前言¶
单细胞蛋白组数据在质谱或抗体路线下往往批次噪声大、细胞异质性难刻画，下游聚类与类型注释对数据质量和不确定性信息都很敏感。手工查文档、对照平台子应用参数，容易在 stage 划分和输入格式上反复试错。下面介绍 SkillHub 上的 @tencent-adm/scprotein-collection-skill：在对话式 Agent 里承接 scPROTEIN 相关能力说明与运行指引，把「图神经网络能做什么、两阶段子应用怎么用」收敛成可执行的步骤说明。
这是什么¶
腾讯 scPROTEIN 单细胞蛋白质模型（坐标 @tencent-adm/scprotein-collection-skill，当前版本 1.0.5）由 腾讯健康组学平台 发布，来源为 enterprise，SkillHub 分类为 professional，标签标明 requires_api_key=false（安装与按 Skill 指引操作本身不依赖额外 API Key）。
一句话定位：面向 scPROTEIN 的 Agent Skill。资料中的模型说明为：基于 图神经网络（GNN） 的深度学习方案，面向 单细胞蛋白组 数据，支持 去批次效应与降噪、不确定性估计、生成 embedding 与 细胞类型表征；合集内包含 stage1 / stage2 两个子应用。官方入口：
- SkillHub 页面：https://www.skillhub.cn/skills/tencent-adm/scprotein-collection-skill
- 官方地址：https://api.skillhub.cn/tencent-adm/scprotein-collection-skill
核心功能¶
以下能力均来自 SkillHub 页面与已抓取简介，不展开未在资料中出现的算法细节或性能数据。
- 降噪与批次：对单细胞蛋白组数据做去批次效应与降噪，改善下游分析输入质量。
- 不确定性估计：在建模流程中提供不确定性相关能力（资料未单独区分采集路线；具体输入输出以 Skill 内指引及平台子应用为准）。
- 表征与注释：生成 embedding 与细胞类型相关表征，支撑聚类、注释等步骤。
- 两阶段子应用：明确包含 stage1、stage2 两个子应用，Skill 用于协助理解分工与导入、运行时的注意点。
在 SkillHub 侧，该 Skill 评分 100000，累计下载 963 次（统计以页面展示为准）。
安装与启用¶
安装方式遵循 SkillHub 通用文档 skillhub.md。先做环境检查，再把技能装进当前 Agent 实际使用的 skills 目录（装错目录会导致 Agent 读不到，需自行对照客户端文档）。
1、检查是否已安装 SkillHub CLI
command -v skillhub && skillhub --version
若未安装，可按官方脚本安装（完整包含 CLI 与默认 Skill；仅需 CLI 时加 --cli-only）：
# 完整安装（CLI + 默认 Skill，推荐）
curl -fsSL https://skillhub-1388575217.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/install/install.sh | bash
# 仅安装 CLI
curl -fsSL https://skillhub-1388575217.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/install/install.sh | bash -s -- --cli-only
2、安装本 Skill
SkillHub 页面给出的安装提示为：根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @tencent-adm/scprotein-collection-skill。命令形态如下（将 <skills 目录> 换成你当前客户端的路径）：
skillhub install @tencent-adm/scprotein-collection-skill --dir <skills 目录>
常用客户端 skills 目录（来自 skillhub.md，以你本机配置为准）：
- Cursor：
~/.cursor/skills/ - Claude Code：
~/.claude/skills/ - Codex：
~/.codex/skills/或项目下的.agents/skills/
也可在支持 Skill 的对话里直接发送页面提示词：「请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @tencent-adm/scprotein-collection-skill。」由 Agent 按文档完成安装。
3、启用
安装到正确目录后，在对话中提及 scPROTEIN、单细胞蛋白组、stage1/stage2 子应用或合集运行等意图时，Agent 可加载该 Skill 的 SKILL.md 指引。是否需重启 IDE 或 CLI 以识别新 Skill，以你所用客户端说明为准。
典型用法¶
资料未提供独立的可复制流水线命令或示例数据路径；可复现的通用流程如下。
- 按上一节完成
skillhub install，确认 Skill 出现在当前 Agent 的 skills 目录。 - 在 Cursor、Claude Code、Codex 等环境中新建任务，说明目标为 scPROTEIN 单细胞蛋白组建模，并标明要使用的子应用阶段（stage1 或 stage2）及数据类型（蛋白组矩阵、元数据等，以 Skill 内字段为准）。
- 让 Agent 依据 Skill 内容逐步给出：输入检查、子应用选择、平台侧导入与运行步骤；对 不确定性估计、embedding、细胞类型表征 等步骤，按 Skill 分节执行，避免与未在简介中描述的其他公共应用混用同一套流程。
若需搜索同类技能，可使用：
skillhub search scprotein
适用场景与注意¶
适合谁：在腾讯健康组学相关环境中处理 单细胞蛋白组、需要 GNN 建模、降噪、不确定性 与 细胞表征，且工作流落在 scPROTEIN stage1/stage2 子应用范围内的分析人员与工程对接角色。
注意：
- 本稿功能描述以 SkillHub 简介为准；子应用参数、输入格式、算力与存储要求以 Skill 正文及组学平台应用说明为准，勿凭猜测填写配置项。
skillhub install必须使用--dir指向当前 Agent 的 skills 目录，否则默认落在./skills/可能无法被识别。- 标签 requires_api_key=false 仅表示 Skill 安装策略；实际跑模型仍可能在平台侧需要账号、项目或数据权限，以平台规则为准。
- 评分与下载量为 SkillHub 展示数据，会随时间变化，引用时以官网页面为准。
结尾¶
腾讯 scPROTEIN 单细胞蛋白质模型 Skill 把 scPROTEIN 的 GNN 能力（降噪、不确定性、embedding、细胞类型表征）与 stage1/stage2 子应用分工，整理成 Agent 可跟随的运行助手；通过 SkillHub 安装 @tencent-adm/scprotein-collection-skill 即可接入。详情与版本见官方页面：https://www.skillhub.cn/skills/tencent-adm/scprotein-collection-skill 。
