前言¶
DSH（DeepSeek Harness）的理念是「一切皆插件」。给智能体加领域能力时，最常见的负担是依赖：调外部命令行工具要求运行环境预先安装，调在线服务则受网络和第三方可用性约束。而分子生物学里的很多计算——序列变换、引物 Tm、酶切模拟——本来就可以在本地确定性完成，不必背上一串依赖。
dsh-molbio-tools 就是按这个思路实现的插件：面向 DeepSeek Harness 的零依赖分子生物学研究插件，覆盖序列分析、引物自动设计与检查、限制性酶切模拟、GenBank 解析与质粒图谱、qPCR 分析、文献助手与实验台计算。下面按定位、功能、安装与典型用法依次介绍。
这是什么¶
dsh-molbio-tools（仓库 lovy2004/dsh-molbio-tools，package 名 dsh-molbio-tools）由 lovy2004 维护，以 MIT 许可证发布。核心特征有三点：
1、共 44 个工具，全部由零依赖的纯 .mjs 文件构成，可随 agent preset 目录整体复制分发；
2、除文献检索与存储外，全部为确定性纯计算；
3、以专属预设（preset）模式安装，molbio 工具只在其对应会话模式中出现。
它解决的问题是：把序列分析、引物设计、克隆模拟与验证、qPCR 分析、文献与实验记录这条工作流装进一个 DSH 会话，全程不需要安装任何外部程序。
核心功能¶
序列分析与限制酶切¶
molbio_reverse_complement：反向互补 / 互补链，支持 IUPAC 简并码molbio_gc_content：整体 GC 含量，可选分窗口molbio_translate：1/3/6 框翻译与 ORF 查找molbio_restriction_sites：内置 90+ 限制酶的位点搜索与酶切片段计算（v10 起含 IIS 型）molbio_enzyme_lookup：v13 酶目录查询；给定序列时报告双链向全部切点，包括 IIS 酶反向识别位点被切、molbio_restriction_sites不报告的情况
引物设计与检查¶
molbio_design_primers：PCR 引物对自动设计，Tm 采用 SantaLucia 1998 NN 模型；v12 起 Primer3 式结构筛查与错配容差；v13 起提供盐/浓度旋钮与 3’ 目标位置偏好molbio_design_intron_primers：v10 跨内含子 qPCR 引物，正向引物跨外显子连接点，以基因组 DNA 为模板时无法扩增molbio_primer_tm：单引物 Tm 估算molbio_primer_check：引物结构筛查（重复序列、自互补、发夹、二聚体）
质粒图谱与克隆构建¶
molbio_parse_snapgene/molbio_parse_genbank：SnapGene.dna与 GenBank flatfile 解析molbio_plasmid_map/molbio_plasmid_map_file：SVG 质粒图谱渲染（环形/线形、特征分道、GC skew、单切酶标记），直接写入工作区文件并自动打开molbio_unique_cutters：唯一切点选酶molbio_clone_simulate：酶切-连接与 Gibson 组装模拟，输出特征坐标平移、验证酶切预测与 FASTA/SVGmolbio_golden_gate：v13 Golden Gate 多片段组装，基于 IIS 酶并自动设计突出端molbio_clone_primers：克隆引物加尾molbio_mutagenesis_primers：QuickChange 式定点突变引物
克隆验证、实验统计与蛋白质¶
molbio_verify_sanger：读.ab1/.seq等测序文件，环状感知比对参考质粒，报告错配/缺失/插入、同一性与 CDS 氨基酸后果molbio_qpcr_analysis：qPCR ΔΔCt 分析molbio_qpcr_efficiency：稀释系列扩增效率标准曲线（SVG）molbio_plot/molbio_virtual_gel：通用 SVG 柱状/散点图；v13 虚拟琼脂糖凝胶molbio_lab_math：稀释、摩尔浓度、DNA 拷贝数计算molbio_protein_props：MW / pI / A280 / GRAVY / 脂肪族指数估算molbio_peptide_digest：质谱用肽段酶切模拟molbio_codon_optimize：E. coli/酵母/人密码子优化，可避开指定酶切位点
序列扩展与多序列比对¶
molbio_align：Smith-Waterman 局部比对molbio_fasta_fastq：FASTA/FASTQ 处理与 QCmolbio_extract_region：按特征名或坐标提取子序列molbio_msa_align（v15）：多序列渐进式比对（仿射缺口 NW + 5-mer/UPGMA 引导树）molbio_conservation（v15）：保守性分析，输出共识序列、逐列 identity 与熵打分
文献与实验记录¶
molbio_pubmed_search/molbio_pubmed_abstract：PubMed 检索与按 PMID 拉取摘要molbio_paper_add/molbio_paper_list/molbio_paper_update/molbio_paper_remove：文献阅读库增删改查去重molbio_paper_export_bibtex：阅读库导出 BibTeXmolbio_protocol_add/protocol_list/protocol_update：协议库molbio_experiment_log/experiment_list：实验日志
安装与启用¶
推荐安装方式是复制完整预设目录，而不是逐个注册工具。仓库的 preset/molbio-lab/ 即完整预设目录，把它复制到 harness 用户目录，在仓库根目录执行：
cp -r preset/molbio-lab ~/.dsh/.agent-presets/molbio-lab
复制后的目录结构：
~/.dsh/.agent-presets/molbio-lab/
├── agent.cordis.yml
├── preset.yml
└── plugins/
└── dsh-molbio-tools-v15/
重启或刷新预设列表后，在预设选择器中选择 Molecular Biology Lab 新建会话。安装后 molbio 工具只在该模式出现，不会把 44 个工具和提示段注入其它会话。
更新插件时注意一条规则：DSH 的 standing 挂载按 ESM 模块 URL 缓存模块，每次更新必须新建版本目录（例如把 dsh-molbio-tools-v15/ 换成新的版本号目录）。
典型用法¶
质粒图谱一步成图¶
先准备一个 .dna（SnapGene）或 .gb/.gbk（GenBank）文件，调用 molbio_plasmid_map_file：工具直接读文件，把 SVG 图谱写入工作区并返回 svg_path（默认 <名称>.svg，可用 output_path 指定），写入后自动用系统默认应用打开（auto_view 默认开启）。
引物设计与非特异结合检查¶
用 molbio_design_primers 自动设计引物对。设 check_mispriming: true 时，工具检查 3’ 尾在模板上的非特异结合位点并拒绝或罚分；做 SNP / 定点设计时，v13 起可用 target_position + target_penalty 按「较近引物 3’ 端到目标位点的距离」排序，每对引物报告 target_distance。
qPCR 标准曲线¶
molbio_qpcr_efficiency 用稀释系列生成标准曲线，plot_path 直接写出带拟合线的 SVG 标准曲线并自动打开。
从多序列比对到保守性分析¶
先调用 molbio_msa_align 做多序列比对，返回比对序列（sequences 数组或 fasta_path），save_path 可直接写出比对后的 FASTA；再把该输出交给 molbio_conservation，得到共识序列、逐列 identity 与熵打分。
适用场景与注意事项¶
适合两类使用者：一是在 DSH 会话中完成序列分析、引物设计、克隆构建与验证的分子生物学研究者；二是想参考零依赖插件组织方式的 DSH 预设开发者。
使用前注意以下几点：
1、molbio_pubmed_search 依赖 harness 的 web 检索服务，molbio_pubmed_abstract 依赖部署提供 web fetch 能力，不支持时明确报错；
2、文献库存储经 harness fs 服务与沙箱政策；
3、molbio_protein_props 各项数值均为估算，密码子优化基于公开发表的高频密码子表（启发式）；
4、插件以当前 dsh 进程权限运行，安装前应检查源码与许可证（MIT）。
小结¶
dsh-molbio-tools 把一条分子生物学工作流收进 44 个零依赖的纯计算工具，安装只是复制一个预设目录，启用后只影响专属会话。对需要在 DSH 里做序列与克隆工作的团队，这是一个可以直接复制的起点。
相关链接：
- 插件目录页：https://www.skillhub.cn/plugins/lovy2004/dsh-molbio-tools
- GitHub 仓库：https://github.com/lovy2004/dsh-molbio-tools
社区插件目录是独立站点，与 DeepSeek、幻方无官方从属关系。
