前言¶

DSH（DeepSeek Harness）的理念是「一切皆插件」。給智能體加領域能力時，最常見的負擔是依賴：調外部命令行工具要求運行環境預先安裝，調在線服務則受網絡和第三方可用性約束。而分子生物學裏的很多計算——序列變換、引物 Tm、酶切模擬——本來就可以在本地確定性完成，不必背上一串依賴。

dsh-molbio-tools 就是按這個思路實現的插件：面向 DeepSeek Harness 的零依賴分子生物學研究插件，覆蓋序列分析、引物自動設計與檢查、限制性酶切模擬、GenBank 解析與質粒圖譜、qPCR 分析、文獻助手與實驗臺計算。下面按定位、功能、安裝與典型用法依次介紹。

這是什麼¶

dsh-molbio-tools（倉庫 lovy2004/dsh-molbio-tools，package 名 dsh-molbio-tools）由 lovy2004 維護，以 MIT 許可證發佈。核心特徵有三點：

1、共 44 個工具，全部由零依賴的純 .mjs 文件構成，可隨 agent preset 目錄整體複製分發；
2、除文獻檢索與存儲外，全部爲確定性純計算；
3、以專屬預設（preset）模式安裝，molbio 工具只在其對應會話模式中出現。

它解決的問題是：把序列分析、引物設計、克隆模擬與驗證、qPCR 分析、文獻與實驗記錄這條工作流裝進一個 DSH 會話，全程不需要安裝任何外部程序。

核心功能¶

序列分析與限制酶切¶

• molbio_reverse_complement：反向互補 / 互補鏈，支持 IUPAC 簡併碼
• molbio_gc_content：整體 GC 含量，可選分窗口
• molbio_translate：1/3/6 框翻譯與 ORF 查找
• molbio_restriction_sites：內置 90+ 限制酶的位點搜索與酶切片段計算（v10 起含 IIS 型）
• molbio_enzyme_lookup：v13 酶目錄查詢；給定序列時報告雙鏈向全部切點，包括 IIS 酶反向識別位點被切、molbio_restriction_sites 不報告的情況

引物設計與檢查¶

• molbio_design_primers：PCR 引物對自動設計，Tm 採用 SantaLucia 1998 NN 模型；v12 起 Primer3 式結構篩查與錯配容差；v13 起提供鹽/濃度旋鈕與 3’ 目標位置偏好
• molbio_design_intron_primers：v10 跨內含子 qPCR 引物，正向引物跨外顯子連接點，以基因組 DNA 爲模板時無法擴增
• molbio_primer_tm：單引物 Tm 估算
• molbio_primer_check：引物結構篩查（重複序列、自互補、髮夾、二聚體）

質粒圖譜與克隆構建¶

• molbio_parse_snapgene / molbio_parse_genbank：SnapGene .dna 與 GenBank flatfile 解析
• molbio_plasmid_map / molbio_plasmid_map_file：SVG 質粒圖譜渲染（環形/線形、特徵分道、GC skew、單切酶標記），直接寫入工作區文件並自動打開
• molbio_unique_cutters：唯一切點選酶
• molbio_clone_simulate：酶切-連接與 Gibson 組裝模擬，輸出特徵座標平移、驗證酶切預測與 FASTA/SVG
• molbio_golden_gate：v13 Golden Gate 多片段組裝，基於 IIS 酶並自動設計突出端
• molbio_clone_primers：克隆引物加尾
• molbio_mutagenesis_primers：QuickChange 式定點突變引物

克隆驗證、實驗統計與蛋白質¶

• molbio_verify_sanger：讀 .ab1/.seq 等測序文件，環狀感知比對參考質粒，報告錯配/缺失/插入、同一性與 CDS 氨基酸後果
• molbio_qpcr_analysis：qPCR ΔΔCt 分析
• molbio_qpcr_efficiency：稀釋系列擴增效率標準曲線（SVG）
• molbio_plot / molbio_virtual_gel：通用 SVG 柱狀/散點圖；v13 虛擬瓊脂糖凝膠
• molbio_lab_math：稀釋、摩爾濃度、DNA 拷貝數計算
• molbio_protein_props：MW / pI / A280 / GRAVY / 脂肪族指數估算
• molbio_peptide_digest：質譜用肽段酶切模擬
• molbio_codon_optimize：E. coli/酵母/人密碼子優化，可避開指定酶切位點

序列擴展與多序列比對¶

• molbio_align：Smith-Waterman 局部比對
• molbio_fasta_fastq：FASTA/FASTQ 處理與 QC
• molbio_extract_region：按特徵名或座標提取子序列
• molbio_msa_align（v15）：多序列漸進式比對（仿射缺口 NW + 5-mer/UPGMA 引導樹）
• molbio_conservation（v15）：保守性分析，輸出共識序列、逐列 identity 與熵打分

文獻與實驗記錄¶

• molbio_pubmed_search / molbio_pubmed_abstract：PubMed 檢索與按 PMID 拉取摘要
• molbio_paper_add / molbio_paper_list / molbio_paper_update / molbio_paper_remove：文獻閱讀庫增刪改查去重
• molbio_paper_export_bibtex：閱讀庫導出 BibTeX
• molbio_protocol_add / protocol_list / protocol_update：協議庫
• molbio_experiment_log / experiment_list：實驗日誌

安裝與啓用¶

推薦安裝方式是複製完整預設目錄，而不是逐個註冊工具。倉庫的 preset/molbio-lab/ 即完整預設目錄，把它複製到 harness 用戶目錄，在倉庫根目錄執行：

cp -r preset/molbio-lab ~/.dsh/.agent-presets/molbio-lab

複製後的目錄結構：

~/.dsh/.agent-presets/molbio-lab/
├── agent.cordis.yml
├── preset.yml
└── plugins/
    └── dsh-molbio-tools-v15/

重啓或刷新預設列表後，在預設選擇器中選擇 Molecular Biology Lab 新建會話。安裝後 molbio 工具只在該模式出現，不會把 44 個工具和提示段注入其它會話。

更新插件時注意一條規則：DSH 的 standing 掛載按 ESM 模塊 URL 緩存模塊，每次更新必須新建版本目錄（例如把 dsh-molbio-tools-v15/ 換成新的版本號目錄）。

典型用法¶

質粒圖譜一步成圖¶

先準備一個 .dna（SnapGene）或 .gb/.gbk（GenBank）文件，調用 molbio_plasmid_map_file：工具直接讀文件，把 SVG 圖譜寫入工作區並返回 svg_path（默認 <名稱>.svg，可用 output_path 指定），寫入後自動用系統默認應用打開（auto_view 默認開啓）。

引物設計與非特異結合檢查¶

用 molbio_design_primers 自動設計引物對。設 check_mispriming: true 時，工具檢查 3’ 尾在模板上的非特異結合位點並拒絕或罰分；做 SNP / 定點設計時，v13 起可用 target_position + target_penalty 按「較近引物 3’ 端到目標位點的距離」排序，每對引物報告 target_distance。

qPCR 標準曲線¶

molbio_qpcr_efficiency 用稀釋系列生成標準曲線，plot_path 直接寫出帶擬合線的 SVG 標準曲線並自動打開。

從多序列比對到保守性分析¶

先調用 molbio_msa_align 做多序列比對，返回比對序列（sequences 數組或 fasta_path），save_path 可直接寫出比對後的 FASTA；再把該輸出交給 molbio_conservation，得到共識序列、逐列 identity 與熵打分。

適用場景與注意事項¶

適合兩類使用者：一是在 DSH 會話中完成序列分析、引物設計、克隆構建與驗證的分子生物學研究者；二是想參考零依賴插件組織方式的 DSH 預設開發者。

使用前注意以下幾點：

1、molbio_pubmed_search 依賴 harness 的 web 檢索服務，molbio_pubmed_abstract 依賴部署提供 web fetch 能力，不支持時明確報錯；
2、文獻庫存儲經 harness fs 服務與沙箱政策；
3、molbio_protein_props 各項數值均爲估算，密碼子優化基於公開發表的高頻密碼子表（啓發式）；
4、插件以當前 dsh 進程權限運行，安裝前應檢查源碼與許可證（MIT）。

小結¶

dsh-molbio-tools 把一條分子生物學工作流收進 44 個零依賴的純計算工具，安裝只是複製一個預設目錄，啓用後隻影響專屬會話。對需要在 DSH 裏做序列與克隆工作的團隊，這是一個可以直接複製的起點。

相關鏈接：

• 插件目錄頁：https://www.skillhub.cn/plugins/lovy2004/dsh-molbio-tools
• GitHub 倉庫：https://github.com/lovy2004/dsh-molbio-tools

社區插件目錄是獨立站點，與 DeepSeek、幻方無官方從屬關係。