前言¶

在 DeepSeek Harness（DSH）的插件开发中，直接将庞大的技能库（例如 986 个生物技能）打包成扁平的会话目录（约 230KB，60k-80k tokens）会导致性能下降。dsh-bioinf 作为一个插件，旨在解决这个问题：它用基于搜索的路由机制替代静态目录，并提供远程执行与场景化引导。

功能概览¶

该插件提供了以下核心能力：

1. skill_search 工具
   实现了 BM25 风格的评分算法（权重：名称 ×6，类别 ×2，whenToUse ×1.5，描述 ×1），支持 CJK 双字支持。查询整个库的时间小于 10 毫秒，返回匹配的技能名称与类别。

2. skill_categories 工具
   提供类别树结构，包含 15 个顶级分类及其子分类和技能数量，支持用户按领域浏览。

3. bioinf-library 技能提供者
   将 986 个生物技能注册到 ctx.skills 中，使原生 skill 工具能够按需加载技能内容。技能名称标准化为 kebab-case，并过滤了 HTML 产地注释，保证描述的完整性。

4. dsh-bioinf-anysearch
   注册一个 WebSearchProvider 到 ctx.web，为原生 web_search 工具提供支持。该组件独立存在，因为无头配置文件不挂载 web 接口。

5. remote_exec 工具（可选）
   支持在配置的 GPU/训练服务器上执行 SSH 操作，包括 nvidia-smi 查看状态、使用 nohup 启动训练、日志轮询和预测任务。仅在 remote.host 和 remote.user 配置项存在时生效。

6. Guidance 提示部分
   提供路由规则（例如“绝不猜测技能名称”）以及三种场景剧本：A. 文献深度审阅（生成可证伪假设），B. 生物数据检索/分析，C. 远程训练/预测。

安装与启用¶

该插件作为 Cordis patch 插件工作，目前未提供单一的 npm/pnpm install 命令。启用过程需要手动编辑配置文件并构建库文件。

1. 配置工具技能
   确保在 @deepseek-ai/dsh-tool-skill 的配置中关闭 catalog：

    config:
      catalog: off

2. 编辑 cordis.patch.yml
   在 cordis.patch.yml 中插入 bioinf 和 bioinf-anysearch 插件：

    - insert:
        - id: bioinf
          name: 'file:///D:/projs/bioinf_agent/deepseek-harness/packages/examples/dsh-bioinf/lib/index.js'
          config:
            skillsIndexFile: 'D:/projs/bioinf_agent/skills_meta/_dsh_index.json'
        - id: bioinf-anysearch
          name: 'file:///D:/projs/bioinf_agent/deepseek-harness/packages/examples/dsh-bioinf/lib/anysearch-plugin.js'
          config:
            apiKey: '...'

3. 构建库文件
   在项目根目录下运行构建命令以生成 lib/ 目录：

    pnpm run build:lib:host

索引格式¶

skillsIndexFile 必须指向一个有效的 JSON 数组。索引文件定义了技能的元数据，示例格式如下：

[
  {
    "name": "scanpy",
    "dir": "scanpy",
    "cat1": "细胞组学与组学整合场景",
    "cat2": "单细胞与转录组分析",
    "cat3": "scanpy",
    "description": "...",
    "whenToUse": "...",
    "requirements": ["pip install scanpy"],
    "hasScripts": false,
    "nScripts": 0,
    "bodyChars": 1234,
    "path": "D:/.../scanpy/SKILL.md"
  }
]

注意事项¶

1. Catalog 依赖：必须确保 tool-skill 的配置中 catalog: off 已开启。
2. 远程执行条件：remote_exec 工具仅在配置了 remote.host 和 remote.user 时可用。
3. 文件格式：skillsIndexFile 指向的文件必须是有效的 JSON 数组，否则插件可能无法正常工作。
4. 测试环境：运行单元测试需要安装 vitest，测试文件位于 packages/examples/dsh-bioinf/tests/。

结语¶

dsh-bioinf 通过搜索路由和按需加载机制，解决了生物信息学场景下大型技能库的维护难题。结合远程执行工具，它能够支持从文献分析到服务器训练的全流程自动化。

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