前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）里做科研类 Agent 会话时，常见摩擦不在「能不能写文件」，而在「写到哪里、换会话后还能不能找到」。推导、脚本、数据和手稿若散落在课题目录根下，或同一课题材料分布在多个路径，后续只能靠全文搜索或记忆。DSH 社区插件按 bundle 扩展 Host 与客户端能力；AITP 科研工作台（仓库 bhjia-phys/aitp-research-desk）把「一个课题 = 含 research.md 的自包含文件夹」落成可执行约束，并提供文件管理器式浏览界面，维护者为 bhjia-phys，分类为客户端插件。
下面介绍它的定位、能力、安装方式与典型用法。事实以 GitHub README 为准；它不解析 PDF、不做 RAG、不建数据库，只约束 Markdown 目录结构与写入位置，并把已有文件原样展示。
这是什么¶
AITP Research Desk 是 DSH 的一个研究插件：把课题变成自包含文件夹，让 Agent 在写文件前通过工具取得规范路径，用写守卫拦截根目录乱放文件，并通过 research.md 相关工具维护进展与结构体检。侧边栏底部安装成功后会出现「科研工作台」入口。
与 AITP Skills bundle（plugins/aitp）是两个独立的 DSH bundle，建议一起安装：Skills 负责研究循环与方法论；本插件负责「东西放哪、现在到哪了」——写入守卫、research.md 工具、课题浏览面板。两者共享一份 placement-rules.json（Skills 的 assets/placement-rules.json）；本插件 placementRules 配置可指向该文件，未配置或读取失败时使用内置副本，research_status 会提示「正在使用内置副本」。只装工作台也能用；同时安装 Skills 才有完整方法论约束。
当前 package 版本为 0.1.0，许可证 MIT，要求 DeepSeek Harness ^0.2.1-rc.2、Node.js >=22。
核心功能¶
课题约定与写守卫¶
- 课题 = 含
research.md的目录；research.md是唯一主笔记。 - 课题目录根下只允许
research.md、README.md、.tex/.bib主稿和.gitignore；其他文件由写守卫拒绝。 - 推荐材料目录包括
notes/、references/、code/、calculations/、manuscripts/等；已有目录可就地采纳，把research.md放进现有文件夹即可。
写守卫覆盖 write / edit / str_replace_editor / research_write；shell 脚本里的写入靠系统提示与收尾 research_check 发现。
Agent 工具¶
系统提示会要求：先 research_status 确认课题 → 写前 research_path → 有实质进展 research_log → 收尾 research_check。
| 工具 | 用途 |
|---|---|
research_status |
列出全部课题、状态、更新时间、材料数量、体检问题；指出当前工作目录所属课题。 |
research_path |
写文件前取规范路径（notes/references/code/calculations/manuscripts/data/project/research），必要时建目录。 |
research_init |
新建课题：research.md 模板 + README 地图 + 材料目录。 |
research_log |
把带日期的进展写进 research.md 的 Current work。 |
research_check |
结构体检：根目录散落文件、缺失 Current work、未链接材料等。 |
research_write |
在课题内写文件（自动建父目录）；WSL/网络盘上 write/edit 不可用时使用。 |
research_organize |
把课题目录根下放错位置的文件整理到规范目录；默认 dry-run。 |
客户端面板¶
- 课题树：按方向 → 课题 → 材料目录 → 文件逐层展开，读真实文件夹；点文件用 DSH 原生预览；大目录只显示前 500 项并提示剩余数量。
- 规划页：编辑课题根下的
research-plan.md，可插入指向具体课题的链接。 - 编辑器：Ctrl/Cmd+S 保存；携带 mtime，磁盘被 Agent 改过时拒绝覆盖；未保存草稿可恢复；超过 2 MB 时只读。
- 知识库：右侧「知识库」页签浏览共享知识库，支持全文搜索，文件在原生预览中打开。
- 远程主机：仅允许
remoteAllow中列出的 SSH 别名，在本机终端中执行。
设计取舍上：只读文件系统 + 普通 Markdown，无数据库；面板不写文件，写入发生在会话里；不做 Zotero/RAG 式文献管理。
安装与启用¶
要求 DSH 0.2.1-rc.2 或更高（桌面版 / web profile 均可），Node.js 22+（DSH 自带运行时即可）。
1. 安装 AITP Skills（推荐）¶
git clone https://github.com/bhjia-phys/AITP-Research-Protocol.git
dsh plugin --profile desktop add ./AITP-Research-Protocol/plugins/aitp
2. 安装本插件¶
git clone https://github.com/bhjia-phys/aitp-research-desk.git
dsh plugin --profile desktop add ./aitp-research-desk
也可在 DSH 插件管理器里用 install_bundle，target 指向本目录的绝对路径。安装后重启 DSH（Host 侧需重新加载），页面刷新后侧边栏底部出现「科研工作台」图标。
3. 配置课题根目录¶
编辑本插件的 cordis.patch.yml（或在 profile 的 patch 层覆盖）：
config:
roots:
- 'D:\Research'
# WSL 示例：
# - '\\wsl$\Ubuntu2204\home\you\physics\topics'
newProjectRoot: 'D:\Research'
placementRules: 'D:\AITP-Research-Protocol\plugins\aitp\assets\placement-rules.json'
roots 是扫描课题的根目录；每个根下按 maxDepth 查找 research.md。配置变更后重启 DSH。
插件以当前 DSH 进程权限读写配置的根目录与课题文件；安装前请阅读仓库源码与 MIT 许可证，确认路径与远程 SSH 配置符合本机安全策略。
典型用法¶
- 配置
roots与（可选）placementRules后重启 DSH，在面板中展开课题树，用原生预览打开research.md或材料文件。 - 在 Agent 会话中先调用
research_status，确认当前工作目录所属课题及体检问题。 - 新建课题时用
research_init；写 notes、code、manuscripts 等前用research_path取路径，再用 DSH 写入工具或research_write。 - 有实质进展时用
research_log更新research.md的 Current work；会话结束前用research_check做结构体检；根目录误放文件可用research_organize（先 dry-run）整理。
规划跨多个课题时，在 research-plan.md 中维护链接或路径文本，与面板中的真实目录一致即可。
适用场景与注意¶
适合：已在用或计划用 AITP 目录约定做课题笔记、希望 Agent 写入有统一 guard、需要不另建索引就能浏览课题与材料的研究者；与 AITP Skills 同装时方法论与放置规则一致。
注意：
- WSL 上首次为某课题目录打开原生预览时需创建/复用 workspace 与会话；大 WSL 路径首次展开可能受 9P 延迟影响。
- 无文件监听推送，面板按需刷新；行内数学为轻量 LaTeX→Unicode，不是完整 TeX。
- 社区目录 SkillHub 插件页 与 GitHub 为独立信息源，与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系；DSH 生态理念是「一切皆插件」。
结尾¶
AITP 科研工作台把课题文件夹、research.md 工具链和写位置守卫绑在一起，并用文件管理器式面板展示真实目录，适合在 DSH 里长期跑科研 Agent、又不想让材料堆在课题目录根的情况。详情与 issue 见仓库 bhjia-phys/aitp-research-desk，目录页见 SkillHub。
