找一套 ingest/build 腳本，再在 Web UI 裏自己接路由或外鏈。報告瀏覽、PDF 入庫、Agent 調用精讀流水線、書庫索引重建往往分散在多個目錄和對話指令裏。DSH-Paper-DeepRead 把「文獻精讀庫」靜態站點和 paper-deepread-html 技能打成一個可安裝的 Web 插件：一次安裝後側邊欄打開書庫，模型側有統一工具查文獻、管上傳與成稿，面板裏還能上傳 PDF 並配合 Agent 跑精讀或對接獨立站點做自動精讀。

這是什麼¶

DSH-Paper-DeepRead 由 HaoKuo 維護，在 SkillHub 上歸類爲「記憶」類插件。它解決的是：在 dsh Web 配置下，把預置的 deep-read 書庫、生成報告的技能，以及上傳/管理/檢索能力收進同一個插件包，而不是自己拼靜態資源和 skill 目錄。

一次安裝包含兩塊內容：

1. 文獻精讀庫（Paper Deepread library） — 內置帶交互式單頁 HTML 報告的靜態書庫（README 中說明當前打包了 2025–2026 年間四篇示例文獻，含 Nature Communications / bioRxiv / Anthropic · BigHat Biosciences 等來源）。插件通過 GET|HEAD /paper-deepread/* 託管 library/，默認入口爲 /paper-deepread/index.html。
2. paper-deepread-html skill — 完整精讀流水線（SKILL.md、build/ingest 腳本、報告與書庫模板等）。若 ~/.dsh/skills/paper-deepread-html 不存在則安裝；自 v1.2.0 起按 SKILL.md 的 version: 與內容哈希同步，用戶改過的副本會保留，配置 skillSync: "keep" 可關閉更新。

插件還註冊模型工具 paper_deepread（列文獻、子串檢索、讀報告或 Web URL），以及 paper_deepread_uploads、paper_deepread_reports（驅動上傳 → ingest → build 流程）。

核心功能¶

側邊欄與託管書庫¶

• 左側欄 Paper Deepread 入口，主面板全高展示書庫頁，支持新標籤打開與刷新。
• 路由託管 bundled library/，處理 Content-Type、路徑解碼與目錄遍歷防護；無額外 npm 運行時依賴（主機側爲 Node 內置模塊加 @deepseek-ai/dsh-tools peer）。

模型工具¶

• paper_deepread：返回 paper id、中英標題、期刊、標籤、TL;DR、報告/PDF 絕對路徑與編碼後的 Web URL；支持在標題、摘要、全文等字段上做子串搜索。
• paper_deepread_uploads：list / ingest / env / delete 等，管理受管 inbox 中的 PDF。
• paper_deepread_reports：list / build / rebuild / delete / hide 等，組裝或維護報告與書庫索引。

插件本身不直接調用模型；上傳頁會給出預填指令，複製到對話裏由 Agent 調用上述工具並執行 bundled skill。

面板三頁：文獻庫 | 上傳 | 報告管理¶

• 上傳：拖拽或選擇 PDF，寫入 <dataDir>/uploads/<id>.pdf（默認 80 MB 上限，校驗 %PDF- 魔數），可查看進度與狀態並刪除。
• 報告管理：表格中打開報告、隱藏/取消隱藏、刪除報告目錄；重建索引 用 build_library.py 確定性重建 index.html / index.md（不經過模型）。
• bundled 書庫頁頭還有「上傳」「管理」，對應自包含控制台 library/manage.html，在站點根或 /paper-deepread/manage.html 下均可通過相對 API 工作。

受管數據默認在 $DSH_HOME/paper-deepread（即 ~/.dsh/paper-deepread/）：

~/.dsh/paper-deepread/
├── library/          首次從打包書庫 seed，之後歸用戶所有
├── uploads/          待精讀的 PDF
├── work/<id>/        ingest 輸出與 Agent 撰寫的報告源
├── state.json        上傳 inbox 與狀態
├── skill-state.json  已安裝 skill 版本與內容哈希（v1.2.0+）
└── .seed.json        一次性 seed 標記

報告狀態大致爲：uploaded -> ingested -> reported（失敗時記 failed）。若配置 legacy 項 libraryDir，則以該目錄爲受管根且跳過 seed，可指向已有本地文獻精讀庫。

技能版本同步（v1.2.0+）¶

讀取 SKILL.md frontmatter 的 version:，在 <dataDir>/skill-state.json 記錄哈希；僅更新插件當初安裝且未被用戶改動的副本，舊版備份到 <skillsDir>/.backup/，不降級。/api/state 與 paper_deepread 工具會報告 skillVersion / installedSkillVersion。

可選：自動精讀（對接獨立站點，v1.2.0+）¶

配置運行中的 Paper Deepread 站點（deploy/serve.py，README 要求站點 ≥ 1.4.0，含 /api/health 與上傳 token、隊列控制）後，上傳 頁頂部出現 自動精讀 卡片：

config:
  siteUrl: http://127.0.0.1:8080

卡片每 8 秒通過插件代理查詢 worker/隊列/書庫數量；PDF 經 POST /paper-deepread/api/site/upload 轉發至站點（120 s 超時），重複上傳、token、限流等反饋按站點 JSON 展示；上傳 token 僅存在該頁 sessionStorage，插件不持久化站點憑證。未配置 siteUrl 時仍可用「上傳 + Agent 工具」路徑獨立完成精讀。

環境與版本¶

許可證：MIT（package.json）。

安裝與啓用¶

從 GitHub Release 下載 dsh-paper-deepread-1.5.2.tgz，在 Web profile 下安裝：

dsh plugin --profile web add ./dsh-paper-deepread-1.5.2.tgz

重啓 Web UI：

dsh web

瀏覽器打開 http://127.0.0.1:3080，點擊左側 Paper Deepread。書庫也可直接訪問 http://127.0.0.1:3080/paper-deepread/index.html。更完整的驗證與卸載步驟見倉庫 docs/install.md。

典型用法¶

1. 瀏覽內置書庫：側邊欄進入文獻庫，或新標籤打開 /paper-deepread/index.html，閱讀交互報告與原文 PDF。
2. Agent 檢索某篇文獻：在對話中讓 Agent 調用 paper_deepread，按標題、期刊、標籤或摘要搜索，再讀取本地報告路徑或 Web URL。
3. 上傳並由 Agent 精讀成稿：在 上傳 頁拖入 PDF，複製頁內預填指令到對話；Agent 依次使用 paper_deepread_uploads（如 ingest）與 paper_deepread_reports（如 build），狀態在 inbox 與報告管理中可見。
4. 維護書庫索引：在 報告管理 隱藏/刪除條目，或點擊 重建索引；無需再跑模型。
5. 對接獨立站點自動排隊精讀（可選）：本地或遠程啓動 Paper Deepread 站點，在插件配置中設置 siteUrl，在 自動精讀 卡片上傳 PDF，到 <siteUrl>/manage.html 查看隊列與成稿。

適用場景與注意¶

適合：已在 dsh Web 環境做科研/文獻類 Agent，希望書庫、PDF inbox、精讀 skill 與 UI 一體交付；或已有 paper-deepread-html 工作流，想減少手工同步 skill 與靜態資源。

注意：

• 插件隨當前 dsh 進程權限運行，安裝前應閱讀倉庫源碼與 MIT 許可證，確認數據目錄與上傳 API 符合你的安全策略。
• 自動精讀依賴外部站點可用性與可選 upload token；插件不代替你保管站點憑據。
• SkillHub 目錄頁爲社區生態索引，與 DeepSeek / 幻方無官方從屬關係；安裝包以 GitHub Release 與 README 爲準，勿憑插件名拼接未在文檔出現的 dsh plugin add github:... 命令。

結尾¶

DSH-Paper-DeepRead 把文獻精讀庫、paper-deepread-html 技能、側邊欄管理與三類模型工具捆在一起：瀏覽、上傳、Agent 精讀、索引重建可以在同一 Harness 會話裏完成；需要後臺 worker 時再配 siteUrl 即可。更多信息見 SkillHub 目錄頁與 GitHub 倉庫。

• 目錄頁：https://www.skillhub.cn/plugins/HaoKuo/DSH-Paper-DeepRead
• GitHub：https://github.com/HaoKuo/DSH-Paper-DeepRead