前言¶

在 DSH 里做 binder、酶或纳米抗体一类蛋白质设计时，常见做法是 agent 分别对接 ProteinMPNN、ESMFold、界面分析与聚类脚本，中间还要自己维护 Python 环境与模型路径。流程分散、边界不清，重算力环节是否必须上外部服务也容易被混进「本机都能做」的叙述里。

dsh-bio-galatea（npm 包名 @dsh-bio/dsh-bio-galatea，GitHub：moonbowterfly/dsh-bio-galatea）属于 dsh-bio-genie 生态，把序列设计、单链折叠验证、界面筛选、多样性选择与多轮 campaign 调度收拢为 19 个语义化工具，供 dsh 中的 agent 直接调用；README 明确标注本机能力边界，co-folding 等重算力环节指向外部服务，不伪装成本地全覆盖。维护者为 moonbowterfly，社区目录分类为 模型推理。

这是什么¶

Galatea（伽拉忒亚）在 README 中对应「从结构到序列」的创造过程：给 dsh / dsh-bio-genie 装上本机可用的蛋白质设计工具箱——序列设计、单链折叠验证、界面筛选与多样性选择，并通过私有 venv 零手动自举，在 CPU 或小显存 GPU 上自适应运行。

当前 npm 版本为 0.1.5（MIT 许可证）；Node 引擎要求 ^22.19 || >=24。

核心功能¶

下面按 README 已列能力归纳，不超出资料范围。

设计与折叠¶

• galatea_mpnn：基于 ProteinMPNN / SolubleMPNN / LigandMPNN 做序列设计（典型 CPU 秒至分钟级）。
• galatea_fold：单链结构预测（ESMFold，CPU/GPU；CPU 下约分钟级/条）。
• galatea_redesign：按界面、anchor 或骨架区域约束做区域重设计（CORE / BOUNDARY / SURFACE 等策略见 README）。
• galatea_refold：ESMFold 单体复折叠，用于离开 target 后检查 binder 单体折叠质量。

筛选与质控¶

• galatea_interface：复合物界面分析（接触、氢键、盐桥、埋藏面积、pLDDT 等；输入 co-folding 产物）。
• galatea_score：序列理化打分（pI、净电荷、GRAVY、疏水矩、聚集代理等）。
• galatea_inspect：结构 QC（clash、pLDDT 分布）。

多样性与排序¶

• galatea_cluster：候选聚类，产出多样性代表集。
• galatea_rank / galatea_rank_aggregate：多预测器等权共识排序与多批次排名聚合（typed 调用对 score_contract 有明确约束，见 README 表格说明）。

接触与 campaign 调度¶

• galatea_contact_consensus：多模型界面残基/pair 频率、anchor（设计控制信号，不参与排序）。
• galatea_contact_cluster：target-side footprint 聚类与 pose/contact 簇指标。
• galatea_portfolio：按资格、靶点覆盖、多样性配额与风险上限做确定性组合选择，输出可审计四件套 CSV/JSON。
• galatea_budget：跨靶预算调度（floor / exploit / reserve 三层整数配额）。
• galatea_coverage：campaign 覆盖审计，可选确定性 rescue 计划。

台账与多轮迭代¶

• galatea_ingest：摄入本地 PDB/CIF、CSV/JSON/JSONL 或内联候选，写入统一 JSONL 台账。
• galatea_loop：多轮设计战役记账、父本选择与下一轮计划（不执行生成）。

环境与自举¶

• galatea_status：运行时状态（组件、设备、解释器），秒级。
• galatea_setup：幂等自举（action="env" | "mpnn" | "esmfold" | "all"）；all 含 ESMFold 权重下载（约 2.5GB，分钟至数十分钟级）。

首次调用任一计算工具可能先返回 PYTHON_PROBE_PENDING，稍后重试；缺 torch 时返回 PYTHON_TORCH_MISSING 及安装提示，仍可用 galatea_status / galatea_setup(action="env") 诊断。

安装与启用¶

插件以 npm 包 发布，纯 ESM、无构建步骤。安装命令须使用 README 原文，勿自行拼接 github:owner/repo 作为唯一方式（桌面端插件页可填 github:moonbowterfly/dsh-bio-galatea 作为另一种入口）。

Web / 已有全局 dsh CLI（0.1.x）：

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-galatea

无全局 CLI：

npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-galatea

dsh 桌面端（0.2.0+，README 推荐）：

1. 先启动一次桌面端以初始化 desktop profile，然后完全退出应用。
2. 使用桌面端自带 CLI（Windows 默认路径示例）：

& "$env:LOCALAPPDATA\Programs\DeepSeek Harness\resources\runtime\cli\bin\dsh.cmd" plugin --profile desktop add @dsh-bio/dsh-bio-galatea

3. 重新打开桌面端；也可在桌面端 「插件」 页输入 github:moonbowterfly/dsh-bio-galatea 安装且无需退出。安装后执行一次 galatea_status 确认组件与环境。

README 记载：2026-10-01 桌面端 0.2.0-rc.2 上 19 个工具全量注册且 galatea_status 可真实执行；引擎兼容 0.1.x 与 0.2.0+。

模型目录（可选）¶

大模型默认在 ~/.dsh/dsh-bio-galatea/models（含 ESMFold 约 2.5GB 与 MPNN 权重）。解析优先级：

GALATEA_MODELS_DIR（环境变量，最高）> config.json 的 modelsDir > 默认目录。

• 桌面端：设置 → BioGenie → 蛋白设计 → 模型目录 → 保存并应用（写入 ~/.dsh/dsh-bio-galatea/config.json）。
• 或环境变量 GALATEA_MODELS_DIR。
• 或手动编辑 config.json，例如：{ "modelsDir": "F:/Models/AI_models" }。

指向已有 esmfold/、mpnn/ 的目录可复用权重；空目录则在下次 galatea_setup 时下载。修改后无需重启 dsh，下一次 galatea 工具调用即按新路径解析。

典型用法¶

README 给出的快速开始顺序如下，可在 agent 或 dsh 工具调用中复现。

1. 环境检查：galatea_status — 查看 MPNN / ESMFold / 分析依赖与 GPU/CPU。
2. 一键就绪：galatea_setup(action="all") — 幂等，可重复执行。
3. 设计与验证链路（按需组合）：
   - 给结构设计序列：galatea_mpnn
   - 单链折叠验证：galatea_fold
   - 复合物界面：galatea_interface
   - 理化过滤：galatea_score
   - 结构检查：galatea_inspect
   - 多样性代表：galatea_cluster
   - 多轮台账：galatea_loop(action="log|next|status")
   - 接触共识 / 聚类：galatea_contact_consensus、galatea_contact_cluster
   - 组合与预算：galatea_portfolio、galatea_budget、galatea_coverage
   - 区域重设计 / 复折叠救援：galatea_redesign、galatea_refold

手动指定或修改 GALATEA_PYTHON 后需重启 dsh；通过 galatea_setup 成功安装 Python 依赖后会自动重新探测解释器。

适用场景与注意¶

适合谁：已在 DSH 或 dsh-bio-genie 宿主里做蛋白质 inverse folding 与轻量结构验证的开发者；希望 agent 用固定工具名完成 MPNN 设计、ESMFold 单链折叠、界面指标与 campaign 级 portfolio/budget/coverage，而不是每次拼 shell 脚本。

能力边界：单链 ESMFold 与 MPNN 族工具面向本机；复合物 co-folding 等 README 未宣称本地全覆盖的环节，应规划外部服务或专用流水线，再交给 galatea_interface 等做后处理。

安全与合规：DSH 插件以 当前 dsh 进程权限 运行，会触达本机文件系统、可能下载 GB 级模型并执行插件 bundled 的 Python 代码。安装前请阅读 GitHub 仓库 源码与 MIT 许可证，仅在可信环境启用。社区插件目录 SkillHub 条目 为独立站点，与 DeepSeek / 幻方无官方从属关系。

结尾¶

dsh-bio-galatea 把蛋白质设计链路上分散的工具收成 19 个 galatea_* 工具，配合自举安装与可迁移模型目录，让 DSH agent 在本机边界内完成「结构 → 序列 → 折叠验证 → 界面与 campaign 调度」的主干步骤。

• 目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/moonbowterfly/dsh-bio-galatea
• GitHub：https://github.com/moonbowterfly/dsh-bio-galatea