前言¶

DeepSeek Harness（DSH）采用「一切皆插件」的架构，插件以 dsh 进程的权限运行。在智能体开发中，检索最新预印本、确认论文状态与导出参考文献是常见需求。目前没有现成的、零运行时依赖的工具链直接对接 bioRxiv。dsh-biorxiv 插件为此提供了一套搜索、状态查询与导出能力。

插件定位与维护者¶

dsh-biorxiv 是 DeepSeek Harness 的联网工具插件，用于检索 bioRxiv 预印本、查询论文版本与发表状态，并导出结果。当前版本为 0.1.0-alpha，由维护者 TYEclipse 维护。它通过 Europe PMC 和 bioRxiv 公开接口获取数据，不下载全文 PDF，也不绕过付费墙或爬取被 403 拦截的内容。

核心功能¶

插件提供五个命令行工具，均返回统一的 JSON 结构：

• biorxiv_search：按主题搜索预印本，支持日期窗口与字段筛选。默认 minScore=3 过滤低置信度匹配；设为 0 可提高召回率。
• biorxiv_paper：通过 DOI 查询最新版本、发表 DOI/期刊，并获取撤稿标记（如可用）。
• biorxiv_latest：按日期窗口与可选分类获取最新预印本列表。
• biorxiv_export：导出搜索结果或单个 DOI 为 JSON、Markdown、CSV 或 BibTeX。
• biorxiv_digest：生成结构化 Markdown 摘要（提取式），可选开启中文总结（需配置模型与密钥）。

所有工具返回的稳定信封格式：

{
  "ok": true,
  "data": {},
  "error": { "code": "", "message": "", "retryable": false, "hint": "" },
  "meta": { "requestId": "...", "elapsedMs": 12, "cached": false, "source": ["europepmc"], "warnings": [] }
}

失败时 ok 为 false，data 为 {}，错误码为 E-001–E-010。

安装与启用¶

安装命令（以 headless profile 为例）：

dsh plugin --profile headless add github:TYEclipse/dsh-biorxiv#v0.1.0-alpha.20

dsh plugin add 是 pnpm 的转发命令，必须指定 --profile，且系统需将 pnpm 放在 PATH 中。

如需从源码构建，按以下步骤：

pnpm install
pnpm build
pnpm pack
dsh plugin --profile headless add "file:$PWD/$(ls -t dsh-biorxiv-*.tgz | head -1)"

安装后可验证：

dsh plugin --profile headless list
dsh --profile headless "Use biorxiv_search to search for 'protein language model' and report the first title and DOI."

典型用法¶

CLI 示例：

dsh-biorxiv search "protein language model" --limit 5
dsh-biorxiv paper 10.64898/2026.07.21.739963
dsh-biorxiv latest --days 2 --limit 10
dsh-biorxiv export "hippocampal ripple" --format markdown --out refs.md
dsh-biorxiv digest "protein language model" --limit 5

MCP 服务器运行方式：

dsh-biorxiv-mcp

MCP 客户端配置示例：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "--package", "dsh-biorxiv", "dsh-biorxiv-mcp"]
    }
  }
}

注意：npm 包尚未发布，npx 形式在发布后可用；GitHub 安装时可指向 node ~/.dsh/profiles/<profile>/node_modules/dsh-biorxiv/dist/apps/mcp/main.js。

配置项¶

插件默认配置位于插件 schema，无需手动配置。以下为当前默认值（来自 README）：

{
  "cachePath": "~/.cache/dsh-biorxiv/cache.db",
  "cacheMode": "auto",
  "timeoutMs": 10000,
  "retries": 2,
  "maxBytes": 2000000,
  "userAgent": "dsh-biorxiv/0.1 (DeepSeek Harness plugin)",
  "summaryEnabled": false,
  "summaryModel": "deepseek-chat",
  "summaryBaseUrl": "https://api.deepseek.com",
  "summaryApiKeyEnv": "DEEPSEEK_API_KEY"
}

• summaryEnabled：默认 false。设为 true 时，digest --summary 仅发送公开标题/摘要至配置模型，输出标记为机器生成。
• API 密钥从环境变量 DEEPSEEK_API_KEY 读取，不会写入配置、缓存或日志。
• CLI：dsh-biorxiv digest "topic" --summary 可选启用总结，并启用该进程的提供者。
• MCP：在服务器环境设置 DSH_BIORXIV_SUMMARY=1，然后调用 biorxiv_digest 时传入 summary: true。
• cacheMode：auto（优先 SQLite，降级 JSON）、sqlite 或 json。缓存键为 SHA-256 哈希，查询文本不写入键中。删除缓存文件可重置。

数据源与边界¶

• 搜索：Europe PMC REST（SRC:PPR + PUBLISHER:"bioRxiv"）。
• 最新版本与详情：bioRxiv 公开 API。
• 期刊与撤稿信息：Crossref 和 OpenAlex；失败不影响流程。
• 不下载全文 PDF，不爬取 403/付费墙后的内容，不对源站写入。
• 不用于临床、医疗或投资决策。预印本未经同行评审。

适用场景与注意事项¶

适合 DSH 智能体开发者需要检索、核对与导出 bioRxiv 预印本的场景。使用前应检查源码与许可证（MIT），并确保插件运行环境符合要求（Node.js >= 22.5）。

小结¶

dsh-biorxiv 为 DeepSeek Harness 提供了一套零运行时依赖的 bioRxiv 工具链，覆盖搜索、状态查询与导出。当前版本为 0.1.0-alpha，核心功能可用，但尚未达到 1.0 稳定版标准。相关目录页与源码仓库如下：

• 技能目录：https://www.skillhub.cn/plugins/TYEclipse/dsh-biorxiv
• GitHub：https://github.com/TYEclipse/dsh-biorxiv