前言¶
DeepSeek Harness（DSH）的插件生态中，目前已有 arXiv、dblp、OpenAlex 等偏向计算机科学与综合领域的检索工具，但针对生物医学权威数据库 PubMed 的专用插件尚属空白。dsh-pubmed 插件填补了这一功能缺口。它提供了一套深度检索工具，直接对接 NCBI E-utilities 公共接口，无需申请 API Key，即可完成从文献检索到作者调查、机构统计及撤稿核查的全链路操作。
核心功能¶
该插件提供七个基础工具，覆盖生物医学信息检索与调查的主要需求：
- 文献检索：支持
[Author]、[Affiliation]等字段标签，返回命中数与 PMID 列表。 - 批量拉取文献元数据：通过
pubmed_fetch工具，可批量获取标题、期刊、年份、作者及 DOI。 - 作者发文调查：输入全名（拼音），可查询作者的发文量及机构分布。
- 同名作者消歧：利用机构信息区分同名作者，解决检索混淆问题。
- 机构发文统计：统计特定机构的发文量及逐年分布。
- 导师-学生共同署名匹配：查找特定导师与学生共同署名的记录。
- 撤稿核查：检索特定人物或主题的撤稿记录。
安装与启用¶
安装插件需要使用 DSH 的 CLI。将 <仓库地址或 npm 包名> 替换为实际的链接或包名：
dsh plugin --profile web add <仓库地址或 npm 包名>
本地开发环境可以使用 file 协议直接指向本地路径：
dsh plugin --profile web add file:/path/to/dsh-pubmed
安装完成后，重启 DSH 进程，工具列表中会出现上述七个工具。
典型用法¶
工具通过自然语言指令触发，Agent 会自动调用相应的底层工具。
- 查询作者发文量与机构：
输入：
帮我查一下作者 "Zhang Wei" 在 PubMed 发了多少篇
Agent 会依次调用 `pubmed_author` 和 `pubmed_disambiguate` 进行处理。
- 机构统计：
输入：
查一下四川大学 2026 年发了多少篇 PubMed 论文，按年份分布
Agent 会调用 `pubmed_institution` 工具。
- 撤稿核查：
输入：
这个作者有没有被撤稿的记录？
Agent 会调用 `pubmed_retraction` 工具。
适用场景与注意事项¶
- 中文检索规则：PubMed 对中文作者采用「姓前名后」的拼音索引规则。检索中文作者时需使用全名拼音（如
Zhang Wei），而非Wei Zhang。 - API 限速：NCBI 接口要求每秒请求数不超过 3 次。插件内置了 350ms 的节流机制。大批量检索会相对缓慢，这是遵守 NCBI 规则的必要代价。
- 索引精度：作者全名索引依赖 PubMed 的 ForeName 全拼，仅使用缩写（如
Shen H）可能会漏检。pubmed_disambiguate已通过efetch获取全名+机构进行精确匹配来规避此问题。 - 机构过滤：机构过滤是词级检索而非子串检索，若机构名称写法存在细微差异（如包含空格、标点），可能导致漏检，建议先用宽泛查询，再进行精确核对。
- 安全与依赖：插件不读取 DeepSeek 的凭据，不进行任何第三方网络请求，无运行时依赖，仅使用 Node.js 内置的 fetch。
dsh-pubmed 通过纯公共接口实现了对 PubMed 的深度挖掘，适合需要处理生物医学文献、进行学术调查或机构统计的开发者使用。
