dsh-bio-graft：基因编辑设计专科插件

前言¶

DeepSeek Harness (DSH) 采用插件化架构，生态由社区维护。在构建生物信息学智能体时，针对特定领域（如基因编辑）需要专用的设计工具。dsh-bio-graft 是 dsh-bio 家族的一员，由 moonbowterfly 维护，专注于 CRISPR/gene-editing 设计流程。

插件定位¶

dsh-bio-graft 是 DSH 的基因编辑设计专科插件。它通过 graft_* 语义化工具集，提供从 sgRNA 候选枚举、切割位点计算、评分向量保留，到脱靶扫描、碱基编辑设计及验证方案生成的全链路能力。

核心能力¶

插件提供 11 个语义化工具，核心能力如下：

NucleaseProfile 注册表：内置编辑器几何证据分级（verified/pam_source），区分未验证状态（如 Cas12b/Cas13a）。
sgRNA 候选枚举与评分：使用 graft_design 扫描 PAM，生成候选列表。工具保留完整评分向量（GC、同聚物、seed 序列等），而非生成单一综合分；切割位点计算支持 IUPAC 感知。
声明式排名：使用 graft_rank 对候选进行 Pareto 或 Lexicographic 排序，输出 policy_id 和 policy_digest，剔除候选带明确原因。
脱靶扫描：通过 graft_offtarget 调用 Cas-OFFinder 进行结构化扫描。工具返回 interpretation_boundary（机器可读边界声明），0 命中时会列出常见假阴性原因（如基因组版本不符、N 缺口）。
碱基编辑设计：使用 graft_base_edit 设计 CBE/ABE，支持窗口内碱基编辑、旁观者效应及密码子后果分析（synonymous/missense 等）。
多策略评估：使用 graft_strategy 评估多 guide 策略（如 deletion_pair、paired_nickase），计算预测缺失区间及 pairwise 脱靶组合。
验证方案生成：使用 graft_validation_plan 生成包含分子/分母/assay 的验证指标，支持植物特异性要求。
EditPlan 账本管理：通过 graft_plan_save 和 graft_plan_load 管理可审计的 .editplan.json 账本，支持历史回溯。

安装与启用¶

作为 DSH 插件，可通过以下命令安装：

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft

安装后，工具注册表与 genie 设置面板将自动同步，无需额外配置。

典型用法¶

插件支持以下典型操作：

扫描与枚举：使用 graft_design 扫描 PAM 并生成候选。
排名与筛选：使用 graft_rank 对候选进行声明式排名。
脱靶检测：使用 graft_offtarget 进行脱靶检测。
碱基编辑：使用 graft_base_edit 设计碱基编辑。
策略评估：使用 graft_strategy 评估多 guide 策略。
验证方案：使用 graft_validation_plan 生成验证方案。

注意事项¶

运行依赖：
- 需要 Python >= 3.10（可复用 dsh-bio-genie 环境）。
- 脱靶扫描依赖 Cas-OFFinder（BSD-3），需手动放置或通过 graft_backend_status action=ensure 自动获取。
- 需要安装 OpenCL 运行时（GPU 驱动自带，纯 CPU 运行需额外安装）。
安全分级：插件内置 Level 0-3 安全分级门控，针对人类体细胞（Level 1）、临床决策（Level 2）及可遗传编辑（Level 3）有不同的设计限制。
许可政策：MIT 许可证，不捆绑任何许可不兼容的代码（如 GPL-3+ 的 FlashFry）。

结语¶

dsh-bio-graft 为 DSH 生态提供了从设计到验证的完整基因编辑工作流。通过保留评分向量和可审计的 EditPlan，它适合需要严谨实验流程的科研与开发场景。