前言¶
在腾讯健康组学平台（Omics）上跑 WDL、Nextflow 流水线，常见操作是登录与配置、查公共/项目应用版本与参数模板、提交任务、盯批次与子任务状态，失败时还要翻 stderr、钻取 plan 做异步 debug。这些步骤分散在 omics-platform-cli 文档与控制台之间，对话式开发环境里容易漏步骤或混用不同发起方式（本地 WDL、公共应用、项目应用、COS 上的 NF）。
下面介绍 SkillHub 上的「腾讯组学任务分析」：把上述通用 CLI 流程收敛成 Agent 可执行的技能入口，在 Cursor、Claude Code、Codex 等客户端里用自然语言或触发词唤起，由 Agent 按技能说明调用 omics-platform-cli。
这是什么¶
「腾讯组学任务分析」是腾讯健康组学平台在 SkillHub 发布的 enterprise 技能，坐标 @tencent-adm/omics-task-skill，当前版本 1.0.5，页面分类为 dev-programming，标签 requires_api_key=false（技能本身不要求单独配置 API Key；平台登录仍按 Omics CLI 既有方式处理）。
一句话定位：组学平台 CLI 通用操作助手——覆盖登录配置、列应用、发起 WDL/Nextflow 任务、查询状态、debug 排查。当用户明确指定专用应用（如 scBERT、IgGM、tFold、CD-GPT、ORI、scPROTEIN 等）时，应改用对应专用 SKILL，本技能不做替代。
官方入口：
- API / 技能包：
https://api.skillhub.cn/tencent-adm/omics-task-skill - SkillHub 展示页：
https://www.skillhub.cn/skills/tencent-adm/omics-task-skill
核心功能¶
以下能力与官方简介及技能说明一致，按使用链路归纳。
登录与配置¶
引导完成 omics-platform-cli 的登录与环境配置，作为后续列应用、跑任务的前置步骤。
列应用与版本¶
- 列公共应用与项目内应用。
- 列应用版本、参数模板（对应 CLI 侧常见的 list public-apps、list apps、list versions、list templates 等操作意图）。
发起任务（四种形态）¶
通过 CLI 发起 WDL / Nextflow 任务，技能区分四种入口，避免混用：
- 本地 WDL
- 公共应用
- 项目内应用
- COS 上的 NF（Nextflow）
用户口语中的「跑流水线」「提交任务」「跑批次」等，在技能内会落到具体的 omics run 类操作与参数上。
查询状态¶
查询任务批次、子任务进度与状态（如 RunGroup、rg-xxx 等标识），对应查批次状态、查任务进度等需求。
失败排查（debug）¶
针对异步失败场景：查看 stderr、分析任务为何失败、钻取 plan-xxx 等，支撑生信流程（WGS、RNA-seq、Sentieon、Cromwell 等）上线后的运维式对话排查。
触发与路由¶
除自然语言外，技能对 Omics、组学平台、健康组学、omics-platform-cli、omics list / omics run / omics status / omics debug 及「列公共应用」「跑本地 WDL」「跑 COS 上的 NF」等表述敏感。专用应用场景应切换到专用 SKILL，本技能保持通用入口。
安装与启用¶
安装 SkillHub CLI（若尚未安装）¶
先检查是否已有 CLI：
command -v skillhub && skillhub --version
未安装时，可按 SkillHub 文档执行完整安装（CLI + 默认 Skill）或仅 CLI：
curl -fsSL https://skillhub-1388575217.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/install/install.sh | bash
curl -fsSL https://skillhub-1388575217.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/install/install.sh | bash -s -- --cli-only
安装本技能¶
SkillHub 页面给出的安装指引为：根据 SkillHub 安装文档，安装 @tencent-adm/omics-task-skill。
安装技能时需用 --dir 指向当前 Agent 的 skills 目录，否则默认落在 ./skills/ 可能不会被客户端加载：
skillhub install tencent-adm/omics-task-skill --dir <你的 Agent skills 目录>
常用客户端 skills 路径（以 SkillHub 文档为准）：
- Cursor：
~/.cursor/skills/ - Claude Code：
~/.claude/skills/ - Codex：
~/.codex/skills/或项目下的.agents/skills/
也可在对话中把 SkillHub 页面上的安装提示词发给 AI，让其按上述文档完成安装。安装后按各客户端要求刷新或重启，使技能生效。
平台侧前提¶
本技能指导 Agent 使用 omics-platform-cli 与腾讯健康组学平台交互；需已具备平台账号与 CLI 可用环境。具体登录命令与配置文件字段以 Omics 官方 CLI 文档为准，技能内会按场景引用，本文不展开未在公开页面逐条核实的配置项。
典型用法¶
在已安装技能且本机已配置 Omics CLI 的前提下，可在 Agent 对话中直接描述意图，例如：
- 列应用：「列一下当前项目的应用和最新版本」「list public-apps / list templates」——由 Agent 调用列应用、列版本、列参数模板相关 CLI 子命令。
- 提交任务：「用公共应用跑 WDL」「提交项目里的 RNA-seq 流程」「用 COS 上的 NF 跑 Nextflow」——Agent 按四种形态选择对应 run 路径与参数。
- 看进度：「查一下 RunGroup rg-xxx 的批次状态」「omics status 当前任务」——查询批次与子任务状态。
- 排错：「这个任务失败了，帮我看 stderr」「钻取 plan-xxx debug」——走技能中的 debug 排查流程。
以上示例为 SkillHub 简介与技能说明所覆盖的能力表述；具体命令行参数以技能包内 SKILL 指引及 omics-platform-cli 帮助输出为准，Agent 应在执行前与你确认项目、应用 ID、输入输出路径等关键信息。
适用场景与注意¶
适合谁
- 已在或计划使用腾讯健康组学平台跑 WDL / Nextflow 的生信、组学分析人员。
- 希望在 IDE Agent（Cursor 等）里用对话完成「列应用 → 提交 → 查状态 → 失败排查」闭环、减少手工翻文档的开发者。
限制与注意
- 通用入口：绑定 scBERT、IgGM、tFold 等专用应用时，应安装并使用对应专用 SKILL，避免通用技能误用简化参数。
- 事实来源：SkillHub 页面显示本技能评分 100000、下载 1005（统计随 SkillHub 更新变化），安装数等以页面为准。
- 网络与权限：
skillhub安装脚本与后续 CLI 调用需能访问相应网络；跑任务还依赖项目权限、COS 与计算资源配额。 - 非替代官方 CLI：技能是操作助手，生产环境的关键参数、合规与计费仍以平台与 CLI 官方说明为准。
结尾¶
「腾讯组学任务分析」把 Omics 上高频的 CLI 操作收成 Agent 可执行的通用技能：登录配置、列应用、四种形态发起 WDL/Nextflow、查批次与子任务、异步失败 debug，并在专用应用场景提示改用专用 SKILL。若你在对话里已经常用 Omics、跑 WDL/NF、查 rg-xxx 或 debug 任务，可从 SkillHub 安装 @tencent-adm/omics-task-skill 作为统一入口。
- 技能 API：
https://api.skillhub.cn/tencent-adm/omics-task-skill - SkillHub：
https://www.skillhub.cn/skills/tencent-adm/omics-task-skill - 安装说明：
https://skillhub.cn/install/skillhub.md
