前言¶

DeepSeek Harness（DSH）采用「一切皆插件」的架构，把各类能力拆成独立 bundle。对于医学/生命科学方向的智能体开发，一个常见需求是：检索多个医学数据库、获取题录与摘要、生成规范引用、读取开放获取全文，并在润色时核对「这句话是否有文献支持」。现有方案往往需要自己封装接口或调用多个服务，维护成本高。leexrisy/dsh-plugin-medical-literature 是一个面向 DSH 的插件，把上述流程统一到几个工具里。

插件概述¶

插件由维护者 leexrisy 发布，分类为「联网工具」，目前星标数为 0。它提供检索、题录获取、引用格式化、全文获取与句段核验五个工具，覆盖 PubMed、Europe PMC、arXiv、bioRxiv、medRxiv 五个来源，输出 Vancouver、APA、GB/T 7714、Nature、BibTeX、RIS、CSL-JSON 等格式，并支持将开放获取全文以 Markdown 形式落盘。

五个工具¶

工具	作用
`medical_literature_search`	多源检索 + 去重 + CSV/JSON 导出
`medical_literature_get`	单篇题录（含 volume/issue/pages、撤稿标记）+ 完整摘要
`medical_literature_cite`	题录 → 格式化引用 / `.bib` / `.ris` / CSL-JSON
`medical_literature_fulltext`	开放获取全文 → 章节索引 + 有界正文 + Markdown 落盘
`medical_literature_check`	句子 → 最相关段落；参考文献表 → 重复/撤稿告警

`medical_literature_search`¶

参数	类型	说明
`query`	string	共享检索词。自由文本按源自动适配（arXiv 去停用词）
`queries`	object	推荐。每个源一条原生 query，值原样发送；键即源名
`sources`	string[]	默认 `["pubmed","europepmc","arxiv","biorxiv"]`；可选 `medrxiv`
`max_results`	integer	融合后最终返回条数，1–100，默认 10
`candidates`	integer	每个源的召回窗口，1–100，默认 `max(20, 3×max_results)`；预期论文排在源内靠后时调大
`fusion`	string	`rrf`（默认，只用各源自己的排名做倒数排名融合）/ `source`（按源分块）/ `bm25`（本地词频重排，显式要求才用）
`year_from` / `year_to`	integer	出版年闭区间
`sort`	`"relevance"` / `"date"` / `"cited"`	默认 `relevance`；`date` 按日期倒序；`cited` 按 Europe PMC 被引次数倒序，只能单源 `sources:["europepmc"]`
`abstract_chars`	integer	摘要截断长度，默认 600；0 = 不显示
`save_path`	string	`.csv` / `.json` / `.jsonl`；相对路径按会话工作目录解析

排序策略¶

默认信任各引擎自己的排序——PubMed 的 Best Match 已经综合了 MeSH、字段权重、时间等信号，Europe PMC 和 arXiv 也一样。插件只做 RRF（倒数排名融合）：每个源的第 1 名得 1/61、第 2 名 1/62……跨源相加，不重新按词频打分。只有显式写 fusion: "bm25" 才会用本地 BM25 覆盖源排序（它不知道 MeSH/引用量/时间，通常更差）。想扩大召回就调大 candidates / max_results，而不是重排。

经典 vs 前沿¶

被引次数和时间是相反的信号。sort: "cited" 只走 Europe PMC 的 CITED desc，记录会带 cited_by_count；PubMed 没有引文排序。需要两者兼顾时分两次查——第一轨 Europe PMC sort:"cited" 捞 PROSEVA、CAPP2 这类奠基文献，第二轨 PubMed sort:"date"/relevance 捞最新试验，由模型分别呈现，不要混成一个分数。引文排序也偏袒老旧、宽泛的论文，查询里要先加设计过滤器或主题约束。

为什么要分源写 query¶

PubMed 认 [tiab] / [MeSH Terms]，Europe PMC 认 TITLE_ABS: / MESH: / SRC:PPR，arXiv 认 ti: / abs: / cat:。同一字符串发给三个引擎，轻则精度暴跌，重则 0 结果。插件会在发请求前拦截跨引擎语法并报错。完整语法见 skills/medical-literature/SKILL.md。

{
  "queries": {
    "pubmed": "(CRISPR[tiab] OR \"Gene Editing\"[MeSH Terms]) AND 2024:2026[dp]",
    "europepmc": "TITLE_ABS:CRISPR AND MESH:\"Gene Editing\" AND PUB_YEAR:[2024 TO 2026]",
    "arxiv": "(abs:CRISPR OR abs:\"gene editing\") AND submittedDate:[202401010000 TO 202612312359]",
    "biorxiv": "TITLE_ABS:CRISPR AND TITLE_ABS:\"base editing\""
  },
  "max_results": 20,
  "save_path": "crispr_preprints.csv"
}

召回技巧¶

arXiv 用词干/通配符 abs:patholog*、abs:histopatholog*、abs:prognos*，否则 pathology 匹配不到 pathological；totals 远大于返回数时（如 arxiv 5/444），目标方法可能排在 42 位，需按名查或调大 max_results。

已知系统名（如 PathAgent、NOVA、SPARK）不要当概念查：agent 匹配不到 agentic 或 PathAgent 这个 token，SPARK/NOVA 还是会撞上普通词。直接 ti:PathAgent OR ti:NOVA OR ti:SPARK，并注意预印本在 arXiv、正式版在 PubMed/Europe PMC。

单个源失败不会让整个调用失败：错误进 errors，其余源照常返回；只有所有源都失败才抛错。

`medical_literature_cite`¶

参数	说明
`identifier`	一条 DOI / PMID / PMCID / arXiv ID
`identifiers`	多条（最多 50），生成一个参考文献列表
`output`	`vancouver`（默认）、`apa`、`gb-t-7714`、`nature`、`bibtex`、`ris`、`csl-json`
`save_path`	可选；`.bib` / `.ris` / `.json` 自动选择对应格式；显式 `output` 与扩展名冲突会报错

// 润色时插入一条引用
{ "identifier": "10.3390/cells13100800", "output": "vancouver" }

// 整理整份参考文献，导出给 Zotero
{ "identifiers": ["10.3390/cells13100800", "PMID:32939066", "arXiv:1706.03762"],
  "output": "bibtex", "save_path": "refs.bib" }

输出示例：

# Vancouver
Laurent M, Geoffroy M, Pavani G, Guiraud S. CRISPR-Based Gene Therapies: From Preclinical to
Clinical Treatments. Cells. 2024;13(10):800. doi:10.3390/cells13100800

# APA 7
Laurent, M., Geoffroy, M., Pavani, G., & Guiraud, S. (2024). CRISPR-Based Gene Therapies: From
Preclinical to Clinical Treatments. Cells, 13(10), 800. https://doi.org/10.3390/cells13100800

元数据来自 PubMed / Europe PMC / Crossref，工具不会编造作者或年份。
模板是标准样式的近似实现，投稿前请按目标期刊的具体规则复核。
预印本使用 @misc（BibTeX）、TY - UNPB（RIS）、[EB/OL]（GB/T）。

`medical_literature_fulltext`¶

参数	说明
`identifier`	DOI / PMID / PMCID / arXiv ID / URL
`section`	可选，按章节标题过滤（如 `"methods"`）
`max_chars`	返回给模型的正文上限，默认 12000
`save`	是否保存完整 Markdown，默认 `true`
`save_path`	可选；默认 `literature/<id>/fulltext.md`

{ "identifier": "PMID: 38786024", "section": "discussion", "max_chars": 8000 }

来源	全文途径	实测
PMC / Europe PMC OA（有 PMCID）	`rest/{PMCID}/fullTextXML`（JATS）	✅ 章节 + 参考文献完整
arXiv	`arxiv.org/html/{id}`	✅ 有 HTML 的论文
bioRxiv / medRxiv	无可靠途径	❌ PDF 端点 Cloudflare 429
付费墙期刊	无	只有摘要

关于 403¶

europepmc.org/articles/...?pdf=render 返回 Cloudflare 人机校验页，pmc.ncbi.nlm.nih.gov/.../pdf/ 返回 reCAPTCHA 页，bioRxiv 返回 429 error code: 1015——这些是下载端点的反爬，不是付费墙，也不是代码问题。插件改用 Europe PMC REST 的 JATS XML 和 arXiv HTML，完全绕开 PDF 端点。

`medical_literature_check`¶

用于润色时的两件事：找支持句子的段落，以及审校一组参考文献。

参数	说明
`claim`	要核对的句子；省略则只做参考文献审计
`identifier` / `identifiers`	1–10 条 DOI / PMID / PMCID / arXiv ID
`top_k`	每个来源返回几段，默认 3
`deep`	是否读取 OA 全文，默认 `true`；`false` 只用摘要、更快

// 这句话是否有文献支持？
{ "claim": "CRISPR-based therapy has been approved for sickle cell disease",
  "identifiers": ["PMID: 38786024"], "top_k": 3 }

// 参考文献表是否有重复 / 撤稿？
{ "identifiers": ["PMID: 38786024", "10.3390/cells13100800"], "deep": false }

输出每段的 coverage（句子关键词命中比例）、score（BM25）和所在章节；同时给出：

重复：同一 DOI / 标题对应多条引用
撤稿：题录带 retracted 时警告
极性差异：句子含否定词而最相关段落不含（或反之）时提示人工核对
弱匹配：最高 coverage 低于阈值时提示「可能不支持」

必须明确的限制：这是词面检索（BM25 + 关键词覆盖），不是语义蕴含判断。它能可靠地把范围缩到几段，是否真的支持结论仍要读原文。实测中：

「CRISPR 疗法已获批用于镰状细胞病」→ 第一段直接命中摘要里 FDA 批准 Casgevy 的那句（coverage 0.71）
「碱基编辑不产生双链断裂」→ 正确句在 top 3 内，但缩写 DSB 导致 Cas9 段落排第一，同时触发极性警告
「碱基编辑治愈所有实体瘤」→ 无支持段落，触发 partial-match 警告

安装与启用¶

插件按 DSH bundle 规范打包：package.json 声明 dsh.bundle.patch，cordis.patch.yml 插入 medical-literature 行。

从 npm 安装（推荐）¶

包已发布到 npm：https://www.npmjs.com/package/dsh-plugin-medical-literature

cd ~/.dsh/profiles/web
pnpm add dsh-plugin-medical-literature

从本地源码安装（开发用）¶

# 先把 PLUGIN 指向本仓库（任意位置）
PLUGIN=/path/to/dsh-medical-literature-plugin
cd ~/.dsh/profiles/web
pnpm add link:$PLUGIN

把包名加入 package.json 的 dsh.profile.bundles：

{
  "dsh": {
    "profile": {
      "bundles": ["...", "dsh-plugin-medical-literature"]
    }
  }
}

profile 默认开启配置热重载：改 cordis.patch.yml 或重新 pnpm add 可触发重组。新增或修改工具 schema 时，已运行的 dsh web 仍缓存旧定义，需要新开会话或重启服务；只改 skill 文本则下一次读取即可生效。

安装检索/引用 skill¶

从 npm 安装时：

mkdir -p ~/.dsh/skills
ln -sfn ~/.dsh/profiles/web/node_modules/dsh-plugin-medical-literature/skills/medical-literature \
        ~/.dsh/skills/medical-literature

从本地源码安装时：

PLUGIN=/path/to/dsh-medical-literature-plugin
mkdir -p ~/.dsh/skills
ln -sfn $PLUGIN/skills/medical-literature ~/.dsh/skills/medical-literature

skill provider 会监听根目录，创建后无需重启即可出现在会话的 skill 目录里。

Skill 自带一个 PICO 拆解模板（人群/干预/对照/结局/研究类型 → MeSH + 自由词 + [pt] 过滤器）和一个 MeSH 映射脚本：

node ~/.dsh/skills/medical-literature/scripts/mesh-map.mjs "chronic kidney disease"
# → PubMed 实际翻译："renal insufficiency, chronic"[MeSH Terms]
# → descriptor D051436，条目词 Chronic Kidney Diseases / Chronic Renal Insufficiency ...

它还能提前暴露缩写歧义：MACE 会被 PubMed 映射成 Myristica（肉豆蔻），ATTR 映射成 TTR 蛋白。

卸载¶

cd ~/.dsh/profiles/web
pnpm remove dsh-plugin-medical-literature
# 从 dsh.profile.bundles 删除包名
rm ~/.dsh/skills/medical-literature

典型用法¶

以下示例来自 README，可直接在 DSH 会话中调用。

多源检索并导出为 CSV

{
  "queries": {
    "pubmed": "(CRISPR[tiab] OR \"Gene Editing\"[MeSH Terms]) AND 2024:2026[dp]",
    "europepmc": "TITLE_ABS:CRISPR AND MESH:\"Gene Editing\" AND PUB_YEAR:[2024 TO 2026]",
    "arxiv": "(abs:CRISPR OR abs:\"gene editing\") AND submittedDate:[202401010000 TO 202612312359]",
    "biorxiv": "TITLE_ABS:CRISPR AND TITLE_ABS:\"base editing\""
  },
  "max_results": 20,
  "save_path": "crispr_preprints.csv"
}

获取单篇题录并生成 Vancouver 引用

{ "identifier": "10.3390/cells13100800", "output": "vancouver" }

按章节提取全文

{ "identifier": "PMID: 38786024", "section": "discussion", "max_chars": 8000 }

核对一句话是否在文献中

{ "claim": "CRISPR-based therapy has been approved for sickle cell disease",
  "identifiers": ["PMID: 38786024"], "top_k": 3 }

适用场景与注意¶

适合需要多源医学文献检索、题录管理与引用格式化的 DSH 智能体开发者。
插件以当前 dsh 进程权限运行，安装前建议检查源码与许可证（MIT）。
全文获取仅对开放获取来源有效，付费墙期刊只能获取摘要。
medical_literature_check 是词面检索，需结合人工阅读确认结论支持。

结尾¶

插件把医学文献检索、引用格式化与开放获取全文获取整合到 DSH 生态中，减少自行封装多个接口的工作量。目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/leexrisy/dsh-plugin-medical-literature；GitHub：https://github.com/leexrisy/dsh-plugin-medical-literature。

DeepSeek Harness 医学文献检索插件

前言¶

插件概述¶

五个工具¶

`medical_literature_search`¶

排序策略¶

经典 vs 前沿¶

为什么要分源写 query¶

召回技巧¶

`medical_literature_cite`¶

`medical_literature_fulltext`¶

关于 403¶

`medical_literature_check`¶

安装与启用¶

从 npm 安装（推荐）¶

从本地源码安装（开发用）¶

安装检索/引用 skill¶

卸载¶

典型用法¶

适用场景与注意¶

结尾¶

精选优惠券

DeepSeek Harness 医学文献检索插件

前言¶

插件概述¶

五个工具¶

medical_literature_search¶

排序策略¶

经典 vs 前沿¶

为什么要分源写 query¶

召回技巧¶

medical_literature_cite¶

medical_literature_fulltext¶

关于 403¶

medical_literature_check¶

安装与启用¶

从 npm 安装（推荐）¶

从本地源码安装（开发用）¶

安装检索/引用 skill¶

卸载¶

典型用法¶

适用场景与注意¶

结尾¶

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