基因组注释 / Genome annotation:注释特征的托管统计 Skill

前言

拿到基因组注释结果(GFF/GTF 一类)之后,常见的下一步是统计基因、外显子等特征的数量和分布。自己写脚本容易漏掉某些统计口径,也难以在不同项目间复用;本地分析工具链又需要额外的环境和算力。下面介绍的这个 Skill 把这类统计做成托管调用:提交 JSON 输入,取回结构化结果。

这是什么

基因组注释 / Genome annotation,坐标 @user_f4fc8899/bio-genome-annotation-integrated,由 community 来源的发布者 user_f4fc8899 维护,当前版本 1.4.20,分类 data-analysis。

一句话定位:它把注释特征统计(按类型计数、基因/外显子数、每基因外显子数、宽度分布、基因组密度)封装成一个可调用的托管执行器,开发者不需要在本地运行上游工具链。

核心功能

官方简介列出的统计维度:

  • 按类型计数:统计注释文件中各类特征的数量。
  • 基因/外显子数:分别给出基因总数与外显子总数。
  • 每基因外显子数:外显子数在基因间的分布。
  • 宽度分布:特征长度的分布情况。
  • 基因组密度:特征在基因组上的覆盖密度。

输入与输出

官方英文描述明确了行为边界:

  • 输入:已登记的托管执行器接收文档化的 JSON 输入。
  • 输出:返回结构化内容;在提供相应输入时返回 Markdown。
  • 边界:它不运行上游本地工具链,也不操作第三方账户;交付物只有经过验证的服务端响应。

也就是说,它不是本地注释软件(如 BRAKER、Augustus 一类)的封装,而是一个统计查询服务。基因预测、结构注释等上游步骤仍需在别处完成,它只负责下游的特征统计。

安装与启用

本次抓取到的资料中没有给出可核实的安装命令、目录路径或配置字段,因此这里不写推测的安装方式。可以核实的信息如下:

官方地址:https://api.skillhub.cn/user_f4fc8899/bio-genome-annotation-integrated
SkillHub 页面:https://www.skillhub.cn/skills/user_f4fc8899/bio-genome-annotation-integrated
坐标:@user_f4fc8899/bio-genome-annotation-integrated

页面状态(抓取时):评分 100000、下载 901、安装 0;标签显示 pricing_type=alipay、requires_api_key=false。

适用场景与限制

适合谁:已经拿到注释结果、只想要一组标准统计口径的开发者;希望把统计步骤接入自动化流水线、而不想维护本地分析脚本的人。

注意事项:

  • 它是托管执行器,不执行上游注释流程。上游结果仍需自行产出,它只做统计。
  • 页面标签显示 requires_api_key=false,实际调用要求以官方文档为准。
  • 中文简介只列出统计维度,未给出 JSON 输入字段的明细。接入前应先核对官方文档中 “documented JSON input” 的具体结构,不要凭统计项自行推测字段名。

结尾

这个 Skill 的价值在于把注释特征统计从”自己写脚本”变成一次托管调用:口径固定,不依赖本地工具链,输出是结构化内容或 Markdown。如果你需要的只是一组标准的基因/外显子/宽度/密度统计,可以从上面的官方地址开始了解。

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