dsh-vasp-periodic-table: Periodic Table and PAW Quick-Reference Panel for VASP Users in DSH

前言

在 DeepSeek Harness(DSH)里做 VASP 相关智能体或工作流时,对话窗口往往被 INCAR、POSCAR、POTCAR 片段占满;而「选哪套 PAW 势、ZVAL/ENMAX 是多少、ENCUT 怎么估、MAGMOM 起始值怎么写」仍要反复翻 Wiki、对照 POTCAR 头、查 Materials Project 惯例。把这些查表动作收进侧栏独立面板,且不启动 Python、不读写计算目录,是 bowenphys/dsh-vasp-periodic-table 的定位。下面介绍它是什么、能做什么、如何安装与典型用法。

这是什么

@dsh-vasp/periodic-table(仓库 bowenphys/dsh-vasp-periodic-table)是面向 VASP 用户的 DeepSeek Harness Web 插件,维护者为 bowenphys;在社区目录 skillhub.cn 中分类为「记忆」。它是纯客户端 bundle:Host 侧几乎为空,不发起 RPC、不读写计算目录;PBE PAW 数据来自 VASP Wiki「Available PAW potentials」表,并与只读共享 POTCAR 库的头部(ZVAL / ENMAX / POMASS)核对;元素基础数据来自 pymatgen,初始磁矩参考 Materials Project MPRelaxSet 惯例。代码以 MIT License 发布,当前 package 版本为 1.0.0。

激活后,左侧栏会出现「元素周期表」图标;点击后在中央 main 面板打开周期表,不占用对话窗口。

核心功能

周期表与检索

118 个元素,18 族布局并含镧系/锕系两行;支持按符号、中文名、英文名或原子序数搜索。表格提供五种着色:分类、磁性倾向、ENMAX、价电子数(ZVAL)、电负性(带图例)。插件会记住上次的着色模式、选中元素、体系构建状态与动效档位(localStorage)。

元素详情与 PAW 势

选中元素后可查看原子量、周期/族/区、电子排布、电负性、半径、氧化态、熔点、密度等;右侧列出该元素全部 PBE PAW 数据集,含 ZVAL、ENMAX,以及 Wiki 默认与推荐标记,点击可切换当前数据集。

建议 ENCUT 按项目惯例计算:max(500 eV, ⌈1.3 × ENMAX⌉),向上取整到 10 eV(500 eV 为默认下限)。初始 MAGMOM 给出 Materials Project 惯例值及按氧化态的备选,并标注为起始猜测而非收敛磁矩。对重元素给出 SOC「建议评估」提示,而非强制开启。

详情页还提供 Canvas 原子轨道可视化(由 config 电子排布推导,并与当前 POTCAR 价电子构型对照)、POTCAR 数据集切换器、全屏轨道舞台与 PNG 导出等;性能上 Canvas 上限 30 fps,滚出视口或页面隐藏时暂停,prefers-reduced-motion 下可只显示静态帧。顶栏可切换「动效:开 / 省电」(省电模式关闭装饰动画,保留轨道 Canvas 与全部功能)。

可复制片段

一键复制 POSCAR 元素行、POTCAR 拼接命令、以及含 ENCUT / ISPIN / MAGMOM 等的 INCAR 片段,减少手工拼字符串。

多元素体系构建

用 Shift+点击周期表单元格,或在详情页「加入体系」,选中多个元素并填写各元素原子数后,可自动生成:

  • POSCAR 第 6/7 行(元素顺序 + 原子数);
  • 按顺序、默认推荐数据集的 POTCAR 拼接命令;
  • MAGMOM(n*μB 计数写法)及 ENCUT、ISPIN 相关 INCAR 片段。

独立插件边界

不依赖 @dsh-vasp/plugin 或 VASP 计算核心;可单独安装与删除。它是选势与参数参考工具,不替代收敛测试;ENCUT 公式与初始磁矩均为项目经验或起始猜测。

安装与启用

仓库已包含构建好的 lib/client.js,安装时无需先本地构建。

方式一:DSH 插件管理器

在 DSH 桌面端插件管理器中选择从本地目录安装,目录指向仓库根目录(需包含 package.json、index.js、cordis.patch.yml)。

方式二:命令行

在已取得仓库根目录(含 package.json、index.js、cordis.patch.yml)的前提下,在命令行执行:

dsh plugin --profile <profile> add file:/绝对路径/dsh-vasp-periodic-table

将 <profile> 换成你的 DSH profile,将 file: 后的路径换成该仓库在本机上的绝对路径。

激活后左侧栏出现「元素周期表」,打开即进入独立面板。若自行修改源码,需依次执行 node scripts/check-elements.mjs、node scripts/build-client.mjs、node scripts/smoke-client.mjs 重新生成 lib/client.js,并重启 DSH 宿主以加载新模块。

典型用法

  1. 在 DSH 中打开侧栏「元素周期表」,进入 main 面板。
  2. 搜索或点击目标元素(例如过渡金属),在 PAW 势表中切换数据集,对照 ZVAL、ENMAX 与推荐标记。
  3. 查看建议 ENCUT 与 MP 惯例 MAGMOM,按需复制 INCAR 片段或 POTCAR 拼接命令。
  4. 构建多元素体系:Shift+点击多个元素,填写原子数,复制生成的 POSCAR 行、POTCAR 命令与 MAGMOM/ENCUT 片段到实际算例目录(插件本身不写计算目录)。

光标悬停周期表单元格时,HUD 信息卡可实时显示当前 PBE 数据集、ZVAL、ENMAX、ENCUT、MAGMOM 等读数,便于快速比对后再复制。

适用场景与注意

适合在 DSH 内频繁查 PAW 势、ENCUT 下限与 MAGMOM 起始值的 VASP 用户,以及需要在智能体侧栏快速生成 POSCAR/POTCAR/INCAR 片段的开发者。数据口径详见仓库 docs/data-elements.md、docs/data-paw.md。

安装前请自行阅读源码与 MIT 许可证;插件以当前 DSH 进程权限在客户端运行,虽声明不读写计算目录、不发起 RPC,仍应对第三方插件保持常规审计习惯。DSH 社区插件目录为独立站点,与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系;发现插件可依赖仓库 GitHub topic dsh-plugin(本仓库另含 dsh、vasp、periodic-table 等辅助 topic)。

结尾

dsh-vasp-periodic-table 把 VASP 日常查表——PAW 势、ZVAL/ENMAX、MAGMOM、ENCUT 与 POTCAR 拼接——收敛到 DSH 侧栏一页,并以纯客户端方式运行。目录页:https://www.skillhub.cn/plugins/bowenphys/dsh-vasp-periodic-table;源码与 README:https://github.com/bowenphys/dsh-vasp-periodic-table。

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Xiaoye