前言¶
在 DeepSeek Harness（DSH）里做生信或序列相关开发时，工作区里常有 FASTA、CLUSTAL、PHYLIP、Stockholm 等比对文件。默认用文本预览打开，列对齐和保守性信息都不直观，往往需要再切到专用桌面工具。dsh-seq-viewer 是社区维护的客户端插件：在工作区文件树里点击比对文件，就在右侧边栏打开基于 ReSeqt 的序列比对视图，文件只在本地读取，不上传。
这是什么¶
- 名称：
dsh-seq-viewer（npm 包名，版本 0.1.0） - 维护者：ZengZichao（仓库 GitHub）
- 分类：客户端（DSH 插件目录归类为「客户端」）
- 定位：DeepSeek Harness 插件，在右侧边栏用 ReSeqt 查看 FASTA、CLUSTAL、PHYLIP、Stockholm 等比对格式；查看器由 ReSeqt 1.0.1 源码改造，保留 Canvas 渲染、配色方案、保守性直方图、一致性行、序列 Logo、搜索、排序、参考序列、跳转、缩放、选区复制、概览图与 PNG 导出等能力。
插件以 extension 优先级注册 sequence-alignment 标签类型，命中配置的 glob 时优先于内置文本预览；读取走 DSH 会话授权的 remote.workspaceFiles.readBytes（默认上限 32 MB），无本插件服务端路由。
核心功能¶
工作区直开与侧栏集成¶
- 在右侧栏打开 工作区文件，点击已认领扩展名的比对文件。
- 右侧栏出现同名 序列比对 标签，与「文件」「终端」等并列；标签可切换、关闭、拖动分栏。
keepMounted保证切走再切回时视图状态保留。 - 通过
resources观察文件version；磁盘内容变化后标签栏提示「文件已变化，重新加载」，需手动重载，不会自动重解析。
格式与识别¶
| 类型 | 默认 glob（节选） |
|---|---|
| FASTA（含 A2M/A3M） | *.fasta *.fa *.fna *.faa 等 |
| 通用比对 | *.aln *.msa *.a2m *.a3m |
| PHYLIP | *.phy *.phylip *.ph |
| CLUSTAL | *.clustal *.clw |
| Stockholm | *.sto *.stockholm *.st |
| gzip | 以上各 glob 的 *.gz 形式 |
FASTA 直接显示；CLUSTAL W / MUSCLE、PHYLIP（交错或单行）、Stockholm 在前端转为 FASTA 后交给 ReSeqt。按内容识别格式，扩展名仅用于认领；.txt 不认领，仍走内置文本预览。根据蛋白特有残基比例自动判断核酸 / 蛋白；.faa、.aa、.prot、.pep 按蛋白显示，查看器内可切换配色。
格式设置¶
右侧栏「工作区文件」标题栏有绿色 序列 按钮（DNA 双螺旋图标），可勾选六组常用 glob（默认 40 个全部勾选）、全选 / 全不选 / 恢复默认，或每行一个自定义 glob（# 注释，不含 /、\）。保存后立即重新注册标签类型；配置键为 dsh-seq-viewer:formats:v1，存浏览器 localStorage。
其他行为¶
- 深色模式：从 DSH 页面读取主题，加载与切换时经 postMessage 同步查看器。
- 窄侧栏：宽度不足 760 px 时工具栏收紧，图例可横向滚动。
- 右键「打开方式」：可换内置文本预览或其他标签类型；桌面端可调用本机关联应用或「显示文件位置」。
- 解析失败：显示中文错误卡片，提供「用文本预览打开」和「重试」。
与 dsh-phylo-viewer 可同时安装，但勿把同一扩展名同时勾选到两个插件（例如 .phy 无法区分比对与树文件）。
安装与启用¶
插件要求 Node.js ≥ 20；DSH 引擎版本 >=0.2.1-rc.2 <0.3.0。安装前请自行查看仓库源码与 MIT 许可证；插件以当前 DSH 进程权限运行。
桌面端（DSH NEXT）¶
- 在 DSH 插件 页面从本地目录安装：
/absolute/path/to/dsh-seq-viewer；或 - 退出 DSH NEXT，用桌面端插件安装器（
resources/app.asar/lib/plugin-cli.js）操作desktopprofile。
安装后重启 DSH NEXT。公共 dsh CLI 不能直接操作保留的 desktop profile。
其他 profile（如 dsh web）¶
dsh plugin --profile <profile> add file:/absolute/path/to/dsh-seq-viewer
重启对应 profile 并刷新页面。
卸载：
dsh plugin --profile <profile> remove dsh-seq-viewer
典型用法¶
仓库 examples/ 提供六份样例（如 demo_alignment.fasta、demo_alignment.aln、demo_alignment.phy、demo_alignment.sto、demo_alignment.fasta.gz），可复制到任意 DSH 工作区后按下列步骤操作。
- 会话中打开右侧边栏 → 工作区文件。
- 点击
demo_alignment.fasta或demo_alignment.aln等文件。 - 右侧栏出现同名标签，比对自动渲染；可拖动侧栏边缘加宽。
- 工具栏：搜索（Ctrl+F）、跳转（Ctrl+G）、排序、配色、图例、一致性行、概览图、序列 Logo、PNG 导出、7 级缩放（Ctrl+滚轮）。
- 标签顶部
↻重新读取；磁盘变化后按提示重载。 - 右键比对标签 → 打开方式，按需切换预览或外部应用。
适用场景与注意¶
适合：在 DSH 会话里快速核对 MSA、检查缺口与保守位点、导出 PNG，而不离开工作区。
注意：
- 单文件默认读取上限 32 MB；超大或损坏文件会走错误卡片与文本预览回退。
- 无服务端路由与遥测；仅格式偏好写入
localStorage。 - 社区目录 SkillHub 插件页 与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系，安装来源以你信任的仓库与目录页为准。
结尾¶
dsh-seq-viewer 把 ReSeqt 比对查看能力嵌进 DSH 右侧栏，用 glob 认领工作区比对文件，本地读字节、前端解析，适合日常在 Harness 里对照序列文件。更多信息见 GitHub 仓库 与 SkillHub 目录页。
